| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略词表 | 第10-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-31页 |
| 一、啮齿动物源性病毒与传染病 | 第13-15页 |
| 二、沙粒病毒科、戊型肝炎病毒科等7科病毒 | 第15-23页 |
| 2.1. 沙粒病毒科 | 第15-17页 |
| 2.2. 小RNA病毒科 | 第17-18页 |
| 2.3. 黄病毒科 | 第18-19页 |
| 2.4. 戊型肝炎病毒科 | 第19-20页 |
| 2.5. 星状病毒科 | 第20-21页 |
| 2.6. 细小病毒亚科 | 第21-22页 |
| 2.7. 圆环病毒科 | 第22-23页 |
| 三、病毒组 | 第23-25页 |
| 四、新一代测序技术与动物源性病毒 | 第25-26页 |
| 五、本研究的立题依据 | 第26-27页 |
| 六、实验设计 | 第27-31页 |
| 6.1. 采样 | 第27-28页 |
| 6.2. 技术路线 | 第28-31页 |
| 第二章 材料和方法 | 第31-56页 |
| 一、实验材料仪器 | 第31-34页 |
| 1.1. 实验所需载体 | 第31页 |
| 1.2. 主要试剂耗材 | 第31-32页 |
| 1.3. 主要实验仪器 | 第32-33页 |
| 1.4. 溶液配置 | 第33-34页 |
| 二、实验方法 | 第34-56页 |
| 2.1. 样品及建立核酸文库 | 第34-37页 |
| 2.2. Hiseq文库构建及Hiseq测序准备实验 | 第37-41页 |
| 2.3. 生物信息学分析 | 第41-42页 |
| 2.4. 病毒鉴定及保守区域扩增 | 第42-46页 |
| 2.5. 病毒全基因组扩增 | 第46-55页 |
| 2.6. 系统进化分析 | 第55-56页 |
| 第三章 实验结果 | 第56-117页 |
| 一、啮齿目和鼩形目宏基因组分析 | 第56-80页 |
| 1.1. 样品采集 | 第56-59页 |
| 1.2. 样品合并富集及cDNA文库建立 | 第59-70页 |
| 1.3. 宏基因组测序结果 | 第70-71页 |
| 1.4. 生物信息分析结果 | 第71-74页 |
| 1.5. 啮齿动物携带沙粒病毒科、黄病毒科等病毒组分析 | 第74-80页 |
| 二、新型啮齿目和鼩形目动物病毒筛查鉴定 | 第80-117页 |
| 2.1. 病毒鉴定及全基因组扩增 | 第80-82页 |
| 2.2. 主要的RNA病毒 | 第82-109页 |
| 2.3. 主要的DNA病毒 | 第109-117页 |
| 第四章 讨论 | 第117-124页 |
| 一、啮齿目动物病毒组 | 第117-118页 |
| 二、啮齿目动物病毒 | 第118-122页 |
| 2.1. 沙粒病毒 | 第118-119页 |
| 2.2. 黄病毒 | 第119-120页 |
| 2.3. 小RNA病毒 | 第120-121页 |
| 2.4. 戊型肝炎病毒、星状病毒、圆环病毒、细小病毒 | 第121-122页 |
| 三、结论 | 第122-124页 |
| 创新点 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 博士期间发表论文 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-134页 |
| 附录 | 第134-143页 |
