基于粗颗粒模型的细胞内大分子相互作用网络研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| 第一节 细胞 | 第9-10页 |
| 第二节 最小基因组 | 第10-12页 |
| 一、最小基因组介绍 | 第10-11页 |
| 二、最小基因组研究的意义 | 第11-12页 |
| 第三节 大肠杆菌最小基因组 | 第12-14页 |
| 一、大肠杆菌介绍 | 第12页 |
| 二、大肠杆菌最小基因组 | 第12-14页 |
| 第四节 虚拟细胞模拟 | 第14-18页 |
| 一、计算模拟的意义 | 第14-15页 |
| 二、虚拟细胞模拟的研究现状 | 第15-17页 |
| 三、本研究立题依据 | 第17-18页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第18-33页 |
| 第一节 布朗动力学模拟理论与方法 | 第18-21页 |
| 一、布朗动力学原理 | 第18-20页 |
| 二、布朗动力学模拟步骤及应用 | 第20-21页 |
| 第二节 分子动力学模拟理论与方法 | 第21-24页 |
| 一、分子动力学模拟原理 | 第21-23页 |
| 二、分子动力学模拟步骤及应用 | 第23-24页 |
| 第三节 实验材料 | 第24-33页 |
| 一、NAMD分子动力学模拟软件 | 第25-28页 |
| 二、CHARMM分子动力学模拟程序 | 第28-29页 |
| 三、Mathematica科学计算软件 | 第29-30页 |
| 四、Python程序设计语言 | 第30-33页 |
| 第三章 粗颗粒细胞质模型的构建与模拟 | 第33-44页 |
| 第一节 前期准备工作 | 第33-37页 |
| 一、细胞质模型中大分子种类的选择 | 第33页 |
| 二、细胞质模型中大分子参数的确定 | 第33-36页 |
| 三、确定细胞质模型中大分子的浓度 | 第36-37页 |
| 第二节 构建模型 | 第37-40页 |
| 一、构建含50种蛋白质的验证模型 | 第37-38页 |
| 二、构建包含206种蛋白质的细胞质模型 | 第38-40页 |
| 第三节 模拟与优化 | 第40-44页 |
| 一、验证模型优化及模拟参数调整 | 第40-42页 |
| 二、粗颗粒模型的模拟与优化 | 第42-44页 |
| 第四章 粗颗粒细胞质模型的结果与分析 | 第44-57页 |
| 第一节 模型的描述 | 第44-48页 |
| 一、蛋白质种类和浓度 | 第44页 |
| 二、pI与静电荷分布 | 第44-48页 |
| 第二节 大分子扩散运动分析 | 第48-49页 |
| 第三节 大分子相互作用网络分析 | 第49-56页 |
| 一、聚类分析 | 第49-52页 |
| 二、碰撞分析 | 第52-56页 |
| 第四节 小结 | 第56-57页 |
| 第五章 粗颗粒细胞模型的模建与分析 | 第57-60页 |
| 第一节 实验操作 | 第57-58页 |
| 第二节 结果与分析 | 第58-60页 |
| 讨论 | 第60-61页 |
| 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 附表1 细胞质内208种大分子的信息 | 第70-76页 |
| 附表2 不同细胞质模型中大分子的拷贝数 | 第76-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第80-81页 |
