| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-25页 |
| 1.1 植物抗逆研究进展 | 第15-19页 |
| 1.1.1 激素与植物抗逆 | 第15-16页 |
| 1.1.2 转录因子与植物抗逆 | 第16-17页 |
| 1.1.3 DNA甲基化与植物抗逆 | 第17-18页 |
| 1.1.4 金属离子与植物抗逆 | 第18-19页 |
| 1.1.5 其它代谢物与植物抗逆 | 第19页 |
| 1.2 植物抵御胁迫的分子机制 | 第19-20页 |
| 1.3 棉花抗逆性的研究进展 | 第20页 |
| 1.4 基因工程在植物抗逆中的应用 | 第20-21页 |
| 1.5 转录组测序技术原理及应用 | 第21-25页 |
| 1.5.1 一代测序技术原理 | 第21-22页 |
| 1.5.2 二代测序技术原理 | 第22-23页 |
| 1.5.2.1 454 测序技术 | 第22页 |
| 1.5.2.2 Solexa测序技术 | 第22-23页 |
| 1.5.2.3 Solid测序技术 | 第23页 |
| 1.5.3 二代测序的应用 | 第23-24页 |
| 1.5.4 二代测序技术存在的问题及发展趋势 | 第24-25页 |
| 第2章 引言 | 第25-27页 |
| 第3章 试验材料和方法 | 第27-37页 |
| 3.1 试验材料 | 第27-28页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第27页 |
| 3.1.2 试验试剂 | 第27页 |
| 3.1.3 试验仪器 | 第27-28页 |
| 3.2 试验方法 | 第28-37页 |
| 3.2.1 棉花种子萌发率测定 | 第28页 |
| 3.2.1.1 棉花种子萌发 | 第28页 |
| 3.2.1.2 处理条件设定 | 第28页 |
| 3.2.2 棉花种子转录组测序 | 第28-34页 |
| 3.2.2.1 总RNA提取 | 第28-29页 |
| 3.2.2.2 RNA纯化与检测 | 第29页 |
| 3.2.2.3 Illumina测序 | 第29-34页 |
| 3.2.3 qRT-PCR分析 | 第34-37页 |
| 第4章 实验结果与分析 | 第37-59页 |
| 4.1 不同盐浓度对种子萌发影响（RNA-Seq盐浓度确定） | 第37-38页 |
| 4.2 棉花种子转录组测序结果 | 第38-45页 |
| 4.2.1 数据概况 | 第38-41页 |
| 4.2.2 参考序列比对分析 | 第41-43页 |
| 4.2.2.1 Reads与参考序列比对情况统计 | 第41-42页 |
| 4.2.2.2 均一性分布检查 | 第42-43页 |
| 4.2.3 基因表达量统计 | 第43-44页 |
| 4.2.4 qRT-PCR分析结果 | 第44-45页 |
| 4.3 基因差异表达分析 | 第45-50页 |
| 4.3.1 显著差异表达基因筛选 | 第45-47页 |
| 4.3.2 差异基因主成分分析 | 第47-48页 |
| 4.3.3 差异基因相关性分析 | 第48-49页 |
| 4.3.4 差异基因韦恩图分析 | 第49-50页 |
| 4.4 差异基因GO富集分析 | 第50-51页 |
| 4.4.1 GO功能分类注释 | 第50-51页 |
| 4.4.2 特异表达基因GO富集 | 第51页 |
| 4.5 差异基因pathway富集分析 | 第51-53页 |
| 4.6 K-mean分析 | 第53-56页 |
| 4.7 差异表达TF分析 | 第56-58页 |
| 4.8 A-、D-亚基因组比较分析 | 第58-59页 |
| 第5章 讨论与结论 | 第59-67页 |
| 5.1 讨论 | 第59-63页 |
| 5.1.1 萌发实验分析 | 第59页 |
| 5.1.2 差异表达基因分析 | 第59-60页 |
| 5.1.3 转录组数据可靠性 | 第60页 |
| 5.1.4 Pathway分析 | 第60-61页 |
| 5.1.5 K-mean分析 | 第61页 |
| 5.1.6 TF分析 | 第61-62页 |
| 5.1.7 A-、D-亚基因组比较分析 | 第62-63页 |
| 5.2 结论 | 第63-65页 |
| 5.3 展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-77页 |
| 英文缩略表 | 第77-79页 |
| 致谢 | 第79-81页 |
| 在读期间参与的课题及发表文章情况 | 第81页 |