| 中文摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 一、前言 | 第11-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第11页 |
| 1.2 地方猪品种 | 第11-13页 |
| 1.2.1 香猪 | 第11-12页 |
| 1.2.2 江口萝卜猪 | 第12页 |
| 1.2.3 糯谷猪 | 第12页 |
| 1.2.4 柯乐猪 | 第12-13页 |
| 1.2.5 荣昌猪 | 第13页 |
| 1.3 结构变异 | 第13-17页 |
| 1.3.1 结构变异的种类 | 第14-15页 |
| 1.3.2 结构变异的形成机制 | 第15-16页 |
| 1.3.3 结构变异研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第17-18页 |
| 二、材料与方法 | 第18-32页 |
| 2.1 实验材料与试剂仪器 | 第18-22页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第18页 |
| 2.1.2 试剂配制 | 第18-21页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第21-22页 |
| 2.2 实验方法 | 第22-32页 |
| 2.2.1 猪组织基因组的提取及检测 | 第22-24页 |
| 2.2.2 香猪全基因组重测序数据分析 | 第24-25页 |
| 2.2.3 结构变异基因分型引物设计 | 第25-26页 |
| 2.2.4 PCR反应条件 | 第26-27页 |
| 2.2.5 目的片段的克隆及测序 | 第27-29页 |
| 2.2.6 基因分型方法 | 第29-30页 |
| 2.2.7 SV区间的生物信息学分析 | 第30页 |
| 2.2.8 检测SV对基因转录本表达的影响 | 第30-32页 |
| 三、结果 | 第32-63页 |
| 3.1 基因组质量检测 | 第32页 |
| 3.2 小样本SV验证 | 第32-33页 |
| 3.3 结构变异的群体分型 | 第33-63页 |
| 3.3.1 结构变异IL1RAPL2-I_1-sv1004群体分型结果 | 第33-38页 |
| 3.3.2 结构变异SMAD5-I_4-sv315的群体分型结果 | 第38-42页 |
| 3.3.3 结构变异CXCL17-3`fla-sv322的群体分型结果 | 第42-46页 |
| 3.3.4 结构变异CD53-I_3-sv264的群体分型结果 | 第46-51页 |
| 3.3.5 结构变异CFI-I_(10)-sv298群体分型结果 | 第51-54页 |
| 3.3.6 结构变异ARNT-I_1-sv323的群体分型结果 | 第54-59页 |
| 3.3.7 结构变异MAPK10-I_8-sv273的群体分型结果 | 第59-63页 |
| 四、讨论 | 第63-70页 |
| 4.1 结构变异IL1RAPL2-I_1-sv1004多态性分析与功能研究 | 第63-64页 |
| 4.2 结构变异SMAD5-I_4-sv315多态性分析与功能研究 | 第64页 |
| 4.3 结构变异CXCL17-3`fla-sv322多态性分析与功能研究 | 第64-65页 |
| 4.4 结构变异CD53-I_3-sv264多态性分析与功能研究 | 第65-67页 |
| 4.5 结构变异CFI-I_(10)-sv298多态性分析与功能研究 | 第67页 |
| 4.6 结构变异ARNT-I_1-sv323多态性分析与功能研究 | 第67-68页 |
| 4.7 结构变异MAPK10-I_8-sv273多态性分析与功能研究 | 第68-70页 |
| 五、总结 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-80页 |
| 附录I | 第80-81页 |
| 附录II | 第81-84页 |
| 缩略词表 | 第84-85页 |
