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基于RNA-seq的菘蓝CYP450基因家族分析及芥子油苷合成相关基因的初步研究

摘要第3-5页
Abstract第5-7页
第1章 文献综述第12-24页
    1.1 菘蓝的研究概况第12-13页
        1.1.1 菘蓝的生长特性第12页
        1.1.2 菘蓝的化学成分第12-13页
        1.1.3 菘蓝的药理作用第13页
    1.2 芥子油苷的研究概况第13-17页
        1.2.1 芥子油苷的化学结构第13-14页
        1.2.2 芥子油苷的合成途径第14-15页
        1.2.3 芥子油苷的生物学功能第15-16页
        1.2.4 影响芥子油苷合成积累的主要因素第16-17页
    1.3 细胞色素P450研究进展第17-20页
        1.3.1 CYP450的结构特征第18页
        1.3.2 CYP450的分类与命名第18-19页
        1.3.3 CYP450参与的生物合成途径第19-20页
    1.4 转录组技术在药用植物中的研究进展第20-21页
    1.5 本研究的目的及意义第21-24页
第2章 基于RNA-seq的菘蓝CYP450基因家族分析第24-44页
    2.1 实验材料、试剂与仪器第24-25页
        2.1.1 植物材料第24页
        2.1.2 实验试剂第24页
        2.1.3 实验仪器第24-25页
    2.2 实验方法第25-28页
        2.2.1 材料处理方法第25页
        2.2.2 RNA的提取第25-26页
        2.2.3 cDNA文库构建和测序第26页
        2.2.4 序列组装与功能注释第26页
        2.2.5 基因表达模式的聚类分析第26-27页
        2.2.6 菘蓝CYP450基因家族成员鉴定与分类第27页
        2.2.7 qRT-PCR验证CYP450基因的表达水平第27-28页
    2.3 结果与分析第28-41页
        2.3.1 转录组测序及组装结果评价第28-29页
        2.3.2 菘蓝CYP450 Unigene的筛选与功能注释第29-33页
        2.3.3 菘蓝CYP450 Unigene表达模式的聚类分析第33-35页
        2.3.4 菘蓝CYP450编码蛋白框(CDS)的预测与分析第35-38页
        2.3.5 菘蓝CYP450的系统进化分析第38-39页
        2.3.6 菘蓝CYP450保守结构域预测第39-40页
        2.3.7 qRT-PCR验证CYP450基因的表达水平第40-41页
    2.4 讨论第41-44页
第3章 菘蓝芥子油苷生物合成相关基因的克隆第44-66页
    3.1 实验材料、试剂与仪器第44-45页
        3.1.1 植物材料第44页
        3.1.2 实验试剂及菌种第44页
        3.1.3 实验仪器第44-45页
    3.2 实验方法第45-48页
        3.2.1 菘蓝总RNA的提取第45页
        3.2.2 菘蓝cDNA的合成第45页
        3.2.3 崧蓝总DNA提取第45-46页
        3.2.4 芥子油苷合成相关基因的克隆第46-48页
        3.2.5 生物信息学分析第48页
    3.3 结果与分析第48-64页
        3.3.1 IiCYP79B2的克隆与序列分析第48-52页
        3.3.2 IiCYP79F1的克隆与序列分析第52-56页
        3.3.3 IiCYP83A1的克隆与序列分析第56-60页
        3.3.4 IiCYP83B1的克隆与序列分析第60-64页
    3.4 讨论第64-66页
第4章 菘蓝芥子油苷生物合成相关基因的表达模式分析第66-78页
    4.1 实验材料、试剂与仪器第66-67页
        4.1.1 植物材料第66页
        4.1.2 实验试剂第66页
        4.1.3 实验仪器第66-67页
    4.2 实验方法第67-68页
        4.2.1 材料处理第67页
        4.2.2 RNA提取第67页
        4.2.3 cDNA的合成第67页
        4.2.4 引物设计第67-68页
        4.2.5 实时荧光定量PCR第68页
    4.3 结果与分析第68-74页
        4.3.1 芥子油苷生物合成相关基因在菘蓝不同组织部位的表达分析第68-69页
        4.3.2 芥子油苷生物合成相关基因在菘蓝不同发育时期的表达分析第69-70页
        4.3.3 MeJA对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第70页
        4.3.4 SA对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第70-71页
        4.3.5 葡萄糖对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第71-72页
        4.3.6 Ag+对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第72页
        4.3.7 机械损伤对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第72-73页
        4.3.8 低温对芥子油苷生物合成相关基因表达的影响第73-74页
    4.4 讨论第74-78页
第5章 菘蓝芥子油苷合成相关基因的原核表达第78-92页
    5.1 实验材料、试剂与仪器第78-79页
        5.1.1 实验试剂第78页
        5.1.2 实验仪器第78-79页
        5.1.3 溶液配制第79页
    5.2 实验方法第79-82页
        5.2.1 原核表达载体的构建第79-80页
        5.2.2 重组蛋白诱导表达条件的确定第80-81页
        5.2.3 重组蛋白表达形式的鉴定第81-82页
        5.2.4 重组蛋白SDS-PAGE电泳检测第82页
    5.3 结果与分析第82-89页
        5.3.1 原核表达载体的构建第82-84页
        5.3.2 重组蛋白诱导表达条件的确定第84-86页
        5.3.3 IiCYP83A1蛋白表达形式的鉴定第86页
        5.3.4 IiCYP83B1蛋白原核表达鉴定第86-87页
        5.3.5 IiCYP79B2蛋白原核表达鉴定第87-88页
        5.3.6 IiCYP79F1蛋白原核表的鉴定第88-89页
    5.4 讨论第89-92页
第6章 结论第92-94页
参考文献第94-108页
致谢第108-110页
攻读硕士学位期间研究成果第110页

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