| 致谢 | 第1-11页 |
| 缩略语表 | 第11-14页 |
| 摘要 | 第14-16页 |
| Abstract | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-41页 |
| ·水稻基因组及驯化选择 | 第18-25页 |
| ·水稻基因组 | 第18页 |
| ·驯化选择对水稻基因组的影响 | 第18-20页 |
| ·群体遗传学手段检测水稻正选择位点 | 第20-25页 |
| ·基于遗传多态性下降检测正选择作用 | 第21-22页 |
| ·基于多态位点频谱偏移检测正选择作用 | 第22-23页 |
| ·基于连锁不平衡增加检测正选择作用 | 第23-25页 |
| ·内源非编码小分子RNA | 第25-38页 |
| ·内源非编码小分子RNA的分类:miRNA和siRNA | 第25-26页 |
| ·植物miRNA与siRNA的主要特征、计算识别及靶基因预测 | 第26-34页 |
| ·miRNA的主要特征 | 第26-28页 |
| ·miRNA的计算识别 | 第28-30页 |
| ·siRNA的主要特征 | 第30-32页 |
| ·siRNA的计算识别 | 第32-33页 |
| ·miRNA的靶基因预测 | 第33-34页 |
| ·植物miRNA的功能 | 第34-36页 |
| ·miRNA调节器官发育 | 第34-35页 |
| ·miRNA调节发育期改变 | 第35页 |
| ·miRNA调节环境胁迫应答 | 第35-36页 |
| ·miRNA的进化 | 第36-38页 |
| ·高通量测序技术 | 第38-39页 |
| ·论文组织 | 第39-41页 |
| 第二章 水稻驯化过程中小分子RNA基因的序列变异和选择压力 | 第41-74页 |
| ·前言 | 第41-42页 |
| ·材料与方法 | 第42-45页 |
| ·植物材料 | 第42-44页 |
| ·小分子RNA基因的选择 | 第44页 |
| ·PCR和DNA测序 | 第44页 |
| ·统计分析 | 第44-45页 |
| ·结果 | 第45-53页 |
| ·小分子RNA基因的核苷酸变异和中性进化 | 第45-49页 |
| ·驯化选择候选基因 | 第49-53页 |
| ·讨论 | 第53-74页 |
| 第三章 miRNA及其靶基因在栽培稻与野生稻间差异表达分析 | 第74-93页 |
| ·前言 | 第74-75页 |
| ·材料与方法 | 第75-78页 |
| ·植物材料 | 第75-76页 |
| ·miRNA芯片分析 | 第76页 |
| ·小分子RNA群体的高通量测序及数据处理 | 第76-77页 |
| ·野生稻降解组库的构建、测序及生物信息学分析 | 第77页 |
| ·相关数据的获取 | 第77-78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-90页 |
| ·miRNA芯片表达数据的总体比较分析 | 第78-80页 |
| ·miRNA表达的高通量测序数据比较分析 | 第80-82页 |
| ·驯化过程导致的miRNA表达变异 | 第82-83页 |
| ·miRNA与靶基因表达关系的降解组测序分析 | 第83-84页 |
| ·驯化导致的miRNA-靶基因关系丢失 | 第84-90页 |
| ·附件 | 第90-93页 |
| 第四章 水稻驯化过程中MIRNA基因丢失及miRNA靶基因进化 | 第93-104页 |
| ·前言 | 第93-94页 |
| ·材料与方法 | 第94-96页 |
| ·野生稻小分子RNA库的构建与测序 | 第94-95页 |
| ·水稻小分子RNA数据处理及表达量分析 | 第95页 |
| ·野生稻特异MIRNA基因的预测 | 第95页 |
| ·miRNA的靶基因预测 | 第95-96页 |
| ·结果与讨论 | 第96-98页 |
| ·预测野生稻特有MIRNA基因 | 第96-97页 |
| ·野生稻特有MIRNA基因靶基因预测 | 第97-98页 |
| ·野生稻MIRNA与靶基因的共进化 | 第98页 |
| ·小结与展望 | 第98-104页 |
| 参考文献 | 第104-121页 |
| 作者简介与攻读博士学位期间发表论文 | 第121-122页 |
