| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-12页 |
| 常用词语縮写 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-22页 |
| 1 奶牛乳腺炎的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.1 奶牛乳腺炎的概述 | 第13页 |
| 1.2 链球菌性乳腺炎发病机理 | 第13页 |
| 1.3 奶牛乳腺炎的分类 | 第13-14页 |
| 1.3.1 临床型乳腺炎 | 第13页 |
| 1.3.2 隐性乳腺炎 | 第13-14页 |
| 1.3.3 慢性乳腺炎 | 第14页 |
| 1.4 乳腺炎的诊断 | 第14-15页 |
| 1.4.1 乳汁pH检测法 | 第14页 |
| 1.4.2 乳汁体细胞计数法 | 第14页 |
| 1.4.3 加州乳腺炎试验法 | 第14-15页 |
| 1.5 奶牛乳腺炎的预防和治疗 | 第15-16页 |
| 1.5.1 奶牛乳腺炎的预防 | 第15页 |
| 1.5.2 奶牛乳腺炎的治疗 | 第15-16页 |
| 1.6 影响奶牛乳腺炎抗性形状的遗传因素 | 第16-17页 |
| 1.6.1 奶牛乳腺炎抗性性状选择 | 第16页 |
| 1.6.2 奶牛乳腺炎抗性候选基因研究进展 | 第16-17页 |
| 2 基因芯片技术及其数据分析 | 第17页 |
| 3 哺乳动物DNA甲基化研究进展 | 第17-20页 |
| 3.1 DNA甲基化与CpG岛 | 第17-18页 |
| 3.2 哺乳动物DNA甲基化的功能与作用 | 第18页 |
| 3.3 DNA甲基化检测方法的研究进展 | 第18-20页 |
| 3.4 DNA甲基化在奶牛乳腺炎治疗及抗病育种中的应用前景 | 第20页 |
| 4 研究目的与意义 | 第20-22页 |
| 第二章 奶牛诱导性链球菌型乳腺炎基因表达谱分析 | 第22-40页 |
| 1 引言 | 第22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-27页 |
| 2.1 材料 | 第22页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第22页 |
| 2.1.2 菌种 | 第22页 |
| 2.1.3 奶样 | 第22页 |
| 2.1.4 组织样品 | 第22页 |
| 2.2 主要仪器设备及试剂 | 第22-24页 |
| 2.3 差异表达基因的生物信息学分析软件及网络资源 | 第24页 |
| 2.4 实验方法 | 第24-27页 |
| 2.4.2 链球菌培养、鉴定 | 第24页 |
| 2.4.3 奶牛乳腺炎人工诱导 | 第24-25页 |
| 2.4.3.1 试验动物的准备 | 第24页 |
| 2.4.3.2 病原接种 | 第24-25页 |
| 2.4.3.3 奶牛感染后症状观察及指标测量记录 | 第25页 |
| 2.4.4 奶牛乳腺组织病理学检查 | 第25页 |
| 2.4.5 奶牛乳腺炎全基因组表达谱分析 | 第25-27页 |
| 2.4.5.1 总RNA的提取 | 第25页 |
| 2.4.5.2 总RNA的纯化 | 第25-26页 |
| 2.4.5.3 cDNA第一链和第二链一步法合成 | 第26页 |
| 2.4.5.4 荧光标记cRNA合成 | 第26页 |
| 2.4.5.5 cRNA纯化 | 第26页 |
| 2.4.5.6 cRNA样品片段化和芯片杂交 | 第26-27页 |
| 2.4.5.7 芯片洗涤 | 第27页 |
| 2.4.5.8 芯片扫描 | 第27页 |
| 2.4.6 表达谱芯片数据分析 | 第27页 |
| 3 结果和分析 | 第27-36页 |
| 3.1 链球菌培养及鉴定 | 第27页 |
| 3.2 奶牛乳腺炎诱导试验 | 第27-29页 |
| 3.2.1 临床症状变化 | 第27页 |
| 3.2.2 乳汁外观检察及CMT检测 | 第27-28页 |
| 3.2.3 乳汁体细胞数测定 | 第28页 |
| 3.2.4 乳汁细菌学检测结果 | 第28页 |
| 3.2.5 奶牛乳腺组织病理学检查结果 | 第28-29页 |
| 3.3 奶牛乳腺炎全基因组表达谱分析 | 第29-36页 |
| 3.3.1 RNA提取与检测 | 第29-30页 |
| 3.3.2 标准化基因芯片质量检测 | 第30-31页 |
| 3.3.3 差异表达基因筛选 | 第31-32页 |
| 3.3.4 差异表达基因聚类分析 | 第32-33页 |
| 3.3.5 差异表达基因GO富集分析 | 第33页 |
| 3.3.6 差异筛选基因KEGG富集分析 | 第33-36页 |
| 4 讨论 | 第36-40页 |
| 4.1 奶牛实验性乳腺炎模型的建立 | 第36-37页 |
| 4.1.1 试验动物的选择 | 第36-37页 |
| 4.1.2 诱导病原菌的选择 | 第37页 |
| 4.1.3 人工诱导性链球菌型乳腺炎临床反应 | 第37页 |
| 4.2 基因芯片结果分析 | 第37-40页 |
| 4.2.1 差异表达基因的GO富集分析 | 第37-38页 |
| 4.2.2 差异筛选基因的KEGG富集分析 | 第38-39页 |
| 4.2.3 奶牛乳腺炎候选基因 | 第39-40页 |
| 第三章 奶牛诱导性链球菌型乳腺炎DNA甲基化分析 | 第40-61页 |
| 1 引言 | 第40页 |
| 2 材料与方法 | 第40-48页 |
| 2.1 材料 | 第40页 |
| 2.2 主要仪器设备及试剂 | 第40-42页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第40-42页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第42页 |
| 2.3 主要分子生物学软件及网络资源 | 第42-43页 |
| 2.4 实验方法 | 第43-48页 |
| 2.4.1 乳腺组织样品DNA提取 | 第43-44页 |
| 2.4.2 DNA的重亚硫酸盐处理 | 第44-45页 |
| 2.4.3 CpG岛的预测及引物设计 | 第45页 |
| 2.4.4 巢式PCR过程 | 第45-47页 |
| 2.4.5 PCR产物的纯化与回收 | 第47页 |
| 2.4.6 连接与转化 | 第47-48页 |
| 2.4.7 菌液PCR鉴定 | 第48页 |
| 2.4.8 测序 | 第48页 |
| 2.4.9 数据统计与分析 | 第48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-59页 |
| 3.1 CDH13基因启动子CpG岛预测及其甲基化特征 | 第49-51页 |
| 3.1.1 CDH13基因启动子CpG岛预测 | 第49页 |
| 3.1.2 CDH13基因启动子区巢式PCR扩增结果 | 第49页 |
| 3.1.3 CDH13基因启动子区甲基化程度与mRNA表达量比较分析 | 第49-51页 |
| 3.2 EPO基因启动子CpG岛预测及其甲基化特征 | 第51-52页 |
| 3.2.1 EPO基因启动子CpG岛预测 | 第51页 |
| 3.2.2 EPO基因启动子区巢式PCR扩增结果 | 第51页 |
| 3.2.3 EPO基因启动子区甲基化程度与mRNA表达量比较分析 | 第51-52页 |
| 3.3 METTL13基因启动子CpG岛预测及其甲基化特征 | 第52-55页 |
| 3.3.1 METTL13基因启动子CpG岛预测 | 第52-53页 |
| 3.3.2 METTL13基因启动子区巢式PCR扩增结果 | 第53页 |
| 3.3.3 METTL13基因启动子区甲基化程度与mRNA表达量比较分析 | 第53-55页 |
| 3.4 CXCR1基因启动子CpG岛预测及其甲基化特征 | 第55-56页 |
| 3.4.1 CXCR1基因启动子CpG岛预测 | 第55页 |
| 3.4.2 CXCR1基因启动子区巢式PCR扩增结果 | 第55页 |
| 3.4.3 CXCR1基因启动子区甲基化程度与mRNA表达量比较分析 | 第55-56页 |
| 3.5 IL12A基因启动子CpG岛预测及其甲基化特征 | 第56-59页 |
| 3.5.1 IL12A基因启动子CpG岛预测 | 第56-57页 |
| 3.5.2 IL124基因启动子区巢式PCR扩增结果 | 第57页 |
| 3.5.3 IL124基因启动子区甲基化程度与mRNA表达量比较分析 | 第57-59页 |
| 4 讨论 | 第59-61页 |
| 4.1 实验方法的选择 | 第59页 |
| 4.2 DNA甲基化与奶牛乳腺炎 | 第59-61页 |
| 全文结论 | 第61-62页 |
| 研究展望 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 攻读学位期间发表学术论文 | 第70-71页 |
