基于生物分子网络分析的疾病基因预测算法
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-17页 |
| 1.3 本文工作及组织结构 | 第17-20页 |
| 第二章 疾病基因预测研究概述 | 第20-30页 |
| 2.1 相关生物数据 | 第20-25页 |
| 2.1.1 蛋白质相互作用网络 | 第20-21页 |
| 2.1.2 疾病基因数据 | 第21-23页 |
| 2.1.3 基因表达数据 | 第23-24页 |
| 2.1.4 GO本体论和注释数据 | 第24-25页 |
| 2.2 疾病基因预测方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 基于模型的预测方法 | 第25-26页 |
| 2.2.2 基于距离的预测方法 | 第26-27页 |
| 2.2.3 基于模块的预测方法 | 第27-28页 |
| 2.2.4 基于数据集成的预测方法 | 第28-30页 |
| 第三章 基于网络分析的疾病基因预测算法 | 第30-40页 |
| 3.1 方法概述 | 第30-31页 |
| 3.2 疾病网络构建方法 | 第31-35页 |
| 3.2.1 疾病基因收集 | 第32页 |
| 3.2.2 网络构建算法 | 第32-35页 |
| 3.3 致病基因的预测方法 | 第35-38页 |
| 3.3.1 聚类算法 | 第36-37页 |
| 3.3.2 模块得分算法 | 第37页 |
| 3.3.3 基因得分算法 | 第37-38页 |
| 3.4 本章小结 | 第38-40页 |
| 第四章 实验结果与分析 | 第40-58页 |
| 4.1 实验数据 | 第40-43页 |
| 4.1.1 PPI的处理 | 第40页 |
| 4.1.2 疾病基因的筛选 | 第40-41页 |
| 4.1.3 基因表达数据预处理 | 第41-43页 |
| 4.2 疾病网络合理性分析 | 第43-48页 |
| 4.2.1 疾病基因拓扑特性分析 | 第43-46页 |
| 4.2.2 疾病网络拓扑特性分析 | 第46页 |
| 4.2.3 聚类模块结构分析 | 第46-48页 |
| 4.3 预测的致病基因的验证与分析 | 第48-57页 |
| 4.3.1 留一交叉验证 | 第48-51页 |
| 4.3.2 分类性能分析 | 第51-52页 |
| 4.3.3 富集分析 | 第52-57页 |
| 4.4 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 作者简介 | 第68-69页 |
