| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-34页 |
| 1.1 冰岛硫化叶菌 | 第12页 |
| 1.2 硫化叶菌的遗传操作体系 | 第12-14页 |
| 1.3 CRISPR-Cas系统 | 第14-15页 |
| 1.4 CRISPR-Cas系统的功能 | 第15-17页 |
| 1.5 CRISPR-Cas系统的分类 | 第17-19页 |
| 1.6 CRISPR-Cas系统的作用机制 | 第19-29页 |
| 1.6.1 免疫适应 | 第19-27页 |
| 1.6.2 CRISPRRNA转录和加工 | 第27-28页 |
| 1.6.3 DNA/RNA干涉 | 第28-29页 |
| 1.7 CRISPR-Cas系统的调控 | 第29-32页 |
| 1.8 Csa3a蛋白 | 第32-33页 |
| 1.9 本研究的目的和内容 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-53页 |
| 2.1 菌株和质粒 | 第34-35页 |
| 2.2 培养基配方及培养条件 | 第35-37页 |
| 2.3 主要分子生物学试剂 | 第37-38页 |
| 2.4 主要实验仪器 | 第38页 |
| 2.5 实验方法 | 第38-53页 |
| 2.5.1 大肠杆菌DH5α感受态制备和热激转化法 | 第38-39页 |
| 2.5.2 硫化叶菌感受态的制备和电击转化法 | 第39-41页 |
| 2.5.3 染色体免疫共沉淀(ChIP) | 第41-42页 |
| 2.5.4 RNA抽提和反转录荧光定量PCR | 第42-44页 |
| 2.5.5 Westernblot实验 | 第44-45页 |
| 2.5.6 Csa3a蛋白的表达和纯化 | 第45-46页 |
| 2.5.7 凝胶阻滞分析(EMSA) | 第46-47页 |
| 2.5.8 DNaseI足迹实验 | 第47页 |
| 2.5.9 冰岛硫化叶菌生长曲线测定 | 第47页 |
| 2.5.10 转录组测序及分析 | 第47-49页 |
| 2.5.11 iTRAQ定量蛋白质组学分析 | 第49-51页 |
| 2.5.12 检测间隔获取及分析 | 第51-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-87页 |
| 3.1 cas基因簇的共转录分析 | 第53-54页 |
| 3.2 Csa3a蛋白结合csa1和cas1启动子的体内实验 | 第54-56页 |
| 3.3 Csa3a蛋白结合csa1和cas1启动子的体外实验 | 第56-63页 |
| 3.3.1 Csa3a蛋白在csa1启动子上的结合位点 | 第56-58页 |
| 3.3.2 Csa3a蛋白在cas1启动子上的结合位点 | 第58-63页 |
| 3.4 Csa3a蛋白对acas基因簇表达的影响 | 第63-65页 |
| 3.4.1 转录水平检测Csa3a蛋白对acas基因簇转录的影响 | 第63-64页 |
| 3.4.2 翻译水平检测Csa3a蛋白对acas基因簇表达的影响 | 第64-65页 |
| 3.5 超表达Csa3a蛋白对CRISPR原发适应的影响 | 第65-68页 |
| 3.5.1 获取间隔序列的检测 | 第65-66页 |
| 3.5.2 新间隔序列的分析 | 第66-68页 |
| 3.6 Cas蛋白对于CRISPR原发适应的影响 | 第68-73页 |
| 3.6.1 各缺失菌株获取间隔序列的检测 | 第68-70页 |
| 3.6.2 干涉活性缺失菌株中新间隔序列的分析 | 第70-72页 |
| 3.6.3 获取新间隔序列时间及连续性的分析 | 第72-73页 |
| 3.7 超表达Cas3a蛋白对菌株生长的影响 | 第73-74页 |
| 3.8 鉴定被Cas3a蛋白调控的基因 | 第74-82页 |
| 3.8.1 通过转录组和蛋白质组初步筛选 | 第74-78页 |
| 3.8.2 EMSA实验鉴定Csa3a结合上调基因的启动子 | 第78-82页 |
| 3.9 Cas3a蛋白激活CRISPR转录 | 第82-87页 |
| 3.9.1 转录组数据中CRISPRRNA差异分析 | 第82-83页 |
| 3.9.2 Csa3a蛋白在前导序列上的结合位点 | 第83-87页 |
| 4 讨论与展望 | 第87-94页 |
| 4.1 Csa3a蛋白对acas基因簇的转录激活作用 | 第87页 |
| 4.2 Csa3a蛋白激活硫化叶菌原发适应的生理意义 | 第87-89页 |
| 4.3 Csa3a蛋白调控DNA修复基因的意义 | 第89-91页 |
| 4.4 硫化叶菌原发适应的必需基因及干涉活性对原发适应的影响 | 第91页 |
| 4.5 硫化叶菌I-A型CRISPR-Cas系统转录调控模型 | 第91-94页 |
| 参考文献 | 第94-103页 |
| 附录 | 第103-106页 |
| 研究生期间学术成果 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
