| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-40页 |
| ·柑橘衰退病毒的研究 | 第16-21页 |
| ·生物学性状 | 第16页 |
| ·分子结构 | 第16-18页 |
| ·检测方法 | 第18-19页 |
| ·弱毒株系交叉保护研究 | 第19-20页 |
| ·CT11 和 CT14 株系研究 | 第20-21页 |
| ·MicroRNA 的研究 | 第21-29页 |
| ·发现及命名 | 第21-22页 |
| ·miRNA 的产生 | 第22-23页 |
| ·miRNA 作用机制 | 第23-24页 |
| ·逆境胁迫下 miRNA 的研究 | 第24-25页 |
| ·植物 siRNA | 第25-26页 |
| ·植物 miRNA 和 siRNA 的异同 | 第26-27页 |
| ·病毒 miRNA 的研究 | 第27-29页 |
| ·柑橘衰退病毒小 RNA 的研究进展 | 第29页 |
| ·核酸测序技术的研究进展 | 第29-36页 |
| ·第一代测序技术 | 第30页 |
| ·第二代测序技术 | 第30-33页 |
| ·第三代测序技术 | 第33-35页 |
| ·测序技术的应用 | 第35-36页 |
| ·研究展望 | 第36-37页 |
| ·目的意义 | 第37-40页 |
| ·本研究的意义 | 第37页 |
| ·本研究的基础 | 第37-38页 |
| ·本研究的内容 | 第38-40页 |
| 第二章 柑橘衰退病毒 RT-LAMP 快速检测技术的建立 | 第40-50页 |
| ·材料与方法 | 第40-44页 |
| ·生物材料 | 第40页 |
| ·主要试剂 | 第40页 |
| ·仪器设备 | 第40页 |
| ·核酸提取 | 第40-41页 |
| ·引物设计与合成 | 第41-42页 |
| ·引物浓度优化 | 第42页 |
| ·RT-LAMP 产物酶切分析 | 第42页 |
| ·RT-LAMP 特异性 | 第42页 |
| ·RT-LAMP 检测灵敏度 | 第42-43页 |
| ·RT-LAMP 检测准确性 | 第43-44页 |
| ·结果与分析 | 第44-47页 |
| ·引物浓度优化 | 第44页 |
| ·RT-LAMP 产物酶切分析 | 第44页 |
| ·检测特异性 | 第44-45页 |
| ·检测灵敏度 | 第45-46页 |
| ·检测准确性 | 第46-47页 |
| ·小结与讨论 | 第47-50页 |
| ·RT-LAMP 技术优点 | 第47页 |
| ·RT-LAMP 的灵敏度 | 第47-48页 |
| ·特异性 | 第48-50页 |
| 第三章 CTV 中国蚜传株分离与全基因组克隆分析 | 第50-82页 |
| ·材料与方法 | 第50-63页 |
| ·生物材料 | 第50页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第50页 |
| ·仪器设备 | 第50页 |
| ·软件 | 第50页 |
| ·引物 | 第50-52页 |
| ·测序 | 第52-53页 |
| ·技术路线图 | 第53页 |
| ·总核酸提取 | 第53-54页 |
| ·甜橙植株病毒检测 | 第54页 |
| ·橘蚜捕捉与鉴定 | 第54页 |
| ·有翅橘蚜脱毒 | 第54-55页 |
| ·无翅橘蚜脱毒 | 第55页 |
| ·无翅橘蚜二次脱毒 | 第55页 |
| ·蚜虫总 RNA 提取 | 第55页 |
| ·无毒蚜虫检测鉴定 | 第55页 |
| ·嫁接繁毒 | 第55-56页 |
| ·蚜传分离 | 第56页 |
| ·总 RNA 提取 | 第56页 |
| ·基因片段扩增 | 第56-58页 |
| ·基因片段纯化 | 第57-58页 |
| ·5′磷酸化 | 第58页 |
| ·载体连接 | 第58页 |
| ·大肠杆菌转化 | 第58-59页 |
| ·菌落 PCR 检测 | 第59页 |
| ·质粒提取 | 第59页 |
| ·5′RACE | 第59-61页 |
| ·3′RACE | 第61-62页 |
| ·测序与组装 | 第62页 |
| ·开放阅读框预测分析 | 第62页 |
| ·二级结构预测 | 第62页 |
| ·酶切分析 | 第62-63页 |
| ·核酸比对分析 | 第63页 |
| ·遗传进化分析 | 第63页 |
| ·结果与分析 | 第63-80页 |
| ·有翅橘蚜鉴定与脱毒 | 第63页 |
| ·无翅橘蚜脱毒 | 第63-65页 |
| ·蚜传分离株系检测 | 第65页 |
| ·总 RNA 抽提 | 第65-66页 |
| ·基因片段扩增和克隆 | 第66页 |
| ·RACE 结果 | 第66-67页 |
| ·序列组装 | 第67页 |
| ·开放阅读框的预测 | 第67页 |
| ·二级结构的预测 | 第67-70页 |
| ·重叠基因序列的分析 | 第70-71页 |
| ·序列属性分析 | 第71-72页 |
| ·HinfⅠ和 RsaⅠ酶切分析 | 第72-75页 |
| ·遗传进化分析 | 第75-80页 |
| ·讨论 | 第80-82页 |
| ·重叠基因 | 第80页 |
| ·高变区域分析 | 第80页 |
| ·酶切分析 | 第80-81页 |
| ·二级结构的预测 | 第81页 |
| ·基因组克隆方法 | 第81-82页 |
| 第四章 CTV 胁迫下甜橙 miRNA 差异表达及功能预测分析 | 第82-136页 |
| ·材料与方法 | 第82-89页 |
| ·生物材料 | 第82页 |
| ·化学试剂 | 第82页 |
| ·引物和探针 | 第82-83页 |
| ·数据库和软件 | 第83-84页 |
| ·实验路线 | 第84-85页 |
| ·分析路线图 | 第85-86页 |
| ·实验样品处理 | 第86页 |
| ·文库构建 | 第86页 |
| ·重复序列分析 | 第86页 |
| ·保守 miRNA 的鉴定 | 第86-87页 |
| ·候选 miRNA 的预测鉴定 | 第87页 |
| ·miRNA 靶标基因预测 | 第87页 |
| ·miRNA 表达量分析 | 第87页 |
| ·保守 miRNA 的碱基编辑分析 | 第87-88页 |
| ·液相杂交 | 第88页 |
| ·功能富集分析 | 第88-89页 |
| ·代谢通路分析 | 第89页 |
| ·结果与分析 | 第89-132页 |
| ·总 RNA 纯度和完整性评估 | 第89-91页 |
| ·序列长度及种类分析 | 第91-93页 |
| ·序列差异分析 | 第93页 |
| ·基因组定位分析 | 第93-94页 |
| ·重复序列比对 | 第94-96页 |
| ·保守 miRNA 的鉴定分析 | 第96-98页 |
| ·小 RNA 序列分类 | 第98页 |
| ·保守 miRNA 家族分布 | 第98-102页 |
| ·保守 miRNA 碱基编辑分析 | 第102-106页 |
| ·候选 miRNA 的鉴定 | 第106-107页 |
| ·miRNA 表达量分析 | 第107-110页 |
| ·聚类分析 | 第110-113页 |
| ·靶基因预测 | 第113页 |
| ·液相杂交 | 第113-114页 |
| ·GO 富集分析 | 第114-120页 |
| ·代谢通路分析 | 第120-132页 |
| ·讨论 | 第132-136页 |
| ·小 RNA 序列基因组定位 | 第132页 |
| ·实验结果真实性与准确性 | 第132页 |
| ·作用机理的推测 | 第132-133页 |
| ·表达模式分析 | 第133页 |
| ·基因网路分析 | 第133-134页 |
| ·问题 | 第134-136页 |
| 第五章 CTV 小 RNA 深度测序数据分析 | 第136-144页 |
| ·材料与方法 | 第136-137页 |
| ·数据库和软件 | 第136页 |
| ·数据 | 第136-137页 |
| ·数据筛选与分析 | 第137页 |
| ·小 RNA 碱基偏好性分析 | 第137页 |
| ·候选 microRNA 的预测 | 第137页 |
| ·结果与分析 | 第137-141页 |
| ·小 RNA 在基因组上定位 | 第137-138页 |
| ·小 RNA 序列分析 | 第138-140页 |
| ·miRNA 预测 | 第140-141页 |
| ·讨论 | 第141-144页 |
| 第六章 结论 | 第144-148页 |
| ·柑橘衰退病毒 RT-LAMP 检测技术的建立 | 第144页 |
| ·CTV 的蚜传分离株 | 第144页 |
| ·蚜传分离株系的全基因组克隆 | 第144页 |
| ·CTV 胁迫下甜橙 miRNA 的研究 | 第144-145页 |
| ·CTV 的小 RNA 研究 | 第145页 |
| ·本研究的创新点 | 第145-148页 |
| 参考文献 | 第148-166页 |
| 附图 | 第166-187页 |
| 附表 | 第187-190页 |
| 致谢 | 第190-192页 |
| 作者简介 | 第192页 |