| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩略词与中英文对照表 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-33页 |
| 1.1 柑橘黄龙病发生及分布 | 第15-16页 |
| 1.2 柑橘黄龙病病原认识历程 | 第16-19页 |
| 1.3 柑橘黄龙病病原生物学特性 | 第19-23页 |
| 1.3.1 黄龙病症状 | 第19页 |
| 1.3.2 寄主范围 | 第19-21页 |
| 1.3.3 传播途径 | 第21-22页 |
| 1.3.4 热敏感性 | 第22-23页 |
| 1.4 柑橘黄龙病病原分子生物学 | 第23-28页 |
| 1.4.1 基因组学 | 第23-25页 |
| 1.4.2 致病机理 | 第25页 |
| 1.4.3 遗传多样性 | 第25-28页 |
| 1.5 柑橘黄龙病诊断方法 | 第28-31页 |
| 1.5.1 田间鉴定 | 第28-29页 |
| 1.5.2 电镜观察 | 第29页 |
| 1.5.3 血清学检测 | 第29页 |
| 1.5.4 生化指标鉴定和高光谱检测 | 第29-30页 |
| 1.5.5 核酸检测 | 第30-31页 |
| 1.6 柑橘黄龙病防控 | 第31-33页 |
| 1.6.1 苗木脱毒 | 第31页 |
| 1.6.2 抗生素治疗 | 第31-32页 |
| 1.6.3 抗病育种 | 第32页 |
| 1.6.4 综合防控 | 第32-33页 |
| 第二章 引言 | 第33-35页 |
| 第三章 柑橘黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物全基因组测序与分析 | 第35-63页 |
| 3.1 材料 | 第35-40页 |
| 3.1.1 植物和木虱 | 第35页 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器 | 第35-36页 |
| 3.1.3 主要缓冲液和培养基配制 | 第36-37页 |
| 3.1.4 本章使用的引物和探针 | 第37-40页 |
| 3.2 方法 | 第40-53页 |
| 3.2.1 基因组DNA提取 | 第40-41页 |
| 3.2.2 木虱体内黄龙病菌相对含量测定 | 第41-42页 |
| 3.2.3 木虱基因组DNA扩增 | 第42页 |
| 3.2.4 全基因组测序 | 第42-43页 |
| 3.2.5 基因组数据拼接、注释及可视化 | 第43页 |
| 3.2.6 基因组比较分析 | 第43页 |
| 3.2.7 进化分析 | 第43-46页 |
| 3.2.8 常规PCR、长距离PCR及基因组步行 | 第46-49页 |
| 3.2.9 PCR产物纯化、克隆及测序 | 第49-53页 |
| 3.3 结果与分析 | 第53-58页 |
| 3.3.1 单头木虱中黄龙病菌相对含量 | 第53页 |
| 3.3.2 基因组测序、序列组装及拼接 | 第53-54页 |
| 3.3.3 柑橘黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物基因组特征及比较分析 | 第54-57页 |
| 3.3.4 进化分析 | 第57-58页 |
| 3.4 讨论 | 第58-61页 |
| 3.5 小结 | 第61-63页 |
| 第四章 柑橘黄龙病菌亚洲种多位点可变数量串联重复序列分析 | 第63-83页 |
| 4.1 材料 | 第63-68页 |
| 4.1.1 感菌植物和木虱 | 第63-66页 |
| 4.1.2 主要试剂和仪器 | 第66页 |
| 4.1.3 主要缓冲液和培养基配制 | 第66-67页 |
| 4.1.4 本章使用的引物 | 第67-68页 |
| 4.2 方法 | 第68-71页 |
| 4.2.1 变性PAGE胶电泳及快速银染 | 第68-69页 |
| 4.2.2 VNTR位点的筛选 | 第69-70页 |
| 4.2.3 MLVA分析 | 第70-71页 |
| 4.2.4 MLVAPCR稳定性测试 | 第71页 |
| 4.3 结果与分析 | 第71-77页 |
| 4.3.1 VNTR位点筛选 | 第71-72页 |
| 4.3.2 MLVA分析 | 第72-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-81页 |
| 4.5 小结 | 第81-83页 |
| 第五章 基于两个大片段DNA插入缺失位点的柑橘黄龙病菌亚洲种遗传多样性分析 | 第83-95页 |
| 5.1 材料 | 第83-84页 |
| 5.1.1 柑橘黄龙病菌亚洲种分离物 | 第83-84页 |
| 5.1.2 本章使用的引物 | 第84页 |
| 5.2 方法 | 第84-85页 |
| 5.2.1 LF-InDel位点鉴定 | 第84-85页 |
| 5.2.2 LF-InDel位点扩增 | 第85页 |
| 5.2.3 序列分析和数据统计 | 第85页 |
| 5.3 结果和分析 | 第85-92页 |
| 5.3.1 InDel位点鉴定 | 第85-88页 |
| 5.3.2 LF-InDel-3位点插入缺失多态性 | 第88-89页 |
| 5.3.3 LF-InDel-4位点插入缺失多态性 | 第89-90页 |
| 5.3.4 LF-InDel-3位点和LF-InDel-4位点插入缺失连锁分析 | 第90-92页 |
| 5.4 讨论 | 第92-93页 |
| 5.5 小结 | 第93-95页 |
| 第六章 串联重复序列在柑橘黄龙病菌亚洲种高灵敏性检测中的应用 | 第95-109页 |
| 6.1 材料 | 第95-97页 |
| 6.1.1 植物材料 | 第95-96页 |
| 6.1.2 主要试剂和仪器 | 第96页 |
| 6.1.3 主要缓冲液和培养基配制 | 第96-97页 |
| 6.1.4 本章使用的引物 | 第97页 |
| 6.2 方法 | 第97-100页 |
| 6.2.1 实时荧光定量PCR | 第97-98页 |
| 6.2.2 串联重复序列位点的筛选 | 第98页 |
| 6.2.3 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应引物的设计 | 第98页 |
| 6.2.4 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应 | 第98-99页 |
| 6.2.5 扩增子克隆与测序 | 第99页 |
| 6.2.6 质粒标准品模板制备 | 第99页 |
| 6.2.7 检测灵敏度比较 | 第99-100页 |
| 6.2.8 田间样品检测 | 第100页 |
| 6.3 结果与分析 | 第100-106页 |
| 6.3.1 基于串联重复序列的聚合酶链式置换反应引物的设计及验证 | 第100-103页 |
| 6.3.2 灵敏度测定及比较 | 第103-105页 |
| 6.3.3 田间样品检测 | 第105-106页 |
| 6.4 讨论 | 第106-108页 |
| 6.5 小结 | 第108-109页 |
| 第七章 主要结论、创新点及研究展望 | 第109-113页 |
| 7.1 主要结论 | 第109-111页 |
| 7.1.1 黄龙病菌亚洲种gxpsy分离物全基因组测序与分析 | 第109页 |
| 7.1.2 黄龙病菌亚洲种多位点可变数量串联重复序列分析 | 第109-110页 |
| 7.1.3 基于大片段DNA插入缺失位点的黄龙病菌亚洲种遗传多样性 | 第110页 |
| 7.1.4 串联重复序列在黄龙病菌亚洲种高灵敏性检测中的应用 | 第110-111页 |
| 7.2 创新点 | 第111页 |
| 7.3 研究展望 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-127页 |
| 附录Ⅰ附表 | 第127-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
| 攻读学位期间发表的论文、主持科研项目、专利申报及获奖情况 | 第143-144页 |
