| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 目录 | 第12-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-36页 |
| ·蛋白质结构基础 | 第14-20页 |
| ·蛋白质的一级结构 | 第16-18页 |
| ·蛋白质的二级结构 | 第18-19页 |
| ·蛋白质的三级结构 | 第19-20页 |
| ·蛋白质的四级结构 | 第20页 |
| ·蛋白质中的相互作用 | 第20-22页 |
| ·蛋白质结构分类数据库(SCOP) | 第22-26页 |
| ·氯离子通道蛋白质 | 第26-34页 |
| ·离子通道的研究历史 | 第26-28页 |
| ·CLC氯离子通道的结构和性质 | 第28-29页 |
| ·分子动力学模拟软件NAMD | 第29-33页 |
| ·APBS软件和静电势的计算 | 第33-34页 |
| ·本文的目的和安排 | 第34-36页 |
| 第二章 用多肽的结构类倾向性预测蛋白质二级结构类 | 第36-50页 |
| ·引言 | 第36-38页 |
| ·模型和方法 | 第38-45页 |
| ·蛋白质数据组的的构建 | 第38-39页 |
| ·确定训练数据组的多肽结构类倾向性(SCTP) | 第39-41页 |
| ·预测待测蛋白质数据组的二级结构类 | 第41-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-49页 |
| ·多肽的二级结构类倾向性(SCTP) | 第45-47页 |
| ·预测结果 | 第47-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 第三章 蛋白质中各种作用力对氨基酸网络拓扑性质影响的分析 | 第50-64页 |
| ·引言 | 第50-52页 |
| ·蛋白质数据组和氨基酸相互作用网络的构建 | 第52-55页 |
| ·蛋白质数据组的准备 | 第52-53页 |
| ·蛋白质结构中氨基酸相互作用网络的构建 | 第53-55页 |
| ·蛋白质中各种作用力对氨基酸网络拓扑性质的影响 | 第55-63页 |
| ·平均度随不同截断距离的变化 | 第55-56页 |
| ·氨基酸相互作用网络的小世界特性 | 第56-59页 |
| ·疏水作用驱使下蛋白质结构呈阶层化和团簇性 | 第59-63页 |
| ·小结 | 第63-64页 |
| 第四章 氯离子通道蛋白质中氯离子和质子相互输运的机制研究 | 第64-76页 |
| ·引言 | 第64-65页 |
| ·模型和方法 | 第65-69页 |
| ·氯离子通道蛋白质和它的模拟系统 | 第65-68页 |
| ·取向随机行走 | 第68-69页 |
| ·结果和讨论 | 第69-75页 |
| ·氯离子和质子的可通行的管道以及它们的相互作用 | 第69-71页 |
| ·氯离子和质子相互输运的微观输运模型 | 第71-72页 |
| ·氯离子和质子相互输运的氯离子通道的电流-电压关系 | 第72-75页 |
| ·小结 | 第75-76页 |
| 第五章 总结 | 第76-78页 |
| ·用多肽的结构类倾向性预测蛋白质的二级结构类 | 第76页 |
| ·蛋白质中各种作用力对氨基酸网络拓扑性质影响的分析 | 第76-77页 |
| ·氯离子通道蛋白质中氯离子和质子相互输运的机制研究 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 | 第90-91页 |
| 致谢 | 第91页 |
