基因调控网络分析和重建
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第5-7页 |
| 插图目录 | 第7页 |
| 插表目录 | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-15页 |
| ·论文背景 | 第8-12页 |
| ·所属研究范畴 | 第8页 |
| ·生物信息学 | 第8-9页 |
| ·分子生物学 | 第9-12页 |
| ·基因调控网络研究进展 | 第12-13页 |
| ·问题的提出 | 第12页 |
| ·基因调控网络的研究现状 | 第12-13页 |
| ·本文的主要工作 | 第13页 |
| ·本文的主要贡献 | 第13页 |
| ·组织结构 | 第13-15页 |
| 第二章 基因调控网络 | 第15-25页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·生物学背景 | 第15-16页 |
| ·基因表达调控 | 第15-16页 |
| ·基因调控蛋白质中DNA-绑定的动机 | 第16页 |
| ·基因网络 | 第16-20页 |
| ·基因proB的表达 | 第17页 |
| ·简单的新陈代谢路径-脯氨酸的生物合成 | 第17-18页 |
| ·大肠杆菌(E-coli.)中蛋氨酸的生物学合成 | 第18-20页 |
| ·执行信号转移的基因网络 | 第20页 |
| ·功能分析 | 第20页 |
| ·基因网络分析和重建 | 第20-21页 |
| ·基因网络分析 | 第21页 |
| ·基因网络重建 | 第21页 |
| ·研究工具 | 第21-24页 |
| ·生物学工具 | 第22-23页 |
| ·计算机工具 | 第23-24页 |
| ·小结 | 第24-25页 |
| 第三章 基因调控网络的模型 | 第25-32页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·有向图和无向图 | 第25-26页 |
| ·线性组合模型 | 第26-27页 |
| ·加权矩阵模型 | 第27-28页 |
| ·原理 | 第27页 |
| ·举例说明 | 第27-28页 |
| ·布尔网络模型 | 第28-31页 |
| ·互信息关联网络模型 | 第31页 |
| ·小结 | 第31-32页 |
| 第四章 用权矩阵模型重建基因调控网络 | 第32-49页 |
| ·引言 | 第32页 |
| ·用权矩阵和遗传算法重建基因调控网络 | 第32-41页 |
| ·模拟方法 | 第33-34页 |
| ·遗传算法搜索过程 | 第34页 |
| ·算法实现步骤 | 第34-35页 |
| ·实验参数分析 | 第35页 |
| ·实验结果 | 第35-40页 |
| ·结果分析 | 第40页 |
| ·本方法的局限性 | 第40-41页 |
| ·用权矩阵和粒子群优化算法重建基因调控网络 | 第41-46页 |
| ·模拟方法 | 第41页 |
| ·PSO算法介绍 | 第41-42页 |
| ·算法实现步骤 | 第42-43页 |
| ·实验参数设置 | 第43页 |
| ·实验结果 | 第43-45页 |
| ·结果分析 | 第45页 |
| ·本方法的优缺点 | 第45-46页 |
| ·两种算法的比较 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-49页 |
| 第五章 总结与展望 | 第49-52页 |
| ·本文算法评价 | 第49页 |
| ·本文总结 | 第49-51页 |
| ·进一步的工作 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 附录A 硕士期间参与的科研项目 | 第57页 |
