| 摘要 | 第12-13页 |
| ABSTRACT | 第13-14页 |
| 主要英文缩略语索引 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-25页 |
| 1.1 副猪嗜血杆菌病的概述 | 第16-19页 |
| 1.1.1 病原学 | 第16页 |
| 1.1.2 流行病学 | 第16-17页 |
| 1.1.3 临床症状 | 第17页 |
| 1.1.4 致病机制 | 第17-19页 |
| 1.1.5 诊断方法 | 第19页 |
| 1.2 副猪嗜血杆菌相关毒力基因的研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2.1 脂寡糖(LOS) | 第19页 |
| 1.2.2 细胞致死肿胀毒素(CDT) | 第19-20页 |
| 1.2.3 生物被膜与荚膜 | 第20页 |
| 1.2.4 转铁结合蛋白 | 第20页 |
| 1.2.5 酶及其它潜在的毒力因子 | 第20-21页 |
| 1.3 HPS疫苗的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3.1 灭活疫苗 | 第21页 |
| 1.3.2 菌影疫苗 | 第21-22页 |
| 1.3.3 亚单位疫苗 | 第22页 |
| 1.4 转录组学的研究现状 | 第22-24页 |
| 1.4.1 转录组的概念 | 第22-23页 |
| 1.4.2 RNA-Seq的主要的数据分析内容 | 第23页 |
| 1.4.3 转录组的相关应用 | 第23-24页 |
| 1.5 本项目研究目的与意义 | 第24-25页 |
| 第二章 辽宁地区不同毒力副猪嗜血杆菌的转录组测序及分析 | 第25-62页 |
| 2.1 材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 菌株 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.3 培养基 | 第26页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第26-27页 |
| 2.2 方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 培养基及试剂的配制 | 第27页 |
| 2.2.2 HPS菌株的复苏 | 第27页 |
| 2.2.3 HPS的验证 | 第27页 |
| 2.2.4 DNA模板的提取 | 第27-29页 |
| 2.2.5 HPSPCR验证及血清型验证 | 第29-30页 |
| 2.2.6 细菌总RNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.7 去除rRNA | 第30页 |
| 2.2.8 片段化mRNA | 第30页 |
| 2.2.9 反转录合成cDNA | 第30-31页 |
| 2.2.10 连接adaptor | 第31页 |
| 2.2.11 IlluminaHiseq上机测序 | 第31页 |
| 2.2.12 生物信息学分析 | 第31页 |
| 2.2.13 荧光定量PCR验证 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-58页 |
| 2.3.1 复苏的HPS革兰氏染色镜检结果 | 第32-33页 |
| 2.3.2 复苏菌DNA的提取结果 | 第33页 |
| 2.3.3 HPS的16SrDNA及血清型鉴定结果 | 第33-34页 |
| 2.3.4 总RNA样品提取结果 | 第34页 |
| 2.3.5 原始测序数据 | 第34-35页 |
| 2.3.6 原始测序数据的质控 | 第35页 |
| 2.3.7 测序数据质量剪切及统计 | 第35页 |
| 2.3.8 所测菌株与参考基因组比对 | 第35-36页 |
| 2.3.9 所测样品表达量分析 | 第36页 |
| 2.3.10 表达差异分析 | 第36-38页 |
| 2.3.11 差异基因表达模式聚类 | 第38页 |
| 2.3.12 GO分类统计 | 第38-40页 |
| 2.3.13 GO富集分析 | 第40-43页 |
| 2.3.14 KEGGpathway富集分析 | 第43-54页 |
| 2.3.15 毒力基因分析 | 第54-56页 |
| 2.3.16 荧光定量PCR验证结果 | 第56-58页 |
| 2.4 讨论 | 第58-61页 |
| 2.5 小结 | 第61-62页 |
| 第三章 副猪嗜血杆菌毒力相关基因的PCR鉴定 | 第62-73页 |
| 3.1 材料 | 第62页 |
| 3.1.1 菌株 | 第62页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第62页 |
| 3.1.3 培养基 | 第62页 |
| 3.1.4 仪器设备 | 第62页 |
| 3.2 方法 | 第62-67页 |
| 3.2.1 培养基及试剂的配制 | 第62-63页 |
| 3.2.2 HPS毒力相关基因PCR验证 | 第63-65页 |
| 3.2.3 PCR产物胶回收纯化 | 第65-66页 |
| 3.2.4 纯化产物的连接转化 | 第66-67页 |
| 3.2.5 重组质粒的提取和鉴定 | 第67页 |
| 3.2.6 序列测定及分析 | 第67页 |
| 3.3 结果与分析 | 第67-71页 |
| 3.3.1 HPS相关毒力基因的鉴定结果 | 第67-71页 |
| 3.3.2 HPS毒力基因测序结果 | 第71页 |
| 3.4 讨论 | 第71-72页 |
| 3.5 小结 | 第72-73页 |
| 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读硕士期间发表的文章 | 第82-83页 |