| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 前言 | 第9页 |
| 第一部分 文献综述 | 第9-23页 |
| 第一章 转录组概况 | 第9-18页 |
| 1 转录组学简介 | 第9-10页 |
| 2 转录组学研究的方法 | 第10-18页 |
| ·基因芯片技术 | 第10-11页 |
| ·表达序列标签技术 | 第11页 |
| ·基因表达系列分析技术 | 第11页 |
| ·大规模平行测序技术 | 第11-12页 |
| ·RNA测序技术（RNA-Seq） | 第12-18页 |
| ·RNA-Seq诞生背景 | 第12页 |
| ·RNA-Seq的特点 | 第12-13页 |
| ·RNA-Seq一般流程 | 第13-14页 |
| ·RNA-Seq与第二代测序技术 | 第14-18页 |
| 第二章 哺乳动物卵巢转录组与牦牛繁殖概况 | 第18-23页 |
| 1 RNA-Seq技术在哺乳卵巢研究上的应用 | 第18-19页 |
| 2 牦牛繁殖相关研究及现状 | 第19-23页 |
| ·母牦牛生殖特点 | 第19-20页 |
| ·牦牛繁殖研究的主要技术与现况 | 第20-21页 |
| ·牦牛与黄牛卵巢转录组对比研究的可行性 | 第21-23页 |
| 第二部分 实验研究 | 第23-51页 |
| 第一章 实验操作 | 第23-27页 |
| 1 实验材料 | 第23页 |
| ·材料来源 | 第23页 |
| ·卵巢样品采集标准 | 第23页 |
| 2 实验主要试剂 | 第23-24页 |
| 3 实验主要设备 | 第24页 |
| 4 实验方法 | 第24-27页 |
| ·RNA提取 | 第24-25页 |
| ·总RNA质量检测 | 第25页 |
| ·RNA混合池（RNA pool）建立 | 第25页 |
| ·cDNA文库构建与高通量测序 | 第25-27页 |
| 第二章 数据处理及分析方法 | 第27-29页 |
| 1 测序原始数据质控(QC)及数据注释 | 第27页 |
| 2 基因表达水平分析 | 第27-28页 |
| 4 可变剪接与SNP分析 | 第28-29页 |
| 5 差异表达基因的GO和KEGG Pathway富集分析 | 第29页 |
| 第三章 实验结果 | 第29-42页 |
| 1 RNA样品质量检测 | 第29-30页 |
| 2 高通量测序基本数据分析 | 第30-42页 |
| ·测序数据质量分析 | 第30-33页 |
| ·测序数据随机性分析 | 第33页 |
| ·测序数据与比对分析 | 第33-35页 |
| ·基因覆盖统计 | 第35-36页 |
| ·基因结构优化及新转录本预测和注释 | 第36页 |
| ·可变剪接及SNP分析 | 第36-37页 |
| ·牦牛卵巢组织的基因差异表达分析 | 第37-42页 |
| ·差异表达基因筛选统计 | 第37-38页 |
| ·差异基因的GO功能显著性富集分析 | 第38-41页 |
| ·差异基因的KEGG Pathway显著性富集分析 | 第41-42页 |
| 第四章 讨论 | 第42-51页 |
| 1 牦牛卵巢转录组分析 | 第42-43页 |
| 2 牦牛卵巢转录组差异表达分析 | 第43-50页 |
| ·细胞组分Top10归类分析 | 第43-44页 |
| ·分子功能Top10归类分析 | 第44-45页 |
| ·生物过程Top10归类分析 | 第45-46页 |
| ·KEGG Pathway显著性富集Top10分析 | 第46-50页 |
| ·补体和凝血级联反应富集分析 | 第46-47页 |
| ·细胞色素P450的外源性物质与药物代谢途径 | 第47-49页 |
| ·哺乳动物昼夜节律 | 第49-50页 |
| 3 本研究存在的不足及进一步研究的方向 | 第50-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
