| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-40页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第14-16页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.1.2 研究的目的和意义 | 第15-16页 |
| 1.2 相关背景知识 | 第16-28页 |
| 1.2.1 基因组变异 | 第16-18页 |
| 1.2.2 基因组测序 | 第18-23页 |
| 1.2.3 基因组数据的基本格式 | 第23-27页 |
| 1.2.4 基因组序列的组成 | 第27-28页 |
| 1.3 研究现状 | 第28-37页 |
| 1.3.1 测序数据的降噪方法 | 第28-32页 |
| 1.3.2 拷贝数变异检测方法 | 第32-36页 |
| 1.3.3 拷贝数变异检测效果测评指标 | 第36-37页 |
| 1.3.4 基于熵的基因组序列研究 | 第37页 |
| 1.4 本文的主要研究内容 | 第37-40页 |
| 第2章 基于外显子组测序数据的拷贝数变异检测效果测评方法 | 第40-61页 |
| 2.1 引言 | 第40-41页 |
| 2.2 外显子组拷贝数变异检测效果的测评方法 | 第41-47页 |
| 2.2.1 与全基因组测序数据的拷贝数变异检测结果一致性测评方法 | 第41-43页 |
| 2.2.2 tag SNP与常见拷贝数变异协同性测评方法 | 第43-44页 |
| 2.2.3 拷贝数变异孟德尔遗传错误率测评方法 | 第44-45页 |
| 2.2.4 拷贝数缺失杂合性测评方法 | 第45页 |
| 2.2.5 其他常规测评方法 | 第45-47页 |
| 2.3 实验数据及拷贝数变异检测方法 | 第47-48页 |
| 2.4 各外显子组拷贝数变异检测方法的测评结果与分析 | 第48-59页 |
| 2.4.1 WES与WGS数据检测拷贝数变异一致性测评结果与分析 | 第48-50页 |
| 2.4.2 tag SNP与常见拷贝数变异的协同性测评结果与分析 | 第50-51页 |
| 2.4.3 拷贝数变异孟德尔遗传错误率测评结果与分析 | 第51-52页 |
| 2.4.4 拷贝数缺失杂合性测评结果与分析 | 第52-53页 |
| 2.4.5 拷贝数变异大小及分布测评结果与分析 | 第53-55页 |
| 2.4.6 四种拷贝数变异检测方法检测结果一致性测评结果与分析 | 第55-56页 |
| 2.4.7 低敏感性及特异性原因分析 | 第56-57页 |
| 2.4.8 四种外显子组拷贝数变异检测方法的优点与缺点分析 | 第57-59页 |
| 2.5 本章小结 | 第59-61页 |
| 第3章 基于群体样本模式的外显子组测序数据拷贝数变异检测方法 | 第61-74页 |
| 3.1 引言 | 第61-62页 |
| 3.2 群体外显子组测序数据的标准化及降噪方法 | 第62-65页 |
| 3.2.1 基因组测序数据的采集及标准化 | 第62-63页 |
| 3.2.2 群体外显子组测序数据降噪 | 第63-65页 |
| 3.3 群体外显子组测序数据的拷贝数变异区域分割 | 第65-68页 |
| 3.3.1 隐藏状态集合及转移概率 | 第65-66页 |
| 3.3.2 reads深度信号的发射概率 | 第66-67页 |
| 3.3.3 SNV信号的发射概率 | 第67-68页 |
| 3.3.4 双链隐马尔科夫模型的总体发射概率 | 第68页 |
| 3.4 群体外显子组测序数据拷贝数变异检测实验结果与分析 | 第68-72页 |
| 3.4.1 群体外显子组测序数据拷贝数变异检测结果的敏感性 | 第69-71页 |
| 3.4.2 群体外显子组测序数据拷贝数变异检测结果的特异性 | 第71-72页 |
| 3.5 本章小结 | 第72-74页 |
| 第4章 基于融合样本模式的外显子组测序数据拷贝数变异检测方法 | 第74-91页 |
| 4.1 引言 | 第74-75页 |
| 4.2 外显子组测序数据reads深度的影响因素分析 | 第75-78页 |
| 4.2.1 GC含量对reads深度的影响分析 | 第75-76页 |
| 4.2.2 Mappability对reads深度的影响分析 | 第76-77页 |
| 4.2.3 外显子长度对reads深度的影响分析 | 第77-78页 |
| 4.3 单样本外显子组测序数据降噪方法 | 第78-80页 |
| 4.4 单样本外显子组测序数据的概率模型 | 第80-83页 |
| 4.4.1 单样本外显子组测序数据的reads深度概率模型 | 第80-82页 |
| 4.4.2 负二项分布的参数估计 | 第82-83页 |
| 4.5 融合样本模式的拷贝数变异检测结果合并方法 | 第83-85页 |
| 4.6 融合样本模式的拷贝数变异检测实验结果与分析 | 第85-90页 |
| 4.6.1 融合样本模式拷贝数变异检测结果的敏感性 | 第86-88页 |
| 4.6.2 融合样本模式拷贝数变异检测结果的特异性 | 第88-90页 |
| 4.7 本章小结 | 第90-91页 |
| 第5章 基于广义拓扑熵的拷贝数片段复制序列检测方法 | 第91-105页 |
| 5.1 引言 | 第91页 |
| 5.2 基于广义拓扑熵的基因组序列分析方法 | 第91-96页 |
| 5.2.1 拓扑熵的概念、计算方法及局限 | 第91-93页 |
| 5.2.2 广义拓扑熵的概念及计算方法 | 第93-94页 |
| 5.2.3 广义拓扑熵在有限序列上的近似算法 | 第94-96页 |
| 5.3 基因组元件及拷贝数片段复制序列检测实验结果与分析 | 第96-104页 |
| 5.3.1 基因组元件的实验结果与分析 | 第96-98页 |
| 5.3.2 拷贝数片段复制的实验结果与分析 | 第98-103页 |
| 5.3.3 短串联重复序列的实验结果与分析 | 第103-104页 |
| 5.4 本章小结 | 第104-105页 |
| 结论 | 第105-107页 |
| 参考文献 | 第107-120页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第120-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 个人简历 | 第124页 |
