| 中文摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 基因测序技术的发展 | 第10-13页 |
| 1.2.1 短读长下一代测序技术 | 第10-11页 |
| 1.2.2 长片段下一代测序技术 | 第11页 |
| 1.2.3 不同测序平台的比较 | 第11-13页 |
| 1.3 序列比对算法研究现状 | 第13-16页 |
| 1.3.1 基于过滤算法 | 第13-14页 |
| 1.3.2 基于索引算法 | 第14-15页 |
| 1.3.3 比对扩展 | 第15页 |
| 1.3.4 比对软件的发展 | 第15-16页 |
| 1.4 论文的研究内容 | 第16-19页 |
| 1.4.1 Spaced Burrows-Wheeler Transform | 第16页 |
| 1.4.2 间隔种子技术 | 第16-17页 |
| 1.4.3 两级索引技术 | 第17-19页 |
| 第二章 非采样Burrows-Wheeler Transform | 第19-29页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 Burrows-Wheeler变换 | 第19-22页 |
| 2.2.1 BWT的实现 | 第19-20页 |
| 2.2.2 BWT是一种可逆变换 | 第20-21页 |
| 2.2.3 BWT在压缩技术中的应用 | 第21-22页 |
| 2.3 后缀树与字符串匹配 | 第22页 |
| 2.4 FM-index | 第22-25页 |
| 2.4.1 后缀数列与匹配问题 | 第23页 |
| 2.4.2 严格匹配：向后搜索法 | 第23-24页 |
| 2.4.3 非严格匹配：回溯法 | 第24-25页 |
| 2.5 BWT在比对软件中的应用 | 第25-27页 |
| 2.6 小结 | 第27-29页 |
| 第三章 Spaced Burrows-Wheeler Transform在k-mismatch中的应用 | 第29-41页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 k-mismatch的定义 | 第29页 |
| 3.3 Spaced Burrows-Wheeler Transform | 第29-34页 |
| 3.3.1 SBWT的定义 | 第29-31页 |
| 3.3.2 SBWT的可逆性 | 第31-32页 |
| 3.3.3 SBWT与其他后缀树变体 | 第32-33页 |
| 3.3.4 SBWT：严格匹配 | 第33-34页 |
| 3.4 索引构建 | 第34-36页 |
| 3.4.1 多键值快速排序 | 第34-35页 |
| 3.4.2 间隔后缀数列排序 | 第35-36页 |
| 3.5 基于SBWT的比对算法 | 第36-39页 |
| 3.5.1 种子技术 | 第36-37页 |
| 3.5.2 比对扩展 | 第37-39页 |
| 3.6 算法实现细节 | 第39-40页 |
| 3.6.1 DNA序列信息的编码 | 第39-40页 |
| 3.6.2 汉明距离的计算 | 第40页 |
| 3.7 小结 | 第40-41页 |
| 第四章 SBWT的分析评估和应用实践 | 第41-47页 |
| 4.1 引言 | 第41页 |
| 4.2 SBWT的间隔特性 | 第41-42页 |
| 4.3 模拟实验 | 第42-43页 |
| 4.4 应用实践 | 第43-45页 |
| 4.4.1 软件选取 | 第43-44页 |
| 4.4.2 计算环境配置 | 第44页 |
| 4.4.3 仿真数据 | 第44页 |
| 4.4.4 公开数据 | 第44-45页 |
| 4.5 小结 | 第45-47页 |
| 第五章 总结与展望 | 第47-49页 |
| 5.1 论文的主要内容 | 第47-48页 |
| 5.2 工作展望 | 第48-49页 |
| 致谢 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 作者简介 | 第55页 |
