| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 研究背景 | 第8-20页 |
| 1.1 拷贝数变异研究进展 | 第8-18页 |
| 1.1.1 拷贝数变异的发现与作用机制 | 第8-10页 |
| 1.1.2 全基因组水平上的拷贝数变异检测方法 | 第10-16页 |
| 1.1.3 以动物为对象的拷贝数变异研究 | 第16-18页 |
| 1.1.4 牛科动物拷贝数研究进展 | 第18页 |
| 1.2 牦牛的驯化历史、高原适应、分子育种及拷贝数变异研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 科学问题和研究意义 | 第19-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-26页 |
| 2.1 样本采集与测序 | 第20页 |
| 2.2 测序质量评估、原始数据检测与过滤 | 第20页 |
| 2.3 全基因组序列比对 | 第20-21页 |
| 2.4 CNV识别软件的评估 | 第21-22页 |
| 2.5 CNV检测和CNVR定义 | 第22页 |
| 2.6 q-PCR实验验证及高深度测序数据验证 | 第22-23页 |
| 2.7 大片段重复区域（SD）识别，及其与CNV分布的关联分析 | 第23-24页 |
| 2.8 CNV区域的基因注释及GO富集 | 第24页 |
| 2.9 拷贝数变异在不同群体间的比较 | 第24-25页 |
| 2.10 热图分析 | 第25-26页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第26-46页 |
| 3.1 CNV的识别与统计 | 第26-38页 |
| 3.2 大片段重复区域（Segmental duplications, SDs）的检测及其与CNVR的比较 | 第38-39页 |
| 3.3 CNV区域的基因 | 第39-41页 |
| 3.4 野生和家养牦牛群体间显著不同的拷贝数变异区域 | 第41-44页 |
| 3.5 高低海拔家养牦牛群体间显著不同的拷贝数变异区域 | 第44-46页 |
| 第四章 总结与展望 | 第46-49页 |
| 4.1 总结 | 第46-47页 |
| 4.2 展望 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-58页 |
| 附录 | 第58-64页 |
| 在学期间的研究成果 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
