| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-16页 |
| 1. 水稻功能基因组研究进展 | 第9-13页 |
| 1.1 稻属植物的起源与进化 | 第9-10页 |
| 1.2 水稻功能基因组发展现状与趋势 | 第10页 |
| 1.3 水稻功能基因组研究的资源平台和技术的发展 | 第10-13页 |
| 2. 植物多倍化研究进展 | 第13-16页 |
| 2.1 多倍化过程中的转录组冲击(transcriptomic shock)研究 | 第14页 |
| 2.2 植物多倍体中的表观遗传研究 | 第14-15页 |
| 2.3 多倍化过程中的序列丢失研究 | 第15-16页 |
| 2.4 多倍化过程对转座元件(Transposon Element,TE)的影响 | 第16页 |
| 3 新一代测序技术的发展及在植物转录组中的应用 | 第16-21页 |
| 3.1 新一代测序平台 | 第16-18页 |
| 3.2 高通量测序技术在转录组研究中的应用 | 第18-19页 |
| 3.3 全基因组重测序的发展 | 第19-21页 |
| 材料方法 | 第21-38页 |
| 1 实验材料 | 第21页 |
| 2 实验方法 | 第21-38页 |
| 2.1 实验材料的培养与获得 | 第21-22页 |
| 2.2 设计杂交种鉴定引物 | 第22-23页 |
| 2.3 通过细胞学鉴定多倍体核型 | 第23-24页 |
| 2.4 提取样品RNA | 第24-25页 |
| 2.5 转录组测序及分析 | 第25-31页 |
| 2.6 多倍体表型测量 | 第31-34页 |
| 2.7 全基因组重测序取材和DNA提取 | 第34-38页 |
| 结果和分析 | 第38-57页 |
| 1 设计PCR引物鉴定杂交种 | 第38页 |
| 2 多倍体的获得与鉴定 | 第38-41页 |
| 3 亲本、杂交种及多倍体之间的表型差异 | 第41-42页 |
| 4 转录组的生物信息学分析 | 第42-52页 |
| 4.1 转录组样品质量检测 | 第42-43页 |
| 4.2 杂交和多倍化对部分同源等位基因表达分歧水平的影响 | 第43-45页 |
| 4.3 Pryosequencing验证部分同源等位基因的差异 | 第45-47页 |
| 4.4 顺式和反式调节变异在两个水稻亚种间的演化 | 第47-48页 |
| 4.5 杂交种和四倍体中部分同源基因表达的趋同与趋异调节 | 第48-49页 |
| 4.6 杂交和多倍化过程中部分同源等位基因不同调控类别的GO功能分析 | 第49-50页 |
| 4.7 亲本部分同源等位基因表达的偏向性分析 | 第50-52页 |
| 5 后代多倍体表型多样性研究 | 第52-54页 |
| 6 多倍体全基因组重测序分析 | 第54-57页 |
| 6.1 重测序样品检测 | 第54页 |
| 6.2 全基因组重测序分析 | 第54-57页 |
| 讨论 | 第57-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 附录 | 第68-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 在校期间公开发表论文及著作情况 | 第79页 |
