| 中文摘要 | 第10-12页 |
| 英文摘要 | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第15-28页 |
| 1.1 肠道菌群的研究概述 | 第15-19页 |
| 1.1.1 肠道菌群的组成与分布 | 第15-16页 |
| 1.1.2 肠道菌群的主要功能 | 第16-17页 |
| 1.1.2.1 调节机体免疫 | 第16页 |
| 1.1.2.2 促进食物消化,提高饲料利用率 | 第16-17页 |
| 1.1.3 肠道菌群的变化规律 | 第17-19页 |
| 1.1.3.1 年龄对肠道菌群的影响 | 第17-18页 |
| 1.1.3.2 疾病对肠道菌群的影响 | 第18-19页 |
| 1.1.3.3 地理环境对肠道菌群的影响 | 第19页 |
| 1.2 肠道菌群研究方法概述 | 第19-22页 |
| 1.2.1 传统培养方法 | 第19页 |
| 1.2.2 肠道菌群多样性分析技术的发展历程 | 第19-22页 |
| 1.2.2.1 荧光原位杂交技术 | 第19页 |
| 1.2.2.2 基因芯片技术 | 第19-20页 |
| 1.2.2.3 末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP) | 第20页 |
| 1.2.2.4 变性/温度梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE) | 第20-21页 |
| 1.2.2.5 三代基因组测序技术原理简介 | 第21-22页 |
| 1.3 常用益生菌的种类以及作用机理 | 第22-23页 |
| 1.3.1 厌氧性益生菌 | 第22-23页 |
| 1.3.2 需氧性益生菌 | 第23页 |
| 1.4 羊腹泻性疾病主要的致病菌 | 第23-25页 |
| 1.4.1 大肠杆菌 | 第24页 |
| 1.4.2 沙门氏菌 | 第24页 |
| 1.4.3 魏氏梭菌 | 第24页 |
| 1.4.4 寄生虫 | 第24-25页 |
| 1.5 微生态制剂概述 | 第25-26页 |
| 1.5.1 微生态制剂的发展历程及应用前景 | 第25页 |
| 1.5.2 微生态制剂的临床作用 | 第25-26页 |
| 1.5.3 微生态制剂在反刍动物方面的应用 | 第26页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第26-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-39页 |
| 2.1 菌株、细胞株与试验动物 | 第28页 |
| 2.2 试剂和仪器 | 第28页 |
| 2.3 年龄腹泻因素对波尔山羊肠道菌群的影响 | 第28-32页 |
| 2.3.1 试验样品的采集 | 第28-29页 |
| 2.3.2 样本DNA提取 | 第29页 |
| 2.3.3 PCR扩增与产物纯化 | 第29页 |
| 2.3.4 生物信息学和统计分析 | 第29-32页 |
| 2.3.4.1 测序数据质量优化 | 第30页 |
| 2.3.4.2 OTU聚类及HEATMAP图绘制 | 第30-31页 |
| 2.3.4.3 基于OTU的VENN图 | 第31页 |
| 2.3.4.4 物种相对丰度图形展示 | 第31页 |
| 2.3.4.5 α多样性分析 | 第31页 |
| 2.3.4.6 β多样性分析 | 第31-32页 |
| 2.3.4.7 STAMP分析 | 第32页 |
| 2.4 波尔山羊肠道益生菌的分离鉴定 | 第32-33页 |
| 2.4.1 肠道菌的分离鉴定 | 第32页 |
| 2.4.2 分离菌的革兰氏染色及显微镜镜检 | 第32页 |
| 2.4.3 生化试验鉴定 | 第32-33页 |
| 2.4.4 细菌16SrDNA基因序列扩增测序测定与系统发育分析 | 第33页 |
| 2.5 益生菌的筛选试验 | 第33-37页 |
| 2.5.1 益生菌的体外抑菌试验 | 第33-34页 |
| 2.5.2 益生菌对肠道蠕动的影响 | 第34页 |
| 2.5.3 生长曲线测定 | 第34页 |
| 2.5.4 耐酸试验 | 第34页 |
| 2.5.5 耐胆盐试验 | 第34页 |
| 2.5.6 药敏试验 | 第34-35页 |
| 2.5.7 体外细胞吸附试验 | 第35页 |
| 2.5.8 竞争试验 | 第35-36页 |
| 2.5.9 占位抑制试验 | 第36页 |
| 2.5.10 备选菌的确定 | 第36页 |
| 2.5.11 动物安全性试验 | 第36-37页 |
| 2.6 微生态制剂的动物实验 | 第37-39页 |
| 2.6.1 小鼠腹泻模型建立 | 第37页 |
| 2.6.2 复合微生态制剂对腹泻小鼠的作用 | 第37-39页 |
| 2.6.2.1 对肠绒毛的形态学的影响 | 第37页 |
| 2.6.2.2 对肠绒毛长度及隐窝深度的影响 | 第37页 |
| 2.6.2.3 对致病菌排出量的影响 | 第37-39页 |
| 3 结果 | 第39-69页 |
| 3.1 波尔山羊肠道菌群的高通量测序 | 第39-52页 |
| 3.1.1 测序数据质量分析 | 第39-40页 |
| 3.1.2 基于OTU的HEATMAP图 | 第40-41页 |
| 3.1.3 基于OTU的VENN图 | 第41-42页 |
| 3.1.4 物种相对丰度图 | 第42-45页 |
| 3.1.5 α多样性分析 | 第45-48页 |
| 3.1.5.1 α多样性指数分析 | 第45-46页 |
| 3.1.5.2 Rank-Abundance曲线 | 第46-47页 |
| 3.1.5.3 稀释曲线 | 第47-48页 |
| 3.1.6 β多样性分析 | 第48-50页 |
| 3.1.6.1 WeightedUnifrac距离矩阵 | 第48-49页 |
| 3.1.6.2 PCoA分析及UPGMATree | 第49-50页 |
| 3.1.7 STAMP分析 | 第50-52页 |
| 3.2 波尔山羊羊肠道益生菌群的分离鉴定 | 第52-65页 |
| 3.2.1 分离菌菌落及镜检形态观察 | 第52-53页 |
| 3.2.2 生化试验结果 | 第53-55页 |
| 3.2.3 16SrDNA基因序列的测定与系统发育分析 | 第55-56页 |
| 3.2.4 益生菌的筛选试验结果 | 第56-65页 |
| 3.2.4.1 益生菌的体外抑菌试验 | 第56-57页 |
| 3.2.4.2 益生菌对肠道蠕动的影响 | 第57页 |
| 3.2.4.3 生长曲线测定 | 第57-58页 |
| 3.2.4.4 耐酸试验 | 第58-59页 |
| 3.2.4.5 耐胆盐试验 | 第59-60页 |
| 3.2.4.6 药敏试验 | 第60-62页 |
| 3.2.4.7 体外细胞吸附试验 | 第62页 |
| 3.2.4.8 竞争试验 | 第62-63页 |
| 3.2.4.9 占位抑制试验 | 第63-65页 |
| 3.2.4.10 备选菌的确定结果 | 第65页 |
| 3.2.4.11 动物安全性试验结果 | 第65页 |
| 3.3 微生态制剂的动物实验 | 第65-69页 |
| 3.3.1 致病菌浓度筛选与小鼠腹泻模型建立 | 第65-66页 |
| 3.3.2 复合微生态制剂对腹泻小鼠的作用 | 第66-69页 |
| 3.3.2.1 对肠绒毛的形态学的影响 | 第66-67页 |
| 3.3.2.2 对肠绒毛长度及隐窝深度的影响 | 第67-68页 |
| 3.3.2.3 致病菌排出数量的影响 | 第68-69页 |
| 4 讨论 | 第69-73页 |
| 5 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第83-85页 |
| 个人简介 | 第85页 |
