| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-51页 |
| 1.1 放线菌中氮代谢调控机制的研究进展 | 第14-23页 |
| 1.1.1 放线菌氮代谢简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 天蓝色链霉菌的氮代谢调控研究进展 | 第15-18页 |
| 1.1.3 地中海拟无枝酸菌的氮代谢调控研究进展 | 第18-22页 |
| 1.1.4 吸水链霉菌井冈变种的氮代谢调控研究进展 | 第22-23页 |
| 1.2 抗生素生物合成的高产机制研究进展 | 第23-38页 |
| 1.2.1 红霉素生物合成的高产机制研究进展 | 第24-27页 |
| 1.2.2 阿维菌素生物合成的高产机制研究进展 | 第27-29页 |
| 1.2.3 井冈霉素生物合成的高产机制研究进展 | 第29-31页 |
| 1.2.4 盐霉素生物合成的高产机制研究进展 | 第31-33页 |
| 1.2.5 链霉素生物合成的高产机制研究进展 | 第33-34页 |
| 1.2.6 放线菌中硝酸盐同化代谢的研究进展 | 第34-36页 |
| 1.2.7 硝酸盐促进利福霉素生物合成的研究进展 | 第36-38页 |
| 1.3 林可霉素的研究现状 | 第38-50页 |
| 1.3.1 林可霉素的化学结构及应用 | 第39-42页 |
| 1.3.2 林可霉素的生物合成研究进展 | 第42-47页 |
| 1.3.3 林可霉素的发酵工程研究进展 | 第47-49页 |
| 1.3.4 林可霉素的代谢调控研究进展 | 第49-50页 |
| 1.4 研究目的和内容 | 第50-51页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第51-65页 |
| 2.1 研究中所用菌株 | 第51-52页 |
| 2.2 研究中所用质粒 | 第52-55页 |
| 2.3 研究中所用引物 | 第55-61页 |
| 2.4 研究中所用培养基 | 第61-62页 |
| 2.5 研究中所用试剂和缓冲液 | 第62页 |
| 2.6 实验方法 | 第62-64页 |
| 2.7 生物信息学分析 | 第64-65页 |
| 第三章 林可霉素野生型产生菌NRRL2936 基因组精细图谱的构建与解析 | 第65-82页 |
| 3.1 前言 | 第65-66页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第66-81页 |
| 3.2.1 S.lincolnensis NRRL2936 全基因组图谱的构建 | 第66-71页 |
| 3.2.1.1 NRRL2936 基因组测序contig的拼装 | 第67-69页 |
| 3.2.1.2 NRRL2936 末端序列的测定 | 第69-70页 |
| 3.2.1.3 NRRL2936 全基因组序列error值的补充 | 第70-71页 |
| 3.2.2 S.lincolnensis NRRL2936 全基因组基本特征 | 第71-75页 |
| 3.2.2.1 NRRL2936 基因组序列及注释解析 | 第71-72页 |
| 3.2.2.2 NRRL2936 与其它链霉菌全基因组的比较分析 | 第72-75页 |
| 3.2.3 S.lincolnensis NRRL2936 功能蛋白的预测分析与分类 | 第75-76页 |
| 3.2.4 S.lincolnensis NRRL2936 次级代谢合成基因簇的功能预测与分析 | 第76-79页 |
| 3.2.5 前体参与林可霉素生物合成的代谢网络重建 | 第79-81页 |
| 3.2.5.1 中心碳代谢提供初级代谢前体合成林可霉素 | 第79-80页 |
| 3.2.5.2 氮代谢与林可霉素生物合成密切相关 | 第80-81页 |
| 3.3 本章小结 | 第81-82页 |
| 第四章 基于比较组学的林可霉素高产机制解析 | 第82-112页 |
| 4.1 前言 | 第82-83页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第83-110页 |
| 4.2.1 林可霉素高产菌株S.lincolnensis LC-G全基因组图谱的构建 | 第83-84页 |
| 4.2.2 比较基因组发现在LC-G中存在两个大片段缺失和少量遗传突变 | 第84-90页 |
| 4.2.3 大片段缺失对林可霉素高产起着关键贡献 | 第90-100页 |
| 4.2.3.1 DEL-II缺失区域对林可霉素高产的贡献 | 第90-92页 |
| 4.2.3.2 DEL-I 缺失区域对林可霉素高产的贡献 | 第92-98页 |
| 4.2.3.3 DEL-I 缺失区域内功能基因对林可霉素高产的贡献 | 第98-100页 |
| 4.2.4 LC-G在组学分析基础上的正向工程改造 | 第100-102页 |
| 4.2.5 林可霉素高产的比较基因组学研究 | 第102-110页 |
| 4.2.5.1 芯片的相关设计 | 第102-103页 |
| 4.2.4.2 差异表达基因的筛选与功能分类 | 第103-105页 |
| 4.2.5.3 差异表达基因应答于林可霉素生物合成基因簇 | 第105-107页 |
| 4.2.5.4 差异表达基因应答于林可霉素产生菌的碳代谢 | 第107-109页 |
| 4.2.5.5 差异表达基因应答于林可霉素产生菌的氮代谢 | 第109-110页 |
| 4.3 本章小结 | 第110-112页 |
| 第五章 硝酸盐促进林可霉素的生物合成 | 第112-154页 |
| 5.1 前言 | 第112-113页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第113-151页 |
| 5.2.1 不同浓度硝酸盐对林可霉素合成的影响 | 第113-114页 |
| 5.2.2 NRRL2936 中硝酸盐特异性ABC转运蛋白促进对林可霉素合成 | 第114-121页 |
| 5.2.2.1 放线菌中存在的硝酸盐特异性ABC转运蛋白 | 第115-118页 |
| 5.2.2.2 硝酸盐特异性的ABC转运蛋白与林可霉素的生物合成正相关 | 第118-121页 |
| 5.2.3 硝酸盐诱导NRRL2936 中硝酸盐同化途径相关基因表达水平提升 | 第121-128页 |
| 5.2.3.1 硝酸盐诱导硝酸盐转运蛋白基因的转录提升 | 第121-123页 |
| 5.2.3.2 硝酸盐诱导硝酸盐还原酶基因的转录提升 | 第123页 |
| 5.2.3.3 硝酸盐诱导亚硝酸盐还原酶基因的转录提升 | 第123-125页 |
| 5.2.3.4 硝酸盐诱导谷氨酰胺合成酶基因的转录提升 | 第125-126页 |
| 5.2.3.5 硝酸盐加入使细胞内谷氨酸含量有明显积累 | 第126-128页 |
| 5.2.4 硝酸盐通过提高抗性基因lmrA的表达促进林可霉素生物合成 | 第128-135页 |
| 5.2.4.1 硝酸盐加入使抗性基因lmrA的转录提升 | 第128-130页 |
| 5.2.4.2 抗性基因lmrA的缺失抑制林可霉素合成的硝酸盐效应 | 第130-131页 |
| 5.2.4.3 LmrA提高菌株对林可霉素的抗性 | 第131-133页 |
| 5.2.4.4 LmrA的作用是外排林可霉素 | 第133-135页 |
| 5.2.5 glnR表达水平的提高导致林可霉素产量提升 | 第135-141页 |
| 5.2.5.1 硝酸盐诱导glnR的转录提升 | 第135-136页 |
| 5.2.5.2 GlnR直接调控lmrA的转录 | 第136-140页 |
| 5.2.5.3 GlnR直接调控ABC1 的转录 | 第140-141页 |
| 5.2.6 硝酸盐及亚硝酸盐转运蛋白的拓展应用 | 第141-151页 |
| 5.2.6.1 硝酸盐特异性ABC转运蛋白基因在天蓝色链霉菌中的异源表达 | 第141-143页 |
| 5.2.6.2 亚硝酸盐特异性转运蛋白基因nirC在天蓝色链霉菌中的异源表达 | 第143-145页 |
| 5.2.6.3 nirC-ABC2 cassette的构建 | 第145-147页 |
| 5.2.6.4 nirC-ABC2 cassette在不同放线菌中的异源表达 | 第147-151页 |
| 5.3 本章小结 | 第151-154页 |
| 第六章 总结与展望 | 第154-156页 |
| 6.1 工作总结和创新点 | 第154页 |
| 6.2 研究展望 | 第154-156页 |
| 参考文献 | 第156-172页 |
| 致谢 | 第172-174页 |
| 攻读博士期间的研究成果 | 第174-175页 |
| 附录 | 第175-179页 |
| 附录1 NRRL2936 基因组中Contig位置关系 | 第175-176页 |
| 附录2 LC-G基因组中Contig位置关系 | 第176-179页 |
