| 中文摘要 | 第1-17页 |
| 第一部分 文献综述 | 第17-43页 |
| 综述一 志贺菌致病性及其遗传学基础 | 第17-25页 |
| 综述二 细菌耐药性及其产生的分子机制 | 第25-34页 |
| 参考文献 | 第34-43页 |
| 第二部分 志贺菌福氏2a 301株毒力大质粒全序列的测定与基因分析 | 第43-85页 |
| 引言 | 第43-44页 |
| 1 材料与方法 | 第44-52页 |
| 1．1 实验材料 | 第44-46页 |
| 1．1．1 菌株 | 第44页 |
| 1．1．2 工具酶及主要试剂 | 第44页 |
| 1．1．3 溶液和培养基 | 第44-45页 |
| 1．1．4 实验器材 | 第45页 |
| 1．1．5 实验设备 | 第45-46页 |
| 1．1．6 应用软件 | 第46页 |
| 1．2 实验方法 | 第46-52页 |
| 1．2．1 质粒DNA的提取 | 第47页 |
| 1．2．2 Shotgun DNA文库的构建 | 第47-49页 |
| 1．2．2．1 流程： | 第47-48页 |
| 1．2．2．2 DH5a感受态细胞制备 | 第48页 |
| 1．2．2．3 转化步骤 | 第48-49页 |
| 1．2．3 测序模板的制备 | 第49页 |
| 1．2．3．1 克隆菌的培养 | 第49页 |
| 1．2．3．2 模板的提取 | 第49页 |
| 1．2．4 序列测定 | 第49-51页 |
| 1．2．4．1 序列测定的原理 | 第49-50页 |
| 1．2．4．2 测序反应 | 第50-51页 |
| 1．2．4．2．1 反应体系 | 第50页 |
| 1．2．4．2．2 PCR条件 | 第50页 |
| 1．2．4．2．3 试剂配制 | 第50-51页 |
| 1．2．4．2．4 测序操作 | 第51页 |
| 1．2．5 序列拼接 | 第51-52页 |
| 1．2．5．1 拼接的实现 | 第51页 |
| 1．2．5．2 Gap的补平 | 第51-52页 |
| 1．2．6 序列注释 | 第52页 |
| 1．2．6．1 注释方法 | 第52页 |
| 1．2．6．2 ORF及比较同原性标准 | 第52页 |
| 1．2．6．3 基因的标示 | 第52页 |
| 1．2．7 pCP301核酸序列登记号 | 第52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-75页 |
| 2．1 概述 | 第52页 |
| 2．2 序列测定 | 第52-68页 |
| 2．2．1 测定结果 | 第52-67页 |
| 2．2．2 拼接与注释 | 第67-68页 |
| 2．3 pCP301的基因结构 | 第68-74页 |
| 2．3．1 毒力相关基因 | 第68-70页 |
| 2．3．1．1 ipa-mxi-spa区域 | 第68-69页 |
| 2．3．1．2 osp基因 | 第69页 |
| 2．3．1．3 ipaH基因 | 第69-70页 |
| 2．3．2 毒力调节基因 | 第70页 |
| 2．3．3 质粒的维持与稳定基因 | 第70-71页 |
| 2．3．4 插入序列 | 第71-74页 |
| 2．4 pCP301与pWR100的基因组成比较 | 第74-75页 |
| 3 讨论 | 第75-78页 |
| 3．1 序列测定方法 | 第75-77页 |
| 3．1．1 关于Shotgun法 | 第75-76页 |
| 3．1．2 拼接过程中序列的质量控制 | 第76-77页 |
| 3．2 pCP301的毒力及其调节 | 第77-78页 |
| 3．3 关于志贺菌毒力大质粒的致病性与进化 | 第78页 |
| 4 小结 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 第三部分 志贺菌福氏2a 301株基因组与喹诺酮类药物耐药基因的研究 | 第85-111页 |
| 引言 | 第85页 |
| 1 材料与方法 | 第85-97页 |
| 1．1 实验材料 | 第85-88页 |
| 1．1．1 菌株 | 第85-86页 |
| 1．1．2 工具酶及主要试剂 | 第86页 |
| 1．1．3 溶液和培养基 | 第86-87页 |
| 1．1．4 实验器材 | 第87页 |
| 1．1．5 实验设备 | 第87-88页 |
| 1．1．6 载体与宿主菌 | 第88页 |
| 1．1．7 应用软件 | 第88页 |
| 1．2 实验方法 | 第88-97页 |
| 1．2．1 志贺菌福氏2a 301株基因组的测定 | 第88-95页 |
| 1．2．1．1 测序策略 | 第88-89页 |
| 1．2．1．2 志贺菌福氏2a 301株染色体DNA的制备 | 第89-92页 |
| 1．2．1．2．1 Marmur及Brenner方法 | 第89-90页 |
| 1．2．1．2．2 改良方法A | 第90-91页 |
| 1．2．1．2．3 改良方法B | 第91-92页 |
| 1．2．1．3 Shotgun DNA文库的构建 | 第92-93页 |
| 1．2．1．3．1 DH5a感受态细胞制备 | 第92页 |
| 1．2．1．3．2 转化 | 第92-93页 |
| 1．2．1．4 测序模板的提取 | 第93页 |
| 1．2．1．5 序列测定 | 第93-95页 |
| 1．2．1．5．1 序列测定的原理及方法 | 第93-94页 |
| 1．2．1．5．2 测序反应 | 第94-95页 |
| 1．2．1．5．3 序列拼接与注释 | 第95页 |
| 1．2．1．6 核苷酸序列登记号 | 第95页 |
| 1．2．2 志贺菌福氏2a 301株与几种病原菌gyrA和parC基因QRDR的同原性分析 | 第95-96页 |
| 1．2．3 志贺菌福氏2a 301株gyrA和parC基因QRDR序列耐药性突变的研究 | 第96-97页 |
| 1．2．3．1 志贺菌福氏2a 301株耐药株的诱导 | 第96页 |
| 1．2．3．2 gyrA和parC基因QRDR序列的测定 | 第96-97页 |
| 2 结果 | 第97-104页 |
| 2．1 志贺菌福氏2a 301株基因组组成概述 | 第97-99页 |
| 2．2 喹诺酮类药物耐药性相关基因 | 第99-101页 |
| 2．3 gyrA和parC基因QRDR序列的同原性分析 | 第101-103页 |
| 2．4 gyrA和parC基因QRDR序列的遗传进化分析 | 第103-104页 |
| 2．5 gyrA和parC基因QRDR的耐药性突变 | 第104页 |
| 3 讨论 | 第104-107页 |
| 3．1 志贺菌基因组组成的特点 | 第104-105页 |
| 3．1．1 志贺菌福氏2a基因组中的毒力岛 | 第105页 |
| 3．1．2 志贺菌福氏2a基因组中的“黑洞” | 第105页 |
| 3．2 志贺菌福氏2a对喹诺酮类药物的耐药性 | 第105-106页 |
| 3．3 gyrA和parC基因QRDR序列在耐药性研究中的可行性 | 第106-107页 |
| 3．4 志贺菌基因组测定及其潜在应用价值 | 第107页 |
| 4 小结 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-111页 |
| 结论 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| CURRICULUM VITAE | 第113-115页 |
| 英文摘要 | 第115-118页 |
| 作者版权声明 | 第118页 |
