| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-18页 |
| 第二章 广东省鼠形动物巴尔通体感染调查和基因特征分析 | 第18-41页 |
| 2.1 材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 实验动物及样本 | 第18页 |
| 2.1.2 实验试剂与仪器 | 第18-19页 |
| 2.2 方法 | 第19-23页 |
| 2.2.1 采样点的分布 | 第19-20页 |
| 2.2.2 动物捕获和样本采集 | 第20页 |
| 2.2.3 病原核酸提取 | 第20页 |
| 2.2.4 聚合酶链反应 | 第20-22页 |
| 2.2.5 巴尔通体的分离培养 | 第22页 |
| 2.2.6 菌落DNA的粗提 | 第22页 |
| 2.2.7 统计学处理 | 第22-23页 |
| 2.2.8 序列比对分析 | 第23页 |
| 2.3 结果 | 第23-37页 |
| 2.3.1 鼠形动物捕获情况 | 第23-25页 |
| 2.3.2 PCR鉴定结果 | 第25-27页 |
| 2.3.3 分离培养结果 | 第27页 |
| 2.3.4 鼠形动物巴尔通体感染情况不同鼠种感染巴尔通体的情况调查 | 第27-30页 |
| 2.3.5 巴尔通体的系统发育进化分析 | 第30-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-41页 |
| 第三章 两株巴尔通体的全基因组测序和分析 | 第41-64页 |
| 3.1 材料 | 第41-42页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第41页 |
| 3.1.2 实验试剂与仪器 | 第41-42页 |
| 3.2 方法 | 第42-49页 |
| 3.2.1 菌株DNA的提取 | 第42页 |
| 3.2.2 PCR扩增产物纯化 | 第42-43页 |
| 3.2.3 Q-bit定量纯化后的扩增子 | 第43页 |
| 3.2.4 酶切法打断扩增子 | 第43页 |
| 3.2.5 纯化片段化后的DNA | 第43-44页 |
| 3.2.6 连接接头、补齐缺刻、再次纯化DNA | 第44-45页 |
| 3.2.7 纯化已经连接且补了缺刻的DNA产物 | 第45页 |
| 3.2.8 筛选一定大小的DNA片段(E-gel) | 第45-46页 |
| 3.2.9 PCR短暂扩增文库,以适量增大文库浓度 | 第46-47页 |
| 3.2.10 纯化扩增后的文库 | 第47页 |
| 3.2.11 Q-bit再次定量文库,并用旧预制胶检测文库片段大小 | 第47-48页 |
| 3.2.12 Ion torrent上机 | 第48-49页 |
| 3.2.13 测序--314chip | 第49页 |
| 3.3 数据分析 | 第49-50页 |
| 3.4 结果 | 第50-59页 |
| 3.4.1 菌株基因组基本信息 | 第50-53页 |
| 3.4.2 菌株基因组功能注释基本信息 | 第53-55页 |
| 3.4.3 菌株基因一般功能对比分析 | 第55-57页 |
| 3.4.4 毒力基因预测和对比分析 | 第57-59页 |
| 3.5 讨论 | 第59-64页 |
| 全文小结 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-75页 |
| 附录: 全基因组注释图例说明 | 第75-77页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
