| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表(ABBREVIATIONS) | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-33页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-27页 |
| 1.2.1 古典育种与经典育种 | 第14-16页 |
| 1.2.2 分子育种 | 第16-27页 |
| 1.3 我国猪育种面临的问题 | 第27-31页 |
| 1.3.1 高密度标记的分型成本是限制GS大面积推广的主要客观因素 | 第27-29页 |
| 1.3.2 联合育种与消费需求多样化的矛盾 | 第29-30页 |
| 1.3.3 我国猪育种运用ssGBLUP面临的问题 | 第30-31页 |
| 1.4 本研究的目的 | 第31-33页 |
| 2 材料与方法 | 第33-47页 |
| 2.1 技术路线 | 第33页 |
| 2.2 分层遗传评估方法的提出 | 第33-40页 |
| 2.2.1 理论部分：一组新概念的提出 | 第33-34页 |
| 2.2.2 方法部分：几种遗传分层方式下的分层遗传评估模型及注释 | 第34-40页 |
| 2.3 基于16thQTLMASWorkshop模拟数据集的验证分析 | 第40-42页 |
| 2.3.1 16thQTLMASWorkshop数据集结构描述 | 第41页 |
| 2.3.2 基于16thQTLMASWorkshop数据集的GWAS分析 | 第41-42页 |
| 2.3.3 验证分析的遗传分层方式 | 第42页 |
| 2.4 基于大白猪群的实例分析 | 第42-47页 |
| 2.4.1 实验猪群 | 第42页 |
| 2.4.2 实验试剂与仪器设备 | 第42-43页 |
| 2.4.3 实验方法 | 第43-46页 |
| 2.4.4 分析方法 | 第46-47页 |
| 3 结果与分析 | 第47-67页 |
| 3.1 猪群数据与16th QTLMAS Workshop数据质量评估分析结果 | 第47-49页 |
| 3.2 16th QTLMAS Workshop数据的GWAS分析结果 | 第49-51页 |
| 3.3 基于多分子标记与系谱信息的分层遗传评估结果 | 第51-53页 |
| 3.4 基于加性遗传与显性遗传组分的分层遗传评估结果 | 第53-54页 |
| 3.5 基于SNPs效应的分层遗传评估结果 | 第54-56页 |
| 3.6 “多分子标记-系谱”与“加性遗传-显性遗传”双向遗传分层的分层遗传评估结果 | 第56-57页 |
| 3.7 “大效应标记-微效多基因标记”与“加性遗传-显性遗传”双向遗传分层的分层遗传评估结果 | 第57-58页 |
| 3.8 分层一步法的分层遗传评估结果 | 第58-65页 |
| 3.9 基于大白猪群实际数据的分层遗传评估结果 | 第65-67页 |
| 3.9.1 基于多分子标记与系谱信息的分层遗传评估结果 | 第65-66页 |
| 3.9.2 “多分子标记-系谱”与“加性遗传-显性遗传”双向遗传分层的分层遗传评估结果 | 第66-67页 |
| 4 讨论 | 第67-74页 |
| 4.1 关于遗传分层的讨论 | 第67-69页 |
| 4.2 关于分层遗传评估的实践可操作性 | 第69-70页 |
| 4.3 关于遗传分层提高遗传评估准确性的原因探讨 | 第70-73页 |
| 4.4 关于下一步工作的设想 | 第73-74页 |
| 5 小结 | 第74-75页 |
| 5.1 已获得的主要研究结果 | 第74页 |
| 5.2 本研究的创新或特色 | 第74页 |
| 5.3 本研究的不足 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-80页 |
| 附录1 .Sequenom分型的SNPs列表 | 第80-82页 |
| 附录2 .本研究使用的部分R程序(以多分子标记与系谱信息分层的遗传评估程序为例) | 第82-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
