| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 摘要 | 第14-16页 |
| Abbreviations used in this disseilation | 第16-19页 |
| 1. INTRODUCTION | 第19-29页 |
| 1.1 LIVESTOCK DEVELOPMENT IN CHINA | 第19-20页 |
| 1.2 PIG DEVELOPMENT IN CHINA | 第20-23页 |
| 1.3 EXTRA INTESTINAL PATHOGENIC E.COLI ASSOCIATED OUTBREAKS IN CHINA | 第23-24页 |
| 1.4 E.coliO157:H7 associated outbreaks in China | 第24-26页 |
| 1.5 SALMONELLA IN CHINA | 第26-27页 |
| 1.6 ANTIMICROBIAL RESISTANCE | 第27页 |
| 1.7 SIGNIFICANCE OF THE STUDY | 第27-29页 |
| 2. REVIEW OF LITERATURE | 第29-67页 |
| 2.1 ESCHERICHIA COLI | 第29-45页 |
| 2.1.1 Characteristics of E. coli | 第29页 |
| 2.1.2 Classification of pathogenic E. coli | 第29-34页 |
| 2.1.2.1 Entero Pathogenic E. coli (EPEC) | 第30页 |
| 2.1.2.2 Shiga-toxin producing E. coli | 第30-31页 |
| 2.1.2.3 Enterotoxigenic E. coli (ETEC) | 第31页 |
| 2.1.2.4 Entroinvasive E. coli (EIEC) | 第31页 |
| 2.1.2.5 Enteraggregative E. coli (EAEC) | 第31页 |
| 2.1.2.6 Diffuse adherent E. coli (DAEC) | 第31页 |
| 2.1.2.7 Extraintstinal Pathogenic E. coli (ExPEC) | 第31-34页 |
| 2.1.2.8 Uropathogenic E. coli (UPEC) | 第34页 |
| 2.1.3 Disease in Animals | 第34-36页 |
| 2.1.4 E. coli contamination in retail meat | 第36页 |
| 2.1.5 Distribution of ExPEC and O157H7 in China | 第36-38页 |
| 2.1.6 Epidemiology | 第38-39页 |
| 2.1.7 Pathogensis of E. coli | 第39-43页 |
| 2.1.8 Diagnosis | 第43-44页 |
| 2.1.9 Control of E. coli infections | 第44-45页 |
| 2.1.9.1 Treatment with Antibiotics | 第44页 |
| 2.1.9.2 Phage theraphy | 第44页 |
| 2.1.9.3 Vaccine | 第44-45页 |
| 2.2 SALMONELLA | 第45-67页 |
| 2.2.1. General Characteristics of Salmonella | 第45页 |
| 2.2.2 Classification of Salmonella | 第45-53页 |
| 2.2.3 Salmonella in different animals | 第53-55页 |
| 2.2.4 Distribution of Salmonella in China | 第55-56页 |
| 2.2.5 Epidemiology of Salmonella | 第56-57页 |
| 2.2.6 Pathogenesis | 第57-58页 |
| 2.2.7 Diagnosis and Characterization | 第58-61页 |
| 2.2.7.1 Phenotyping Methods | 第59页 |
| 2.2.7.2 Genotyping Methods | 第59-61页 |
| 2.2.8 ANTIMICROBIAL RESISTANCE AND PUBLIC HEALTH | 第61-63页 |
| 2.2.8.1 Mechanisms of antimicrobials | 第61-62页 |
| 2.2.8.2 Antimicrobial resistance | 第62-63页 |
| 2.2.9 Transfer of antimicrobial resistance factors | 第63-64页 |
| 2.2.10 CONTROL STRATEGIES | 第64-65页 |
| 2.2.11 Objectives | 第65-67页 |
| 3. PHYLOGENETIC GROUPING, DISTRIBUTION OF VIRULENCE GENES,ANTIBIOTIC RESISTANCE AND RESISTANT GENES OF E. COLI ISOLATESALONG THE PSCP | 第67-93页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第67页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第67-77页 |
| 3.2.1 Samples | 第67-68页 |
| 3.2.2 Media Preparation | 第68-69页 |
| 3.2.2.1 BHI preparation | 第68页 |
| 3.2.2.2 MacConkey agar preparation | 第68-69页 |
| 3.2.3 Bacterial isolation | 第69页 |
| 3.2.4 Analytical Profile Index (API) 20E | 第69-70页 |
| 3.2.4.1 Principle | 第69-70页 |
| 3.2.4.2 Procedure | 第70页 |
| 3.2.5 Extraction of DNA | 第70-72页 |
| 3.2.6 Phylogenetic grouping | 第72页 |
| 3.2.7 PCR of virulence genes associated with ExPEC | 第72页 |
| 3.2.8 Antimicrobial susceptibility testing | 第72-75页 |
| 3.2.8.1 Preparation of MHA | 第73页 |
| 3.2.8.2 Disc diffussion method | 第73-75页 |
| 3.2.9 Detection of antibiotic resistance genes | 第75-76页 |
| 3.2.10 Statistical analysis | 第76-77页 |
| 3.3 RESULTS | 第77-89页 |
| 3.3.1 Phylogenetic grouping | 第77-78页 |
| 3.3.2 Virulent genes along the production and supply chain of pork | 第78-83页 |
| 3.3.4 Antibiotic resistance | 第83-84页 |
| 3.3.5 Antibiotic resistance genes(ARGs) | 第84-89页 |
| 3.4 DISCUSSION | 第89-93页 |
| 4. PREVALENCE,DISTRIBUTION OF ANTIBIOTIC RESISTANCE ANDRESISTANCE GENES OF SALMONELLA ENTERICA SEROVARS ALONG THEPSCP | 第93-112页 |
| 4.1 MATERIALS AND METHODS | 第93-99页 |
| 4.1.1 Sample collection | 第93-94页 |
| 4.1.2 Processing of samples | 第94页 |
| 4.1.3 Media preparation | 第94页 |
| 4.1.4 MPN series for enumeration of Salmonella | 第94-95页 |
| 4.1.5 PCR targeting S almonella specific invA gene | 第95-96页 |
| 4.1.6 Bacterial isolation and DNA extraction | 第96-98页 |
| 4.1.7 Antimicrobial susceptibility testing | 第98页 |
| 4.1.8 Detection of antibiotic resistance genes | 第98-99页 |
| 4.2 RESULTS | 第99-109页 |
| 4.2.1 Prevalence of Salmonella | 第99-100页 |
| 4.2.2 Isolation of Salmonella enterica subsp.1 serovars | 第100-102页 |
| 4.2.3 Comparision between specific antisera and PCR method | 第102-105页 |
| 4.2.4 Antibiotic resistance in Salmonella serovars | 第105-106页 |
| 4.2.5 Prevalence of Antimicrobial genes along the PSCP | 第106-109页 |
| 4.3 DISCUSSION | 第109-112页 |
| 5. QUANTIFICATION AND ISOLATION OF PATHOGENIC SHIGA TOXINESCHERICHIA COLI O157:H7 ALONG THE PSCP | 第112-126页 |
| 5.1 INTRODUCTION | 第112页 |
| 5.2 MATERIALS AND METHODS | 第112-117页 |
| 5.2.1 Sample collection and processing | 第112-113页 |
| 5.2.2 MPN series for enumeration of E. coli O157:H7 | 第113-114页 |
| 5.2.3 Preparation of Media | 第114页 |
| 5.2.4 Bacterial isolation and DNA extraction | 第114-115页 |
| 5.2.5 Pathogenicity testing of E. coli O157:H7 using Balb/C mice | 第115-116页 |
| 5.2.6 Histopathology | 第116-117页 |
| 5.3 RESULTS | 第117-124页 |
| 5.4 DISCUSSION | 第124-126页 |
| CONCLUSION | 第126-128页 |
| REFERENCES | 第128-147页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第147-150页 |
| PUBLICATIONS | 第150页 |
