| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 引言 | 第13页 |
| 1.2 全基因组测序技术 | 第13-19页 |
| 1.2.1 测序技术发展历史及现状 | 第13-15页 |
| 1.2.2 二代测序技术 | 第15-18页 |
| 1.2.3 下一代测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3 真核生物基因组学研究 | 第19-24页 |
| 1.3.1 全基因组测序研究策略 | 第19-20页 |
| 1.3.2 二代测序中的基因组数据分析 | 第20-21页 |
| 1.3.3 工业酿酒酵母基因组学研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3.4 本实验研究菌株的基本背景 | 第22-24页 |
| 1.4 本课题研究 | 第24-27页 |
| 1.4.1 课题研究的目的、意义 | 第24-25页 |
| 1.4.2 课题研究的内容 | 第25-26页 |
| 1.4.3 技术路线 | 第26-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-29页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第27页 |
| 2.1.2 培养基及试剂 | 第27-28页 |
| 2.1.3 主要的仪器设备 | 第28-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-40页 |
| 2.2.1 菌株的活化及保藏 | 第29页 |
| 2.2.2 诱导生孢 | 第29-30页 |
| 2.2.3 裂解孢子囊 | 第30页 |
| 2.2.4 单倍体的分离 | 第30-31页 |
| 2.2.5 总DNA的提取及电泳 | 第31页 |
| 2.2.6 单倍体的验证 | 第31-33页 |
| 2.2.7 总DNA的片段化 | 第33-34页 |
| 2.2.8 片段化产物的纯化 | 第34页 |
| 2.2.9 PCR添加末端标签 | 第34-35页 |
| 2.2.10 磁珠富集片段 | 第35-36页 |
| 2.2.11 样品变性、稀释与上机 | 第36-38页 |
| 2.2.12 数据质量评估 | 第38-39页 |
| 2.2.13 建立索引、拼接 | 第39页 |
| 2.2.14 SNP分析 | 第39页 |
| 2.2.15 CLC Genomic Workbeach分析 | 第39页 |
| 2.2.16 糖酵解及细胞周期代谢通路相关基因挖掘 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与分析 | 第40-67页 |
| 3.1 单倍体分离 | 第40-44页 |
| 3.1.1 生孢培养基生孢实验 | 第40-41页 |
| 3.1.2 酿酒酵母单倍体与二倍体的菌落形态 | 第41-42页 |
| 3.1.3 酿酒酵母基因组 | 第42页 |
| 3.1.4 单倍体倍型及配型分析 | 第42-43页 |
| 3.1.5 利用流式细胞仪验证倍型 | 第43-44页 |
| 3.2 测序文库构建 | 第44-46页 |
| 3.2.1 基因组片段化产物检测 | 第44-45页 |
| 3.2.2 文库质量检测 | 第45页 |
| 3.2.3 上机文库浓度控制 | 第45-46页 |
| 3.3 数据质量评估与分析 | 第46-49页 |
| 3.3.1 Reads碱基质量分布分析 | 第46-47页 |
| 3.3.2 Reads读长分析 | 第47页 |
| 3.3.3 Sequence质量分析 | 第47-48页 |
| 3.3.4 Reads碱基分布 | 第48-49页 |
| 3.4 Reads剪切 | 第49-50页 |
| 3.5 数据拼接及注释 | 第50-54页 |
| 3.5.1 拼接数据特征 | 第50-51页 |
| 3.5.2 各染色体组装情况分析 | 第51-52页 |
| 3.5.3 单碱基深度分析 | 第52-53页 |
| 3.5.4 MF1002基因组组装结果基本特征 | 第53页 |
| 3.5.5 基因组注释 | 第53-54页 |
| 3.6 基因组序列多态性分析 | 第54-56页 |
| 3.6.1 SNP分析 | 第54-55页 |
| 3.6.2 InDel及结构多态性分析 | 第55-56页 |
| 3.7 糖酵解与细胞周期调控途径相关基因挖掘及比较分析 | 第56-67页 |
| 3.7.1 糖酵解途径相关基因挖掘分析 | 第57-61页 |
| 3.7.2 细胞周期调控途径相关基因挖掘 | 第61-67页 |
| 第四章 讨论 | 第67-72页 |
| 4.1 野生型工业酿酒酵母菌株MF1002单倍体的制备及鉴定分析 | 第67-69页 |
| 4.1.1 MF1002菌株的生孢条件研究 | 第67-68页 |
| 4.1.2 单倍体初步分离研究 | 第68页 |
| 4.1.3 倍型及配型鉴定研究 | 第68-69页 |
| 4.2 测序文库构建及质控方法探究 | 第69页 |
| 4.3 测序结果的组装、注释及多态性分析 | 第69-70页 |
| 4.4 糖酵解及细胞周期调控途径相关基因分析及挖掘 | 第70-72页 |
| 第五章 结论与展望 | 第72-75页 |
| 5.1 结论 | 第72-73页 |
| 5.2 问题与展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-88页 |
| 附录 | 第88-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文目录 | 第111页 |
