| 致谢 | 第4-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| 1.0 植物的衰老 | 第12页 |
| 1.1 植物叶片衰老进程的影响因素 | 第12-17页 |
| 1.1.1 环境因素 | 第12-14页 |
| 1.1.2 内在因素 | 第14-16页 |
| 1.1.3 衰老与植物产量的关系 | 第16-17页 |
| 1.2 转录组学研究进展 | 第17-21页 |
| 1.2.1 转录组学的发展 | 第17-18页 |
| 1.2.2 转录组学的研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2.3 转录组测序的研究应用 | 第20-21页 |
| 1.3 miRNA研究进展 | 第21-23页 |
| 1.3.1 miRNA的发现及合成 | 第21页 |
| 1.3.2 miRNA在植物中的功能 | 第21-22页 |
| 1.3.3 miRNA的应用 | 第22-23页 |
| 1.4 SLAF技术的研究 | 第23-26页 |
| 1.4.1 SLAF技术的发展 | 第23-24页 |
| 1.4.2 SLAF技术原理 | 第24-25页 |
| 1.4.3 SLAF分子标记的特点及应用 | 第25-26页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第26页 |
| 1.6 本研究技术路线 | 第26-27页 |
| 第二章 玉米叶片衰老的转录组学分析 | 第27-56页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 试验材料 | 第27页 |
| 2.2.2 样品准备及叶绿素含量测定 | 第27-28页 |
| 2.2.3 总RNA提取及检测 | 第28-29页 |
| 2.2.4 转录组文库构建 | 第29-30页 |
| 2.2.5 测序数据质量控制处理与分析 | 第30页 |
| 2.2.6 转录组测序数据的验证 | 第30-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-51页 |
| 2.3.1 自交系材料叶片RNA提取质量检测 | 第32页 |
| 2.3.2 自交系材料叶片衰老表型的分析 | 第32-34页 |
| 2.3.3 测序数据及其质量控制 | 第34-35页 |
| 2.3.4 测序数据产出统计 | 第35页 |
| 2.3.5 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第35-38页 |
| 2.3.6 转录组文库质量评估 | 第38-40页 |
| 2.3.7 基因结构分析 | 第40-43页 |
| 2.3.8 基因表达量分析 | 第43-44页 |
| 2.3.9 转录组基因表达验证 | 第44-45页 |
| 2.3.10 差异基因的分析 | 第45-48页 |
| 2.3.11 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第48-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-56页 |
| 2.4.1 玉米叶片衰老文库构建样品及取样时间点的安排 | 第51-52页 |
| 2.4.2 转录组测序优势及本试验质量评估 | 第52页 |
| 2.4.3 差异基因的筛选 | 第52-53页 |
| 2.4.4 衰老过程中差异基因功能注释分析 | 第53-56页 |
| 第三章 玉米叶片衰老相关miRNA的研究 | 第56-72页 |
| 3.1 引言 | 第56页 |
| 3.2 材料与方法 | 第56-61页 |
| 3.2.1 试验材料 | 第56页 |
| 3.2.2 RNA的提取及miRNA的过滤 | 第56页 |
| 3.2.3 MiRNA测序与质量控制 | 第56-57页 |
| 3.2.4 MiRNA分类注释及分析 | 第57-58页 |
| 3.2.5 衰老过程中miRNA的表达量分析和差异分析 | 第58页 |
| 3.2.6 MiRNA靶基因预测及功能注释 | 第58-59页 |
| 3.2.7 降解组测序 | 第59-60页 |
| 3.2.8 MiRNAs及其靶基因的验证 | 第60-61页 |
| 3.3 结果与分析 | 第61-69页 |
| 3.3.1 miRNA测序及数据检测 | 第61页 |
| 3.3.2 衰老过程中已知和新miRNA的鉴定 | 第61-66页 |
| 3.3.3 差异表达miRNAs表达分析 | 第66页 |
| 3.3.4 miRNA靶基因的鉴定 | 第66-67页 |
| 3.3.5 MiRNAs表达验证 | 第67-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-72页 |
| 第四章 玉米叶片衰老自交系简化基因组研究 | 第72-84页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 材料与方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第72页 |
| 4.2.2 DNA提取及质量检测 | 第72-73页 |
| 4.2.3 SLAF测序 | 第73页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第73-74页 |
| 4.2.5 关联分析 | 第74页 |
| 4.3 结果分析 | 第74-80页 |
| 4.3.1 DNA质量检测 | 第74-75页 |
| 4.3.2 酶切方案设计 | 第75页 |
| 4.3.3 文库构建与测序数据评估 | 第75-76页 |
| 4.3.4 SLAF标记开发 | 第76-77页 |
| 4.3.5 关联分析结果 | 第77-78页 |
| 4.3.6 关联基因的功能注释 | 第78-79页 |
| 4.3.7 组学间差异表达的联合分析 | 第79-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-84页 |
| 4.4.1 SLAF-seq的应用 | 第80-81页 |
| 4.4.2 多平台联合分析的应用 | 第81-82页 |
| 4.4.3 脯氨酸代谢与叶片衰老 | 第82-84页 |
| 第五章 小结与展望 | 第84-86页 |
| 5.1 本文小结 | 第84页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第84-85页 |
| 5.3 下一步研究展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-99页 |
| 附录 | 第99-121页 |
| 英文摘要 | 第121-123页 |