| 文中缩略词 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 前言 | 第14-28页 |
| 1.鼠疫耶尔森氏菌的基本特性及其研究意义 | 第14-16页 |
| ·鼠疫菌的生物学特性 | 第14-15页 |
| ·鼠疫菌的质粒组成及特点 | 第15页 |
| ·鼠疫菌的危害与研究意义 | 第15-16页 |
| 2.小RNA的研究进展 | 第16-18页 |
| ·小RNA的基本特征 | 第16页 |
| ·小RNA的作用机制及分类 | 第16-18页 |
| 3. 生物膜的形成及其与小RNA的关系 | 第18-20页 |
| ·生物膜的基本特征 | 第18页 |
| ·小RNA调控生物膜形成的机制 | 第18-20页 |
| 4.鼠疫菌中生物膜形成的调控机制 | 第20-22页 |
| 5.鼠疫菌的致病性及其毒力因子组成 | 第22-25页 |
| ·鼠疫菌的致病性和致病机理 | 第22页 |
| ·鼠疫菌的毒力因子及其组成 | 第22-24页 |
| ·鼠疫菌毒力因子的调控机制 | 第24-25页 |
| 6.本课题的研究内容、研究目的、研究意义及技术路线 | 第25-28页 |
| 第一章 小RNA Hms A的基本特性及其缺失突变菌株和过表达菌株的构建 | 第28-48页 |
| 引言 | 第28-29页 |
| 材料和方法 | 第29-42页 |
| 1.材料 | 第29-30页 |
| ·菌株和质粒 | 第29页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第29页 |
| ·主要使用仪器 | 第29-30页 |
| ·本章所用引物 | 第30页 |
| 2.方法 | 第30-42页 |
| ·甘油菌种的制备与细菌的培养 | 第30-31页 |
| ·小RNA HmsA过表达质粒和菌株的构建 | 第31-34页 |
| ·小RNA过表达空质粒的改造构建 | 第31-33页 |
| ·小RNA HmsA过表达质粒的构建 | 第33页 |
| ·小RNA HmsA过表达菌株的构建 | 第33-34页 |
| ·鼠疫菌总RNA的提取 | 第34-36页 |
| ·Northern印迹实验（Northern blotting assay） | 第36-39页 |
| ·RNA探针的制备 | 第36-37页 |
| ·电泳、转膜、交联与杂交 | 第37-38页 |
| ·洗膜和显影 | 第38-39页 |
| ·引物延伸实验（Primer extension assay） | 第39-42页 |
| ·靶标基因特异引物的设计与标记 | 第39-40页 |
| ·靶标基因测序体系的合成 | 第40-41页 |
| ·引物延伸实验 | 第41-42页 |
| 结果与讨论 | 第42-48页 |
| ·新发现小RNA HmsA测序结果的序列分析 | 第42-43页 |
| ·小RNA HmsA的分子学实验验证 | 第43-44页 |
| ·小RNA HmsA的基本特性 | 第44-45页 |
| ·小RNA HmsA缺失突变菌株和过表达菌株的构建和验证 | 第45-47页 |
| ·讨论 | 第47-48页 |
| 第二章 小RNA HmsA影响鼠疫菌生物膜形成和毒力的表型分析 | 第48-58页 |
| 引言 | 第48-49页 |
| 材料和方法 | 第49-53页 |
| 1.材料 | 第49页 |
| ·菌株和质粒 | 第49页 |
| ·主要试剂及动物模型 | 第49页 |
| ·主要仪器 | 第49页 |
| 2.方法 | 第49-53页 |
| ·甘油菌种的制备与细菌的培养 | 第49-50页 |
| ·鼠疫菌的生物膜表型实验 | 第50-53页 |
| ·菌落表面褶皱实验 | 第50页 |
| ·生物膜结晶紫染色实验 | 第50-51页 |
| ·线虫虫卵发育实验 | 第51-52页 |
| ·鼠疫菌中c-di-GMP浓度的测定 | 第52-53页 |
| ·鼠疫菌的小鼠攻毒实验 | 第53页 |
| 结果与讨论 | 第53-58页 |
| ·小RNA HmsA促进鼠疫菌生物膜的形成及c-di-GMP的合成 | 第53-55页 |
| ·小RNA HmsA抑制鼠疫菌的毒力 | 第55-56页 |
| ·讨论 | 第56-58页 |
| 第三章 小RNA Hms A调控鼠疫菌生物膜形成和毒力的分子实验验证 | 第58-78页 |
| 引言 | 第58-59页 |
| 材料和方法 | 第59-67页 |
| 1.材料 | 第59-61页 |
| ·菌株和质粒 | 第59页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第59页 |
| ·主要仪器 | 第59-60页 |
| ·本课题所用引物 | 第60-61页 |
| 2.方法 | 第61-67页 |
| ·甘油菌种的制备与细菌的培养 | 第61-62页 |
| ·鼠疫菌总RNA的提取 | 第62页 |
| ·引物延伸实验（Primer extension assay） | 第62-63页 |
| ·Northern印迹实验（Northern blotting assay） | 第63页 |
| ·实时定量PCR（Real time Quantitative PCR,qRT-PCR） | 第63-66页 |
| ·去DNA污染 | 第63-64页 |
| ·总RNA逆转录为cDNA | 第64页 |
| ·实时定量PCR反应 | 第64-66页 |
| ·β -半乳糖苷酶（LacZ）报告基因融合实验（LacZ fusion） | 第66-67页 |
| ·LacZ实验菌株的构建 | 第66页 |
| ·检测不同菌株的β -半乳糖苷酶活性 | 第66-67页 |
| 结果与讨论 | 第67-78页 |
| ·小RNA HmsA间接正调控hmsHFRS操纵子 | 第67-68页 |
| ·小RNA HmsA在转录后水平正调控hmsT基因 | 第68-69页 |
| ·小RNA HmsA在转录后水平正调控hmsCDE操纵子 | 第69-70页 |
| ·小RNA HmsA能促进小RNA HmsB的稳定 | 第70-71页 |
| ·小RNA HmsA不调控hmsP基因 | 第71-72页 |
| ·小RNA HmsA不调控fur基因 | 第72-73页 |
| ·小RNA HmsA间接负调控rovA基因 | 第73-74页 |
| ·小RNA HmsA间接正调控rovM基因 | 第74-75页 |
| ·小RNA HmsA间接负调控psaABC和psaEF操纵子 | 第75-76页 |
| ·讨论 | 第76-78页 |
| 第四章 鼠疫菌小RNA直接靶标基因筛选平台的建立与验证 | 第78-94页 |
| 引言 | 第78-79页 |
| 材料和方法 | 第79-84页 |
| ·菌株和质粒 | 第79-80页 |
| ·本研究所用引物 | 第80页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第80页 |
| ·甘油菌种的制备与细菌培养 | 第80-81页 |
| ·构建ompF基因的gfp报告基因融合载体 | 第81页 |
| ·构建小RNA MicF的过表达质粒 | 第81-82页 |
| ·荧光显影和绝对荧光值的测定 | 第82页 |
| ·Western Blot实验 | 第82-84页 |
| ·Northern Blot实验 | 第84页 |
| 结果与讨论 | 第84-94页 |
| ·鼠疫菌自身质粒影响小RNA MicF介导的对ompF基因的翻译抑制 | 第84-85页 |
| ·pPCP1质粒是影响小RNA MicF介导的对ompF基因翻译抑制的主要因素 | 第85-87页 |
| ·在导入pXG-ompF::gfp和pBAD-MicF质粒后鼠疫菌自身质粒不受影响 | 第87-88页 |
| ·鼠疫菌自身质粒也不影响小RNA MicF的存在和过表达 | 第88-89页 |
| ·过表达质粒表达的小RNA MicF显著高于鼠疫菌自身表达 | 第89-90页 |
| ·过表达的小RNA MicF抑制鼠疫菌自身ompF基因的mRNA水平和翻译且这种抑制受到鼠疫菌pPCP1质粒的影响 | 第90-92页 |
| ·在带有不同质粒的鼠疫菌中Hfq蛋白的表达没有明显差异 | 第92页 |
| ·讨论 | 第92-94页 |
| 第五章 小RNA HmsA直接靶标基因的筛选 | 第94-102页 |
| 引言 | 第94-95页 |
| 材料和方法 | 第95-97页 |
| ·菌株和质粒 | 第95页 |
| ·主要试剂及试剂盒 | 第95页 |
| ·主要仪器 | 第95-96页 |
| ·本研究所用引物 | 第96页 |
| ·甘油菌种的制备与细菌的培养 | 第96-97页 |
| ·gfp报告基因融合实验（gfp reporter fusion） | 第97页 |
| 结果与讨论 | 第97-102页 |
| ·hmsT基因是小RNA HmsA调控鼠疫菌生物膜形成的直接靶标基因 | 第97-99页 |
| ·rovA、rovM基因以及psaABC、psaEF操纵子不是小RNA HmsA调控鼠疫菌毒力的直接靶标基因 | 第99-101页 |
| ·讨论 | 第101-102页 |
| 小结 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 附录 | 第114-119页 |
| 附录1 试剂、溶液的配置方法 | 第114-117页 |
| 附录2 HmsA二级结构及其与靶标基因作用位点的预测 | 第117-119页 |
| 攻读博士期间所发表论文 | 第119-120页 |
| 个人简历 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
