| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第18-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-34页 |
| 1.1 TRIM蛋白 | 第19-30页 |
| 1.1.1 TRIM蛋白各结构域特征及功能 | 第19-24页 |
| 1.1.2 泛素化系统 | 第24-26页 |
| 1.1.3 TRIM蛋白在免疫系统中的功能 | 第26-28页 |
| 1.1.4 TRIM蛋白表达特征 | 第28-30页 |
| 1.2 TRIM蛋白的分类及进化 | 第30-32页 |
| 1.2.1 TRIM蛋白的分类 | 第30-31页 |
| 1.2.2 TRIM蛋白的进化 | 第31-32页 |
| 1.3 鱼类TRIM基因研究现状 | 第32-33页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第33-34页 |
| 第二章 鱼类TRIM基因系统进化分析 | 第34-50页 |
| 第一节 斑马鱼TRIM基因多样性分析 | 第34-45页 |
| 1.1 斑马鱼TRIM基因序列及蛋白质序列资源的获得 | 第34页 |
| 1.2 实验方法 | 第34页 |
| 1.2.1 斑马鱼TRIM蛋白分类 | 第34页 |
| 1.2.2 斑马鱼TRIM基因在染色体上定位及同线性分析 | 第34页 |
| 1.2.3 斑马鱼TRIM基因序列比对和系统发生分析 | 第34页 |
| 1.3 结果与分析 | 第34-41页 |
| 1.3.1 斑马鱼TRIM蛋白分类 | 第34-36页 |
| 1.3.2 斑马鱼TRIM基因在染色体上的定位及同线性分析 | 第36-39页 |
| 1.3.3 RBCC-B30.2 TRIM蛋白系统发生分析 | 第39-41页 |
| 1.4 讨论 | 第41-43页 |
| 1.5 小结 | 第43-45页 |
| 第二节 鱼类TRIM基因系统进化分析 | 第45-50页 |
| 2.1 序列资源 | 第45页 |
| 2.2 实验方法 | 第45页 |
| 2.2.1 象鼻鲨TRIM蛋白分类 | 第45页 |
| 2.2.2 鱼类TRIM基因序列比对、同线性分析和系统发生分析 | 第45页 |
| 2.3 结果与分析 | 第45-48页 |
| 2.3.1 象鼻鲨TRIM蛋白分类 | 第45-46页 |
| 2.3.2 鱼类TRIM蛋白系统发生分析 | 第46-48页 |
| 2.4 讨论 | 第48页 |
| 2.5 小结 | 第48-50页 |
| 第三章 条纹斑竹鲨TRIM基因克隆及免疫功能研究 | 第50-84页 |
| 第一节 条纹斑竹鲨TRIM基因克隆及进化分析 | 第50-65页 |
| 1.1 实验材料 | 第50-51页 |
| 1.1.1 材料 | 第50页 |
| 1.1.2 菌株、质粒与引物 | 第50页 |
| 1.1.3 试剂与工具酶 | 第50页 |
| 1.1.4 溶液和培养基 | 第50页 |
| 1.1.5 主要实验仪器及材料 | 第50-51页 |
| 1.2 实验方法 | 第51-57页 |
| 1.2.1 条纹斑竹鲨脾脏组织总RNA的提取 | 第51页 |
| 1.2.2 逆转录反应获得第一链cDNA | 第51-52页 |
| 1.2.3 TRIM基因简并引物的设计 | 第52页 |
| 1.2.4 条纹斑竹鲨TRIM基因保守区片段的克隆 | 第52-54页 |
| 1.2.5 条纹斑竹鲨TRIM基因全长序列的获得 | 第54-56页 |
| 1.2.6 条纹斑竹鲨TRIM基因进化分析 | 第56-57页 |
| 1.3 结果与分析 | 第57-64页 |
| 1.3.1 TRIM基因简并引物的设计 | 第57页 |
| 1.3.2 条纹斑竹鲨TRIM基因保守区片段的扩增 | 第57-58页 |
| 1.3.3 Cptrim35和Cptrim39全长基因的获得 | 第58页 |
| 1.3.4 序列比对及进化分析 | 第58-64页 |
| 1.4 讨论 | 第64页 |
| 1.5 小结 | 第64-65页 |
| 第二节 条纹斑竹鲨Cptrim35基因功能研究 | 第65-76页 |
| 2.1 实验材料 | 第65-66页 |
| 2.1.1 实验用鱼、菌株、细胞、质粒与载体 | 第65页 |
| 2.1.2 引物 | 第65页 |
| 2.1.3 试剂与工具酶 | 第65-66页 |
| 2.1.4 主要实验仪器 | 第66页 |
| 2.2 实验方法 | 第66-72页 |
| 2.2.1 条纹斑竹鲨Cptrim35基因组织分布及攻毒后差异表达分析 | 第66-67页 |
| 2.2.2 条纹斑竹鲨Cptrim35亚细胞定位的研究 | 第67-70页 |
| 2.2.3 Cptrim35、Ring缺失体及其剪接体的体外泛素化检测 | 第70-72页 |
| 2.3 结果与分析 | 第72-75页 |
| 2.3.1 条纹斑竹鲨Cptrim35基因各组织分布分析 | 第72页 |
| 2.3.2 LPS和poly I:C攻毒后表达差异分析 | 第72-73页 |
| 2.3.3 Cptrim35及其剪接体在HEK293T细胞中的定位 | 第73-74页 |
| 2.3.4 Cptrim35及其剪接体的体外自我泛素化活性检测 | 第74-75页 |
| 2.4 讨论 | 第75-76页 |
| 第三节 条纹斑竹鲨Cptrim39基因功能研究 | 第76-84页 |
| 3.1 实验材料 | 第76页 |
| 3.1.1 实验用鱼、菌株、细胞、质粒与载体 | 第76页 |
| 3.1.2 引物 | 第76页 |
| 3.1.3 主要试剂与工具酶 | 第76页 |
| 3.1.4 主要实验仪器 | 第76页 |
| 3.2 实验方法 | 第76-79页 |
| 3.2.1 条纹斑竹鲨Cptrim39基因组织分布及攻毒后差异表达分析 | 第76-77页 |
| 3.2.2 条纹斑竹鲨Cptrim39亚细胞定位的研究 | 第77-78页 |
| 3.2.3 Cptrim39及Ring缺失体的体外泛素化检测 | 第78页 |
| 3.2.4 数据处理 | 第78-79页 |
| 3.3 结果与分析 | 第79-82页 |
| 3.3.1 条纹斑竹鲨Cptrim39基因组织分布分析 | 第79-80页 |
| 3.3.2 Cptrim39基因NJ-1 攻毒后表达差异分析 | 第80-81页 |
| 3.3.3 Cptrim39亚细胞定位 | 第81-82页 |
| 3.3.4 Cptrim39体外自我泛素化活性检测 | 第82页 |
| 3.4 讨论 | 第82-83页 |
| 3.5 小结 | 第83-84页 |
| 第四章 TRIM基因在嗜水气单胞菌侵染斑马鱼模型中功能研究 | 第84-107页 |
| 第一节 嗜水气单胞菌侵染斑马鱼模型的建立 | 第84-87页 |
| 1.1 实验材料 | 第84-85页 |
| 1.1.1 实验用鱼及菌株 | 第84页 |
| 1.1.2 引物 | 第84页 |
| 1.1.3 主要试剂 | 第84页 |
| 1.1.4 主要实验仪器 | 第84-85页 |
| 1.2 实验方法 | 第85页 |
| 1.2.1 嗜水气单胞菌（A. hydrophila）NJ-1 感染斑马鱼 | 第85页 |
| 1.2.2 斑马鱼相关免疫因子检测 | 第85页 |
| 1.3 结果与分析 | 第85-86页 |
| 1.3.1 攻毒菌体浓度及攻毒时间的确定 | 第85-86页 |
| 1.3.2 RT-qPCR检测攻毒后免疫因子变化 | 第86页 |
| 1.4 讨论 | 第86-87页 |
| 第二节TRIM基因差异表达的筛选 | 第87-91页 |
| 2.1 实验材料 | 第87页 |
| 2.1.1 实验用鱼及菌株 | 第87页 |
| 2.1.2 引物 | 第87页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第87页 |
| 2.1.4 主要实验仪器 | 第87页 |
| 2.2 实验方法 | 第87页 |
| 2.2.1 RT-qPCR引物验证 | 第87页 |
| 2.2.2 攻毒后斑马鱼TRIM基因表达水平检测 | 第87页 |
| 2.2.3 数据处理 | 第87页 |
| 2.3 结果与分析 | 第87-90页 |
| 2.3.1 斑马鱼泛素化系统中相关基因差异表达分析 | 第87-88页 |
| 2.3.2 斑马鱼TRIM基因差异表达分析 | 第88-90页 |
| 2.4 讨论 | 第90-91页 |
| 第三节btr20基因功能研究 | 第91-99页 |
| 3.1 实验材料 | 第91页 |
| 3.1.1 实验用鱼、菌株、细胞、质粒与载体 | 第91页 |
| 3.1.2 引物 | 第91页 |
| 3.1.3 主要试剂与工具酶 | 第91页 |
| 3.1.4 主要实验仪器 | 第91页 |
| 3.2 实验方法 | 第91-94页 |
| 3.2.1 斑马鱼btr20基因组织分布及攻毒后差异表达分析 | 第91-92页 |
| 3.2.2 btr20亚细胞定位的研究 | 第92页 |
| 3.2.3 btr20体外泛素化检测 | 第92-93页 |
| 3.2.4 btr20基因在ZF4细胞中的敲除实验 | 第93-94页 |
| 3.2.5 数据处理 | 第94页 |
| 3.3 结果与分析 | 第94-98页 |
| 3.3.1 btr20基因组织分布及攻毒后差异表达检测 | 第94-96页 |
| 3.3.2 btr20亚细胞定位 | 第96-97页 |
| 3.3.3 btr20体外与不同泛素结合酶E2的自我泛素化活性检测 | 第97页 |
| 3.3.4 btr20在ZF4细胞中敲除后引起NF-κB下调表达 | 第97-98页 |
| 3.4 讨论 | 第98-99页 |
| 第四节 斑马鱼TRIM蛋白互作蛋白的筛选及验证 | 第99-107页 |
| 4.1 实验材料 | 第99页 |
| 4.1.1 实验用鱼 | 第99页 |
| 4.1.2 菌株和质粒 | 第99页 |
| 4.1.3 试剂和工具酶 | 第99页 |
| 4.1.4 试剂和培养基的配制 | 第99页 |
| 4.2 实验方法 | 第99-102页 |
| 4.2.1 TRIM-pGBKT7融合载体的构建 | 第99-100页 |
| 4.2.2 诱饵蛋白的自激活检测 | 第100页 |
| 4.2.3 诱饵蛋白对宿主细胞毒性的检测 | 第100页 |
| 4.2.4 斑马鱼脾脏组织Y2H cDNA文库的建立 | 第100-101页 |
| 4.2.5 诱饵菌株和文库宿主菌的双杂交 | 第101页 |
| 4.2.6 表达相互作用蛋白酵母二倍体的筛选 | 第101页 |
| 4.2.7 计算融合效率和可筛选的克隆数 | 第101页 |
| 4.2.8 分析阳性相互作用 | 第101页 |
| 4.2.9 候选蛋白的pull-down验证 | 第101-102页 |
| 4.3 实验结果 | 第102-105页 |
| 4.3.1 TRIM蛋白诱饵质粒的构建 | 第102-103页 |
| 4.3.2 TRIM诱饵蛋白自激活检测 | 第103页 |
| 4.3.3 TRIM诱饵蛋白对酵母宿主细胞的毒性检测 | 第103页 |
| 4.3.4 斑马鱼脾脏cDNA文库的构建及质量鉴定 | 第103-104页 |
| 4.3.5 trim1和trim23诱饵蛋白与cDNA文库的杂交筛选互作蛋白 | 第104页 |
| 4.3.6 trim23蛋白与UbcE2I蛋白的pull-down验证 | 第104-105页 |
| 4.4 讨论 | 第105-106页 |
| 4.5 本章小结 | 第106-107页 |
| 第五章 全文结论与展望 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-118页 |
| 附录 | 第118-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 作者简历 | 第132页 |
