| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第11-13页 |
| 第一章 综述 | 第13-28页 |
| 1.1 关联分析 | 第13-17页 |
| 1.1.1 相关概念 | 第13-14页 |
| 1.1.2 关联分析研究进展 | 第14-16页 |
| 1.1.3 基因与基因的互作 | 第16-17页 |
| 1.2 用于检测加性或上位性的全基因组关联分析常用软件 | 第17-22页 |
| 1.3 基因组预测 | 第22-28页 |
| 1.3.1 相关概念 | 第22-23页 |
| 1.3.2 基因组预测(选择)研究进展 | 第23-25页 |
| 1.3.3 基因组预测常用的软件包 | 第25-28页 |
| 第二章 优化全基因组关联分析的重复筛选法 | 第28-64页 |
| 2.1 前言 | 第28-30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-37页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第30页 |
| 2.2.2 重复筛选回归模型 | 第30-31页 |
| 2.2.3 建立重复筛选回归模型选择标准 | 第31-32页 |
| 2.2.4 显著水平的动态变化 | 第32-33页 |
| 2.2.5 效应项数P_c及附加项数P_d的计算 | 第33-34页 |
| 2.2.6 重复筛选回归模型的过程 | 第34-37页 |
| 2.3 真实数据的模拟研究 | 第37-40页 |
| 2.4 统计功效(敏感度)与假发现率和一类错误及特异度的计算方法 | 第40-41页 |
| 2.5 评估估计的效应大小及表型解释率的精度 | 第41页 |
| 2.6 比较的方法 | 第41-42页 |
| 2.7 结果与分析 | 第42-43页 |
| 2.8 ISR在模拟研究中的表现 | 第43-51页 |
| 2.8.1 统计功效(敏感度)与特异度关系的表现 | 第43-47页 |
| 2.8.2 估计效应值与表型解释率的表现 | 第47-51页 |
| 2.9 ISR在真实性状研究中的表现 | 第51-60页 |
| 2.9.1 拟南芥全基因组关联分析结果 | 第51-55页 |
| 2.9.2 小白鼠全基因组关联分析结果 | 第55-58页 |
| 2.9.3 水稻全基因组关联分析结果 | 第58-60页 |
| 2.10 讨论 | 第60-64页 |
| 第三章 重复筛选回归模型在数量性状上位性效应遗传作图中的应用 | 第64-79页 |
| 3.1 前言 | 第64-65页 |
| 3.2 材料与方法 | 第65-67页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第65-66页 |
| 3.2.2 方法 | 第66-67页 |
| 3.2.3 模拟设定 | 第67页 |
| 3.3 结果与分析 | 第67-76页 |
| 3.3.1 ISR模拟中的表现 | 第67-72页 |
| 3.3.2 ISR检测水稻(RIL)上位性的遗传作图分析 | 第72-74页 |
| 3.3.3 ISR检测大麦MAGIC群体的上位性遗传作图分析 | 第74-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-79页 |
| 第四章 运用重复筛选回归模型进行全基因组预测 | 第79-95页 |
| 4.1 前言 | 第79-80页 |
| 4.2 材料与方法 | 第80-83页 |
| 4.2.1 材料收集 | 第80-81页 |
| 4.2.2 预测方法 | 第81页 |
| 4.2.3 模拟设定 | 第81-82页 |
| 4.2.4 评估方法 | 第82-83页 |
| 4.3 结果与分析 | 第83-92页 |
| 4.3.1 模拟结果 | 第83-88页 |
| 4.3.2 真实表型结果 | 第88-92页 |
| 4.4 讨论 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-103页 |
| 附录 | 第103-157页 |
| 附图2.1 模拟二中不同模型的检测功效与假发现率ROC曲线图 | 第103-104页 |
| 附图2.2 模拟二中不同模型的检测功效和假阳性率的ROC曲线图 | 第104-105页 |
| 附图2.3 在模拟三中ISR方法与其他六种方法对效应大小及表型解释率的精度比较 | 第105-106页 |
| 附表2.1 ISR模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第106-113页 |
| 附表2.2 FarmCPU模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第113-115页 |
| 附表2.3 GEMMA模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第115-117页 |
| 附表2.4 CMLM模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第117页 |
| 附表2.5 MLMM模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第117-118页 |
| 附表2.6 FASTmrEMMA模型检测到与所有拟南芥性状相关联的SNPs | 第118-121页 |
| 附表2.7 ISR、GEMMA、CMLM、MLMM和FASTmrEMMA模型检测到与拟南芥子叶钠离子积累量性状相关联的SNPs | 第121-123页 |
| 附表2.8 ISR、GEMMA、CMLM、MLMM和FASTmrEMMA模型检测到与拟南芥分生组织区段长度状相关联的SNPs | 第123-124页 |
| 附图2.4 拟南芥中子叶中钠离子积累量的全基因组关联分析图 | 第124-125页 |
| 附图2.5 不同模型检测的SNPs数目的多重比较 | 第125-126页 |
| 附表2.9 小白鼠相关性状的全基因组关联分析结果 | 第126-145页 |
| 附图2.6 小白鼠相关性状的全基因组关联分析的曼哈顿和QQ图 | 第145-146页 |
| 附表2.10 水稻籽粒长度全基因组关联分析结果 | 第146-150页 |
| 附表3.1 两年度间用全模型检测到的与每株水稻产量相关的QTLs | 第150-151页 |
| 附表3.2 两年度间用全模型检测到的与每株水稻分蘖数相关的QTLs | 第151-152页 |
| 附表3.3 两年度间用全模型检测到的与每株水稻粒数相关的QTLs | 第152-153页 |
| 附表3.4 两年度间用全模型检测到的与每株水稻粒重相关的QTLs | 第153-155页 |
| 附表4.1 模拟和实际数据分析中不同方法进行重复蒙特卡罗交叉验证的而得到的R(预测力)均值及标准差 | 第155-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
