银杏全基因组测序及生物信息学分析
| 致谢 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-30页 |
| 1.1 基因组研究概述 | 第12-20页 |
| 1.1.1 测序技术的发展及应用 | 第12-15页 |
| 1.1.2 新一代辅助基因组组装技术 | 第15-17页 |
| 1.1.3 全基因组测序生物信息学分析 | 第17-20页 |
| 1.2 裸子植物基因组学研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2.1 挪威云杉基因组研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.2 火炬松基因组研究进展 | 第21页 |
| 1.2.3 银杏基因组研究进展 | 第21-22页 |
| 1.2.4 买麻藤基因组研究进展 | 第22页 |
| 1.3 银杏种质资源及多组学研究进展 | 第22-25页 |
| 1.3.1 银杏物种进化历史研究进展 | 第22-24页 |
| 1.3.2 银杏的组学研究进展 | 第24-25页 |
| 1.3.3 银杏代谢物合成途径及相关基因研究进展 | 第25页 |
| 1.4 银杏遗传图谱研究进展 | 第25-28页 |
| 1.4.1 遗传图谱构建的原理 | 第25-26页 |
| 1.4.2 SLAF标记开发及高密度遗传图谱构建 | 第26-27页 |
| 1.4.3 银杏遗传图谱的研究进展 | 第27-28页 |
| 1.5 研究内容和研究意义 | 第28-29页 |
| 1.6 技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 银杏全基因组测序与组装 | 第30-58页 |
| 2.1 全基因组第三代测序 | 第30-33页 |
| 2.1.1 材料与方法 | 第30-31页 |
| 2.1.2 实验结果 | 第31-33页 |
| 2.2 银杏高密度遗传图谱构建 | 第33-48页 |
| 2.2.1 材料与方法 | 第33-37页 |
| 2.2.2 实验结果 | 第37-48页 |
| 2.3 Hi-C辅助基因组组装机染色体锚定 | 第48-58页 |
| 2.3.1 材料与方法 | 第48-52页 |
| 2.3.2 实验结果 | 第52-58页 |
| 第三章 银杏基因组重测序及甲基化测序分析 | 第58-65页 |
| 3.1 银杏基因组重测序 | 第58-61页 |
| 3.1.1 材料与方法 | 第58-60页 |
| 3.1.2 实验结果 | 第60-61页 |
| 3.2 银杏全基因组甲基化测序 | 第61-65页 |
| 3.2.1 材料与方法 | 第61-62页 |
| 3.2.2 实验结果 | 第62-65页 |
| 第四章 银杏基因组注释及进化分析 | 第65-81页 |
| 4.1 材料和方法 | 第65-67页 |
| 4.1.1 重复序列注释 | 第65页 |
| 4.1.2 基因注释 | 第65-66页 |
| 4.1.3 基因功能注释 | 第66页 |
| 4.1.4 非编码RNA注释 | 第66页 |
| 4.1.5 基因家族分析 | 第66页 |
| 4.1.6 全基因组复制事件分析 | 第66-67页 |
| 4.1.7 系统发育树及进化分析 | 第67页 |
| 4.1.8 银杏基因组MADS基因家族分析 | 第67页 |
| 4.1.9 银杏基因组LTR分析 | 第67页 |
| 4.2 实验结果 | 第67-81页 |
| 4.2.1 重复序列注释 | 第67-69页 |
| 4.2.2 基因注释 | 第69-70页 |
| 4.2.3 银杏基因组功能基因注释 | 第70-73页 |
| 4.2.4 银杏全基因组复制事件分析 | 第73-74页 |
| 4.2.5 系统进化分析 | 第74-75页 |
| 4.2.6 银杏基因组MADS基因家族分析 | 第75-76页 |
| 4.2.7 银杏基因组LTR分析 | 第76-81页 |
| 第五章 银杏基因组测序和注释的实验分析与评估 | 第81-95页 |
| 5.1 第二代全基因组测序 | 第81-87页 |
| 5.1.1 材料与方法 | 第81-83页 |
| 5.1.2 实验结果 | 第83-87页 |
| 5.2 转录组文库构建和测序 | 第87-92页 |
| 5.2.1 材料与方法 | 第87-88页 |
| 5.2.2 实验结果 | 第88-92页 |
| 5.3 基于PacBiO的全长CDNA测序 | 第92-95页 |
| 5.3.1 材料与方法 | 第92页 |
| 5.3.2 实验结果 | 第92-95页 |
| 第六章 结论与讨论 | 第95-100页 |
| 6.1 银杏基因组组装 | 第95-97页 |
| 6.1.1 银杏基因组组装策略 | 第95-96页 |
| 6.1.2 银杏基因组组装结果比较 | 第96-97页 |
| 6.2 银杏基因组基因注释 | 第97-98页 |
| 6.2.1 基因组结构基因注释与验证 | 第97-98页 |
| 6.2.2 基因组LTR注释与分析 | 第98页 |
| 6.3 银杏高密度遗传图谱构建 | 第98-100页 |
| 6.3.1 大量有效多态性SLAF标签开发 | 第98-99页 |
| 6.3.2 银杏高密度遗传图的构建 | 第99-100页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-113页 |
| 附录 | 第113-116页 |
