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几种重要植物线虫高通量测序数据比较分析及靶标基因挖掘

摘要第3-4页
ABSTRACT第4-5页
第一章 引言第10-21页
    1.1 植物寄生线虫简介第10-13页
        1.1.1 燕麦孢囊线虫的危害与特征第10-11页
        1.1.2 松材线虫的危害和特征第11-12页
        1.1.3 几种危害严重的根结线虫简介第12-13页
    1.2 植物基因工程遗传改良在抗线虫研究中的优势第13页
    1.3 植物寄生线虫效应因子第13-18页
        1.3.1 线虫食道腺细胞为效应蛋白的主要合成与分泌部位第13-15页
        1.3.2 植物寄生线虫效应因子的生物学功能第15-16页
        1.3.3 RxLR效应因子第16页
        1.3.4 利用PVX表达载体研究线虫效应因子第16-17页
        1.3.5 分泌蛋白质组的概念第17-18页
    1.4 高通量数据在植物寄生线虫学研究中的应用第18-19页
        1.4.1 植物寄生线虫测序项目和数据与日俱增第18页
        1.4.2 高通量数据和生物信息技术预测分泌蛋白第18-19页
        1.4.3 利用同源序列筛选RNAi靶标基因第19页
    1.5 本研究目的与意义第19-21页
第二章 燕麦孢囊线虫寄生前、后转录组的比较与分析第21-68页
    2.1 材料与方法第21-28页
        2.1.1 线虫材料的收集第21-22页
        2.1.2 mRNA的制备以及454测序文库的建立第22-23页
        2.1.3 生物信息分析第23-25页
        2.1.4 qRT-PCR验证基因不同龄期发育表达模式第25页
        2.1.5 线虫组织原位杂交第25-27页
        2.1.6 效应因子对BAX引发的烟草细胞程序性死亡(BT-PCD)作用的检测第27页
        2.1.7 观察PVX介导烟草系统性表达线虫效应因子对其毒力的影响第27-28页
    2.2 结果分析与讨论第28-66页
        2.2.1 转录组测序、拼接及基本注释第28-32页
        2.2.2 不同生活方式线虫比较分析第32-46页
        2.2.3 寄生前、后两个混合虫态转录组比较分析第46-50页
        2.2.4 效应因子的挖掘第50-62页
        2.2.5 新效应因子初步功能验证第62-65页
        2.2.6 潜在的RNAi防治靶标预测第65-66页
    2.3 小结与展望第66-68页
第三章 三种不同致病力松材线虫比较分泌组第68-75页
    3.1 材料与方法第68-69页
        3.1.1 线虫材料第68页
        3.1.2 数据来源第68页
        3.1.3 分析方法第68-69页
    3.2 结果分析第69-74页
        3.2.1 松材线虫和拟松材线虫基因组基本情况第69-70页
        3.2.2 分泌蛋白质组预测第70-71页
        3.2.3 分泌蛋白质组比较与分析第71-74页
    3.3 小结与讨论第74-75页
第四章 三种植物线虫RNAI致死或发育障碍靶标基因挖掘第75-81页
    4.1 材料与方法第75-76页
        4.1.1 数据来源第75页
        4.1.2 分析方法第75-76页
    4.2 结果与分析第76-80页
        4.2.1 防治根结线虫RNAi靶标基因第76-78页
        4.2.2 防治大豆孢囊线虫RNAi靶标基因第78-80页
    4.3 小结与讨论第80-81页
第五章 全文总结和展望第81-82页
参考文献第82-96页
附录第96-99页
致谢第99-100页
个人简介第100页

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