| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-11页 |
| 第1章 基础知识 | 第11-19页 |
| ·遗传信息载体——DNA | 第11-12页 |
| ·真核生物基因组 | 第12-14页 |
| ·基因表达调控 | 第14-15页 |
| ·转录与转录调控 | 第15-16页 |
| ·启动子简介 | 第16-19页 |
| ·启动子分类 | 第17页 |
| ·核心启动子的作用 | 第17-18页 |
| ·典型的核心启动子元件 | 第18-19页 |
| 第2章 启动子预测方法简介 | 第19-29页 |
| ·特异性启动子识别方法 | 第19-21页 |
| ·基于共有序列(Consensus sequences)的方法 | 第19-20页 |
| ·位置权重矩阵法(Position weight matrix,PWM) | 第20页 |
| ·模体(motif)法 | 第20-21页 |
| ·通用启动子识别方法 | 第21-27页 |
| ·基于信号特征的方法 | 第22-23页 |
| ·基于结构特征的方法 | 第23-25页 |
| ·基于文本特征的方法 | 第25-26页 |
| ·组合的方法 | 第26-27页 |
| ·总结 | 第27-29页 |
| 第3章 转录开始位点簇区域的结构值特性研究 | 第29-44页 |
| ·转录开始位点簇 | 第29-30页 |
| ·现有成簇策略及缺陷 | 第29-30页 |
| ·本文的策略 | 第30页 |
| ·DNA结构特性 | 第30-34页 |
| ·结构特性转换表和结构特性谱 | 第30-31页 |
| ·结构特性区域平均值谱 | 第31-32页 |
| ·区域谱特性研究 | 第32-34页 |
| ·转录开始位点簇的宽度与区域平均值的相关性分析 | 第34-38页 |
| ·基于区域谱的TSS簇区域预测 | 第38-39页 |
| ·实验方法和结果分析 | 第39-42页 |
| ·本章小结 | 第42-44页 |
| 第4章 基于DNA结构谱的Markov链模型在启动子预测中的应用研究 | 第44-59页 |
| ·思想来源 | 第44-46页 |
| ·算法流程 | 第46-50页 |
| ·基于DNA结构谱的Markov链模型 | 第46-49页 |
| ·基于Markov链模型的启动子预测算法 | 第49页 |
| ·基于预测的TSS簇区域的后处理 | 第49-50页 |
| ·实验方法和结果分析 | 第50-58页 |
| ·评价标准 | 第50-51页 |
| ·训练样本集的预测实验及结果分析 | 第51-53页 |
| ·染色体的预测实验及结果分析 | 第53-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第5章 总结与展望 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64页 |
