| 博士论文创新点 | 第6-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 缩略语表 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 第一节 DNA磷硫酰化修饰 | 第15-27页 |
| 1.1.1 DNA磷硫酰化修饰早期研究——人工合成的磷硫酰化修饰 | 第15-16页 |
| 1.1.2 天然的磷硫酰化修饰 | 第16-27页 |
| 第二节 DNA甲基化修饰 | 第27-35页 |
| 1.2.1 DNA甲基化限制-修饰系统的发现 | 第28-29页 |
| 1.2.2 限制-修饰系统的分类 | 第29-31页 |
| 1.2.3 孤儿甲基转移酶 | 第31-32页 |
| 1.2.4 甲基化基因组图谱 | 第32-33页 |
| 1.2.5 其他防御系统——CRISPR/Cas系统 | 第33-35页 |
| 第三节 本课题的研究目的以及研究内容 | 第35-37页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第35-36页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第36-37页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第37-52页 |
| 第一节 实验材料 | 第37-44页 |
| 2.1.1 实验所用到菌株 | 第37-39页 |
| 2.1.2 实验所用到质粒 | 第39-40页 |
| 2.1.3 实验所用到培养基 | 第40-41页 |
| 2.1.4 实验所用化学试剂 | 第41-43页 |
| 2.1.5 实验所用酶 | 第43-44页 |
| 2.1.6 实验中所用到的标准品的合成 | 第44页 |
| 第二节 实验方法 | 第44-52页 |
| 2.2.1 细菌培养条件 | 第44-45页 |
| 2.2.2 细菌基因组提取方法 | 第45-46页 |
| 2.2.3 SMRT测序用DNA质量控制 | 第46页 |
| 2.2.4 单链DNA(ssDNA)退火为双链DNA(dsDNA) | 第46页 |
| 2.2.5 DNA体外甲基化 | 第46页 |
| 2.2.6 dsDNA体外酶切实验 | 第46-47页 |
| 2.2.7 DNA酶解 | 第47页 |
| 2.2.8 蛋白纯化 | 第47-48页 |
| 2.2.9 CRISPRi(CRISPR interference) | 第48页 |
| 2.2.10 彗星实验(comet assay) | 第48-49页 |
| 2.2.11 高效液相色谱-质谱联用(HPLC-MS)分析 | 第49-50页 |
| 2.2.12 实时荧光定量PCR | 第50页 |
| 2.2.13 菌体形态观测 | 第50-52页 |
| 第三章 DNA磷硫酰化修饰的基因组定位 | 第52-60页 |
| 第一节 结果与分析 | 第52-59页 |
| 3.1.1 含d(C_(PS)C)修饰的oligo的SMRT测序 | 第52-53页 |
| 3.1.2 FF75基因组DNA的磷硫酰化修饰位点序列分析 | 第53-55页 |
| 3.1.3 FF75基因组DNA的磷硫酰化修饰位点分布分析 | 第55-56页 |
| 3.1.4 FF75基因组DNA的磷硫酰化修饰位点定位 | 第56-58页 |
| 3.1.5 FF75基因组DNA磷硫酰化修饰状态单分子分析 | 第58-59页 |
| 第二节 小结与讨论 | 第59-60页 |
| 第四章 DNA磷硫酰化限制-修饰系统与DNA甲基化限制-修饰系统的汇聚 | 第60-87页 |
| 第一节 结果与分析 | 第60-86页 |
| 4.1.1 杂合修饰d(G_(PS)~(6m)A)的体内构建 | 第61-63页 |
| 4.1.2 杂合修饰d(G_(PS)~(6m)A)的基因组定位 | 第63-66页 |
| 4.1.3 探寻自然状态下的杂合修饰 | 第66-68页 |
| 4.1.4 磷硫酰化修饰DNA对Dam甲基转移酶效率的影响探索 | 第68-70页 |
| 4.1.5 甲基化DNA对DndABCDE功能行使的影响探究 | 第70-75页 |
| 4.1.6 磷硫酰化修饰DNA减弱甲基敏感限制性内切酶Mbo Ⅰ的作用 | 第75-79页 |
| 4.1.7 甲基化DNA阻碍DndFGH的低温限制作用 | 第79-86页 |
| 第二节 小结与讨论 | 第86-87页 |
| 第五章 本研究工作总结与展望 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-97页 |
| 学位攻读期间取得的研究成果 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
