| 摘要 | 第6-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 英文缩略词表 | 第16-20页 |
| 第一章 绪论 | 第20-38页 |
| 1.1 宏基因组学 | 第21-22页 |
| 1.2 病毒宏基因组学概念的提出 | 第22-23页 |
| 1.3 病毒宏基因组学的研究策略 | 第23-31页 |
| 1.3.1 样品处理 | 第23-24页 |
| 1.3.2 DNA文库的构建 | 第24-26页 |
| 1.3.3 宏基因组文库的高通量测序 | 第26-29页 |
| 1.3.4 病毒宏基因组学产生的数据分析 | 第29-31页 |
| 1.4 国内外相关研究现状及发展趋势 | 第31-36页 |
| 1.4.1 病毒群落的研究及新型病毒的鉴定 | 第31-33页 |
| 1.4.2 病毒宏基因组学在病毒群落和新病毒发现上的应用 | 第33-36页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第36-37页 |
| 1.6 本研究的总体技术路线 | 第37-38页 |
| 第二章 儿童及灵长类动物腹泻肠道病毒群落组成及比较 | 第38-78页 |
| 2.1. 材料与方法 | 第38-51页 |
| 2.1.1 研究样品的采集 | 第38-40页 |
| 2.1.1.1 儿童粪便样品采集 | 第38-39页 |
| 2.1.1.2 灵长类粪便样品采集 | 第39-40页 |
| 2.1.2 重要试剂和酶类 | 第40-41页 |
| 2.1.3 粪便样品的前处理 | 第41页 |
| 2.1.4 粪便样品的核酸酶消化 | 第41-42页 |
| 2.1.5 核酸的提取 | 第42-43页 |
| 2.1.6. 样品组合设计 | 第43-44页 |
| 2.1.7 反转录和双链DNA合成 | 第44页 |
| 2.1.8 高通量测序文库的构建 | 第44-48页 |
| 2.1.8.1 双链DNA的Tagmentation | 第45-46页 |
| 2.1.8.2 Index的添加及扩增、 | 第46-48页 |
| 2.1.9 文库的纯化及DNA长度分布的优化 | 第48-49页 |
| 2.1.9.1 文库中Index二聚体的去除 | 第48页 |
| 2.1.9.2 文库DNA分布的优化 | 第48-49页 |
| 2.1.10 文库质量检测 | 第49页 |
| 2.1.11 将文库的Miseq深度测序 | 第49-50页 |
| 2.1.12 深度测序结果的生物信息学分析 | 第50-51页 |
| 2.2. 实验结果 | 第51-75页 |
| 2.2.1 病毒宏基因组学深度测序DNA文库的质量检测 | 第51-53页 |
| 2.2.1.1 文库DNA分布结果 | 第51页 |
| 2.2.1.2 文库的Bioanalyzer检测结果 | 第51-53页 |
| 2.2.2 Miseq测序结果 | 第53-55页 |
| 2.2.3 病毒宏基因组学分析结果 | 第55-75页 |
| 2.2.3.1 儿童肠道病毒群落 | 第55-64页 |
| 2.2.3.2 灵长类动物病毒群落的组成 | 第64-70页 |
| 2.2.3.3 儿童与灵长类动物肠道病毒群落的比较 | 第70-72页 |
| 2.2.3.4 儿童及灵长类动物腹泻组与健康对照组肠道病毒群落比较 | 第72-75页 |
| 2.3. 讨论 | 第75-78页 |
| 第三章 儿童及灵长类动物群体病毒腹泻相关遗传关系分析 | 第78-124页 |
| 3.1. 材料与方法 | 第79-91页 |
| 3.1.1 粪便样品及处理 | 第79页 |
| 3.1.2 病毒核酸的提取 | 第79-80页 |
| 3.1.3 RNA病毒核酸的逆转录 | 第80-81页 |
| 3.1.4 腹泻相关及新型病毒PCR检测引物 | 第81-86页 |
| 3.1.4.1 基于本研究中发现的病毒基因序列的特异性引物设计如下表 | 第81-82页 |
| 3.1.4.2 新型腺病毒基因组测序所用引物 | 第82-86页 |
| 3.1.5 特定病毒的PCR检测 | 第86-88页 |
| 3.1.5.1 PCR反应体系 | 第86页 |
| 3.1.5.2 PCR反应参数 | 第86-87页 |
| 3.1.5.3 PCR产物的电泳检测 | 第87页 |
| 3.1.5.4 PCR反应产物的回收与纯化 | 第87-88页 |
| 3.1.6 特定病毒目的基因的克隆测序 | 第88-89页 |
| 3.1.6.1 PCR产物的T/A连接 | 第88页 |
| 3.1.6.2 细菌感受态细胞的制备 | 第88-89页 |
| 3.1.6.3 连接产物转化感受态细菌及培养 | 第89页 |
| 3.1.7 病毒全基因组的de novo assembly | 第89-90页 |
| 3.1.8 基于病毒基因组或蛋白质序列的系统进化分析 | 第90-91页 |
| 3.1.8.1 序列检索及筛选 | 第90页 |
| 3.1.8.2 系统进化分析 | 第90-91页 |
| 3.1.9 病毒基因组重组研究 | 第91页 |
| 3.2. 结果 | 第91-121页 |
| 3.2.1 星状病毒(Astroviridae) | 第91-97页 |
| 3.2.1.1 本研究中星状病毒的基因组结构分析 | 第92-94页 |
| 3.2.1.2 本研究中3株星状病毒的遗传关系 | 第94-97页 |
| 3.2.2 杯状病毒科 | 第97-101页 |
| 3.2.2.1 札幌病毒(Sapovirus) | 第97-99页 |
| 3.2.2.2 诺如病毒(Norovirus) | 第99-101页 |
| 3.2.3 Picornaviridae与Picobirnaviridae | 第101-103页 |
| 3.2.4 戊型肝炎病毒样新型病毒(Hepeliviridae) | 第103-110页 |
| 3.2.5 圆环病毒及圆环病毒样病毒 | 第110-112页 |
| 3.2.6 腺病毒(Adenovirus) | 第112-121页 |
| 3.2.6.1 新型腺病毒的基因组结构 | 第113-115页 |
| 3.2.6.2 新型腺病毒与其他人及灵长类动物腺病毒的遗传关系 | 第115-119页 |
| 3.2.6.3 基于基因组水平的病毒重组分析 | 第119-120页 |
| 3.2.6.4 基因腺病毒基因序列的特异性引物检测 | 第120-121页 |
| 3.3. 讨论 | 第121-124页 |
| 第四章 主要结论与展望 | 第124-126页 |
| 4.1 主要结论及创新点 | 第124-125页 |
| 4.2 展望 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 在学期间发表的学术论文及其他科研成果 | 第145-146页 |
| 学术论文 | 第145页 |
| 主持、参与课题 | 第145-146页 |
| 获奖及专利授权情况 | 第146页 |
