| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 缩略语/符号说明 | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-25页 |
| 1.1 研究意义 | 第14-17页 |
| 1.2 研究背景 | 第17-21页 |
| 1.3 科学问题与研究目的 | 第21-22页 |
| 1.4 研究内容及章节安排 | 第22-25页 |
| 第二章 基于疾病基因功能权重检测疾病相关通路 | 第25-41页 |
| 2.1 引言 | 第25-26页 |
| 2.2 原理与方法 | 第26-30页 |
| 2.2.1 基于PPIN对疾病基因功能权重打分 | 第26-27页 |
| 2.2.2 权重打分方法的评估 | 第27-28页 |
| 2.2.3 基于疾病基因功能权重检测疾病相关通路 | 第28-29页 |
| 2.2.4 疾病相关通路的串话分析 | 第29页 |
| 2.2.5 测试数据集以及实验基础数据 | 第29-30页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第30-39页 |
| 2.3.1 疾病基因功能权重打分 | 第30-31页 |
| 2.3.2 基因功能权重打分方法的评估 | 第31-34页 |
| 2.3.3 通路检测与系统分析 | 第34-37页 |
| 2.3.4 通路串话分析 | 第37-38页 |
| 2.3.5 与ORA通路分析方法进行比较 | 第38-39页 |
| 2.4 本章小结 | 第39-41页 |
| 第三章 基于疾病子网络检测疾病相关通路 | 第41-61页 |
| 3.1 引言 | 第41-42页 |
| 3.2 原理与方法 | 第42-45页 |
| 3.2.1 疾病子网络构建 | 第42页 |
| 3.2.2 通路映射与随机检验 | 第42-43页 |
| 3.2.3 通路检测 | 第43页 |
| 3.2.4 方法评估 | 第43-45页 |
| 3.2.5 测试数据集以及多发性硬化症基因数据集 | 第45页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第45-60页 |
| 3.3.1 疾病子网络构建 | 第45-47页 |
| 3.3.2 通路在疾病子网络的分布特征 | 第47-50页 |
| 3.3.3 通路检测 | 第50-55页 |
| 3.3.4 方法的比较与分析 | 第55-57页 |
| 3.3.5 对多发性硬化症进行通路分析 | 第57-60页 |
| 3.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 第四章 基于蛋白质互作网络分布量化通路间亲疏关系 | 第61-82页 |
| 4.1 引言 | 第61-62页 |
| 4.2 原理与方法 | 第62-65页 |
| 4.2.1 通路在PPIN中的分布特征 | 第62-63页 |
| 4.2.2 通路间亲疏关系的量化计算 | 第63-64页 |
| 4.2.3 KEGG通路数据集 | 第64-65页 |
| 4.2.4 帕金森症相关通路检测以及通路关系评估 | 第65页 |
| 4.2.5 与现存通路串话方法进行比较 | 第65页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第65-80页 |
| 4.3.1 通路在PPIN中的模块化分布 | 第65-67页 |
| 4.3.2 根据通路模块在PPIN中的分布距离量化通路间关系 | 第67-74页 |
| 4.3.3 帕金森症通路间关联评估的实例应用 | 第74-80页 |
| 4.4 本章小结 | 第80-82页 |
| 第五章 基于通路及网络分析探究神经精神疾病关联机制 | 第82-100页 |
| 5.1 引言 | 第82-84页 |
| 5.2 原理与方法 | 第84-85页 |
| 5.2.1 疾病关联基因 | 第84页 |
| 5.2.2 生物网络分析预测潜在风险基因 | 第84-85页 |
| 5.2.3 通路关系网络的搭建 | 第85页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第85-98页 |
| 5.3.1 精神分裂症与尼古丁成瘾基因集的分析与比较 | 第85-86页 |
| 5.3.2 精神分裂症与尼古丁成瘾通路分析及比较 | 第86-90页 |
| 5.3.3 精神分裂症与尼古丁成瘾风险基因的预测 | 第90-92页 |
| 5.3.4 精神分裂症与尼古丁成瘾共病调控网络的构建 | 第92-93页 |
| 5.3.5 抑郁等行为因素对卵巢癌影响的通路检测分析 | 第93-95页 |
| 5.3.6 抑郁等行为因素对卵巢癌影响的通路关系网络构建 | 第95-96页 |
| 5.3.7 抑郁等行为因素对卵巢癌影响的潜在通路的预测 | 第96-98页 |
| 5.4 本章小结 | 第98-100页 |
| 第六章 总结与展望 | 第100-104页 |
| 6.1 主要研究工作总结与创新点 | 第100-102页 |
| 6.2 进一步工作展望 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-121页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第121-123页 |
| 附录 | 第123-161页 |
| 综述 基于通路与网络分析方法研究复杂疾病 | 第161-174页 |
| 综述参考文献 | 第170-174页 |
| 致谢 | 第174-175页 |
| 个人简历 | 第175页 |
