| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1. 引言 | 第11-20页 |
| ·课题背景及研究意义 | 第11-13页 |
| ·国内外研究现状 | 第13-18页 |
| ·本文工作概述 | 第18-19页 |
| ·本文结构安排 | 第19-20页 |
| 2. 蛋白质结构预测问题及其应用 | 第20-33页 |
| ·蛋白质结构的实验测定方法 | 第20-22页 |
| ·X 射线法测定蛋白质的晶体结构 | 第21页 |
| ·核磁共振法测定蛋白质的溶液结构 | 第21-22页 |
| ·其他实验测定方法 | 第22页 |
| ·蛋白质结构的理论预测方法 | 第22-27页 |
| ·蛋白质的二级结构预测 | 第23-24页 |
| ·蛋白质的三级结构预测 | 第24-27页 |
| ·蛋白质结构预测的模型 | 第27-29页 |
| ·蛋白质结构预测的应用 | 第29-31页 |
| ·在结构基因组学中的应用 | 第29-30页 |
| ·在蛋白质设计中的应用 | 第30-31页 |
| ·在药物设计中的应用 | 第31页 |
| ·小结 | 第31-33页 |
| 3. 多 agent 模拟退火算法 | 第33-49页 |
| ·预备知识 | 第34-38页 |
| ·模拟退火算法(SA) | 第34-35页 |
| ·粒子群优化算法（PSO） | 第35-38页 |
| ·基于粒子群优化算法（PSO）的多 agent 模拟退火算法(MSA) | 第38-39页 |
| ·多 agent 模拟退火算法(MSA)仿真结果 | 第39-48页 |
| ·实验方法 | 第39-42页 |
| ·对于指定迭代目标的实验结果 | 第42-44页 |
| ·对于固定迭代次数的实验结果 | 第44-46页 |
| ·对于固定迭代次数的迭代过程 | 第46-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 4. 多 agent 模拟退火算法(MSA)在蛋白质结构预测中的应用 | 第49-60页 |
| ·对人工蛋白质序列的计算机仿真模拟实验及结果分析 | 第49-54页 |
| ·仿真实验相关参数设定 | 第49-50页 |
| ·人工蛋白质序列仿真实验结果 | 第50-53页 |
| ·序列长度 3-5 的短 Fibonacci 测试序列的仿真实验结果 | 第50-51页 |
| ·序列长度为 6 的两条 Fibonacci 测试序列的仿真实验结果 | 第51-52页 |
| ·序列长度 13-55 的长 Fibonacci 测试序列的仿真实验结果 | 第52-53页 |
| ·结果分析 | 第53-54页 |
| ·算法在真实蛋白质结构预测中的结果 | 第54-59页 |
| ·仿真实验的相关参数设定 | 第54页 |
| ·仿真实验结果一：较短真实蛋白质序列 | 第54-56页 |
| ·仿真实验结果二：较长真实蛋白质序列 | 第56-58页 |
| ·1AGT 序列更正后的结果 | 第58页 |
| ·结果分析 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 5. 总结与展望 | 第60-63页 |
| ·论文工作总结 | 第60-61页 |
| ·研究与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 附录 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
