| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 引言 | 第13-22页 |
| 1. 种群以及种群的遗传结构 | 第13页 |
| 2. 分子系统地理学的建立与研究进展 | 第13-15页 |
| 3. 影响鳓鱼系统地理格局的因素 | 第15-16页 |
| 3.1 外部因素 | 第15-16页 |
| 3.2 鳓鱼自身的内部因素 | 第16页 |
| 4. 太平洋西部各海域地理状况及水文特征 | 第16-18页 |
| 4.1 黄渤海概况 | 第17页 |
| 4.2 东海概况 | 第17页 |
| 4.3 南海概况 | 第17页 |
| 4.4 台湾海峡概况 | 第17页 |
| 4.5 日本海概况 | 第17页 |
| 4.6 朝鲜海峡概况 | 第17-18页 |
| 5. 鳓鱼资源的研究现状及存在问题 | 第18-20页 |
| 5.1 我国沿海鳓鱼的资源状况 | 第18页 |
| 5.2 目前鳓鱼研究现状 | 第18-19页 |
| 5.3 存在问题 | 第19-20页 |
| 6. 研究目的和意义 | 第20-22页 |
| 第1章 太平洋西部鳓鱼进化历史的研究 | 第22-39页 |
| 1.1 鳓鱼群体的研究进展 | 第22-24页 |
| 1.1.1 鳓鱼的地理分布、生活习性及生殖特征 | 第22-23页 |
| 1.1.2 鳓鱼群体划分的研究现状 | 第23-24页 |
| 1.2 鳓鱼的形态学分析 | 第24-38页 |
| 1.2.1 材料与方法 | 第24-29页 |
| 1.2.2 实验结果 | 第29-38页 |
| 1.3 讨论 | 第38-39页 |
| 第2章 太平洋西部鳓鱼群体的分子遗传学差异 | 第39-59页 |
| 2.1 实验材料 | 第39页 |
| 2.2 基因组DNA的提取，PCR扩增及目的片段的测序 | 第39-41页 |
| 2.2.1 鳓鱼基因组DNA的提取 | 第39页 |
| 2.2.2 PCR扩增及目的片段的测序 | 第39-40页 |
| 2.2.3 序列比对以及概括统计量 | 第40页 |
| 2.2.4 单倍型网络图和系统发育分析 | 第40页 |
| 2.2.5 鳓鱼群体间遗传变异 | 第40-41页 |
| 2.2.6 遗传障碍和地理隔离分析 | 第41页 |
| 2.2.7 错配分析和统计参数评估 | 第41页 |
| 2.3 结果 | 第41-53页 |
| 2.3.1 D-loop序列的差异 | 第41-44页 |
| 2.3.2 鳓鱼群体的系统发育分析 | 第44-46页 |
| 2.3.3 鳓鱼群体间的遗传分化 | 第46-48页 |
| 2.3.4 Barrier和地理距离隔离分析 | 第48-50页 |
| 2.3.5 鳓鱼群体的历史统计分析 | 第50-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-56页 |
| 2.4.1 太平洋西部鳓鱼群体的多态性研究 | 第53-54页 |
| 2.4.2 鳓鱼群体的遗传结构和历史动态研究 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-59页 |
| 第3章 鲱形目鲚属单核苷酸多态性位点（SNPs）标记的开发及在物种界定中的应用 | 第59-71页 |
| 3.1 前言 | 第59-60页 |
| 3.2 材料与方法 | 第60-65页 |
| 3.2.1 样本 | 第60-63页 |
| 3.2.2 目标基因的筛选和探针的设计 | 第63页 |
| 3.2.3 文库制备、基因富集及混合测序 | 第63页 |
| 3.2.4 生物信息学分析 | 第63-64页 |
| 3.2.5 序列（reads）映射和SNPs位点的获取 | 第64页 |
| 3.2.6 种群结构分析 | 第64页 |
| 3.2.7 物种界定 | 第64-65页 |
| 3.3 实验结果 | 第65-68页 |
| 3.3.1 测序结果和SNPs获取 | 第65-66页 |
| 3.3.2 种群遗传结构分析 | 第66-68页 |
| 3.3.3 Bayes factor物种界定 | 第68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-71页 |
| 总结 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-86页 |
| 在校期间的科研情况 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
