| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-38页 |
| 1.1 天然产物是新药的主要来源 | 第12页 |
| 1.2 格尔德霉素及其结构类似物 | 第12-25页 |
| 1.2.1 癌症治疗的新靶标:Hsp90 | 第12-15页 |
| 1.2.2 格尔德霉素及其衍生物:Hsp90有效抑制剂 | 第15-16页 |
| 1.2.3 格尔德霉素的生物合成 | 第16-20页 |
| 1.2.4 格尔德霉素的遗传改良 | 第20-24页 |
| 1.2.5 格尔德霉素生物合成的调控研究 | 第24-25页 |
| 1.3 洋橄榄叶素 | 第25-28页 |
| 1.4 TetR家族蛋白在天然产物生物合成中的调控机制 | 第28-36页 |
| 1.4.1 原核生物调控因子 | 第28-30页 |
| 1.4.2 TetR家族调控因子(TFRs) | 第30页 |
| 1.4.3 TFRs在链霉菌天然产物生物合成中的调控作用 | 第30-32页 |
| 1.4.4 TFRs的结构特点 | 第32-33页 |
| 1.4.5 TFRs和DNA相互作用 | 第33页 |
| 1.4.6 TFRs和配体的相互作用 | 第33-34页 |
| 1.4.7 TFRs结合的靶目标 | 第34-35页 |
| 1.4.8 TFRs研究未来的方向和挑战 | 第35-36页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第36-37页 |
| 1.6 本研究技术路线 | 第37-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-62页 |
| 2.1 菌株和质粒 | 第38-40页 |
| 2.2 试剂和酶 | 第40-42页 |
| 2.3 引物及测序 | 第42页 |
| 2.4 实验仪器 | 第42页 |
| 2.5 自溶链霉菌与大肠杆菌相关分子生物学和遗传学操作 | 第42-48页 |
| 2.5.1 PCR扩增 | 第42-43页 |
| 2.5.2 大肠杆菌质粒DNA提取 | 第43页 |
| 2.5.3 琼脂糖凝胶DNA纯化 | 第43页 |
| 2.5.4 基因组DNA提取 | 第43页 |
| 2.5.5 链霉菌总RNA提取 | 第43页 |
| 2.5.6 电转感受态制备 | 第43-44页 |
| 2.5.7 电击转化 | 第44页 |
| 2.5.8 链霉菌孢子的收集 | 第44-45页 |
| 2.5.9 种间接合转移 | 第45-46页 |
| 2.5.10 反转录PCR与Real-time PCR | 第46-48页 |
| 2.5.11 Southern blot | 第48页 |
| 2.6 蛋白表达及生化特性分析 | 第48-57页 |
| 2.6.1 GdmRⅢ蛋白分析 | 第48页 |
| 2.6.2 构建GdmRⅢ蛋白表达质粒 | 第48-49页 |
| 2.6.3 GdmRⅢ蛋白的表达 | 第49页 |
| 2.6.4 蛋白纯化 | 第49-50页 |
| 2.6.5 SDS-PAGE检测蛋白 | 第50-51页 |
| 2.6.6 使用BCA法检测蛋白浓度 | 第51页 |
| 2.6.7 Western blot | 第51-52页 |
| 2.6.8 EGS交联实验 | 第52-53页 |
| 2.6.9 凝胶阻滞实验(EMSA) | 第53-56页 |
| 2.6.10 DNase Ⅰ footprinting | 第56-57页 |
| 2.7 代谢产物分析 | 第57-59页 |
| 2.7.1 产物发酵 | 第57-58页 |
| 2.7.2 HPLC检测 | 第58页 |
| 2.7.3 化合物的分离纯化 | 第58-59页 |
| 2.8 全基因组测序及分析 | 第59-61页 |
| 2.9 转录组测序 | 第61-62页 |
| 第三章 格尔德霉素生物合成的调控机制研究 | 第62-88页 |
| 3.1 格尔德霉素生物合成基因簇中调控基因的生物信息学分析 | 第62-63页 |
| 3.2 gdmRⅢ敲除突变株的构建及分析 | 第63-69页 |
| 3.3 △gdmRⅢ突变互补菌株构建及分析 | 第69-73页 |
| 3.4 格尔德霉素生物合成基因簇中基因表达分析 | 第73-76页 |
| 3.5 GdmRⅢ蛋白的表达 | 第76-80页 |
| 3.6 GdmRⅢ蛋白的体外EGS交联实验 | 第80-81页 |
| 3.7 EMSAs寻找GdmRⅢ在格尔德霉素生物合成基因簇中的靶基因 | 第81-84页 |
| 3.8 DNase Ⅰ foot-printing定位GdmRⅢ的结合位点 | 第84-86页 |
| 3.9 本章小结与讨论 | 第86-88页 |
| 第四章 GdmRⅢ的跨基因簇调控 | 第88-105页 |
| 4.1 gdmRⅢ突变株中产量升高的化合物分析 | 第88-94页 |
| 4.2 GdmRⅢ在洋橄榄叶素及其衍生物泵出过程中的作用 | 第94-97页 |
| 4.3 洋橄榄叶素生物合成基因簇基因表达分析 | 第97-99页 |
| 4.4 EMSAs寻找GdmRⅢ在洋橄榄叶素生物合成基因簇中的靶基因 | 第99-101页 |
| 4.5 DNaseⅠ foot-printing定位GdmRⅢ与elaF启动子区域的结合位点 | 第101-103页 |
| 4.6 本章小结与讨论 | 第103-105页 |
| 第五章 自溶链霉菌S.autolyticus CGMCC 0516的组学分析 | 第105-143页 |
| 5.1 全基因组序列分析 | 第105-113页 |
| 5.2 转录组分析 | 第113-141页 |
| 5.2.1 Unigene功能注释及COG分类 | 第114-116页 |
| 5.2.2 Unigene的GO分析 | 第116-117页 |
| 5.2.3 Unigene的代谢通路分析 | 第117-126页 |
| 5.2.4 野生型和△gdmRⅢ突变株基因表达差异分析 | 第126-128页 |
| 5.2.5 野生型和△gdmRⅢ突变株差异表达基因GO功能分析 | 第128-141页 |
| 5.3 本章小结 | 第141-143页 |
| 第六章 全文讨论、总结与展望 | 第143-147页 |
| 6.1 讨论 | 第143-144页 |
| 6.2 总结 | 第144-146页 |
| 6.3 主要创新点 | 第146页 |
| 6.4 展望 | 第146-147页 |
| 附录 | 第147-179页 |
| 参考文献 | 第179-185页 |
| 科研成果 | 第185-186页 |
| 致谢 | 第186页 |
