| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词 | 第9-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| 1.1 复杂性状基因挖掘的策略 | 第14-30页 |
| 1.1.1 候选基因法 | 第14-15页 |
| 1.1.2 标记-QTL连锁分析法 | 第15-16页 |
| 1.1.3 全基因组关联分析 | 第16-22页 |
| 1.1.4 RNA-seq技术在功能基因定位中的应用 | 第22-27页 |
| 1.1.5 蛋白质组与蛋白质组学 | 第27-30页 |
| 1.2 功能基因验证策略 | 第30-31页 |
| 1.2.1 RNAi技术 | 第30-31页 |
| 1.2.2 基因过表达技术 | 第31页 |
| 1.3 RPL8基因研究进展 | 第31-32页 |
| 1.4 展望 | 第32-33页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 中国荷斯坦牛产奶性状纵向数据全基因组关联分析 | 第34-50页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第34-36页 |
| 2.1.1 基因型数据 | 第34页 |
| 2.1.2 统计分析 | 第34-35页 |
| 2.1.3 多重比较 | 第35页 |
| 2.1.4 基因功能注释 | 第35-36页 |
| 2.2 试验结果与分析 | 第36-47页 |
| 2.2.1 产奶量、乳脂率和乳蛋白率表型的描述性统计量 | 第36-37页 |
| 2.2.2 质控后SNP分布 | 第37-38页 |
| 2.2.3 群体分层检验结果 | 第38页 |
| 2.2.4 关联分析结果 | 第38-46页 |
| 2.2.5 单倍型分析 | 第46-47页 |
| 2.3 讨论 | 第47-49页 |
| 2.4 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 基于RNA-seq挖掘中国荷斯坦牛产奶性状功能基因 | 第50-73页 |
| 3.1 试验材料 | 第50-52页 |
| 3.1.1 试验样本 | 第50-51页 |
| 3.1.2 主要试验试剂 | 第51页 |
| 3.1.3 主要试验仪器 | 第51-52页 |
| 3.2 试验方法 | 第52-59页 |
| 3.2.1 乳腺组织活体采集 | 第52页 |
| 3.2.2 乳腺组织总RNA提取 | 第52-53页 |
| 3.2.3 奶牛乳腺组织总RNA质量检测 | 第53页 |
| 3.2.4 cDNA文库构建与测序 | 第53-54页 |
| 3.2.5 上机测序 | 第54页 |
| 3.2.6 RNA-seq数据处理及生物信息学分析 | 第54-56页 |
| 3.2.7 GO和KEGG分析 | 第56页 |
| 3.2.8 整合QTL数据库与GWAS数据 | 第56页 |
| 3.2.9 lncRNA的miRNA结合位点预测 | 第56页 |
| 3.2.10 qRT-PCR技术验证 | 第56-59页 |
| 3.3 结果与分析 | 第59-69页 |
| 3.3.1 乳腺组织总RNA样品质量检测 | 第59-60页 |
| 3.3.2 RNA-Seq原始测序数据质控和产出统计 | 第60页 |
| 3.3.3 lncRNA鉴定 | 第60-61页 |
| 3.3.4 lncRNA特征分析 | 第61-62页 |
| 3.3.5 差异表达lncRNA和差异表达mRNA检测 | 第62-63页 |
| 3.3.6 lncRNA和mRNA共表达分析 | 第63页 |
| 3.3.7 lncRNA和mRNA功能注释 | 第63-67页 |
| 3.3.8 构建lncRNA-mRNA共表达调控的乳脂代谢通路 | 第67-68页 |
| 3.3.9 差异表达基因qRT-PCR技术验证 | 第68-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-72页 |
| 3.5 小结 | 第72-73页 |
| 第四章 利用蛋白质组学技术检测中国荷斯坦牛产奶性状功能基因 | 第73-87页 |
| 4.1 试验材料 | 第73-75页 |
| 4.1.1 试验样本 | 第73-74页 |
| 4.1.2 主要试验试剂 | 第74页 |
| 4.1.3 主要试验仪器 | 第74-75页 |
| 4.2 试验方法 | 第75-79页 |
| 4.2.1 蛋白质提取 | 第75页 |
| 4.2.2 蛋白样品质检 | 第75-76页 |
| 4.2.3 TMT10标记全蛋白 | 第76页 |
| 4.2.4 质谱相对定量检测 | 第76-77页 |
| 4.2.5 质谱数据分析 | 第77页 |
| 4.2.6 差异蛋白生物信息学分析 | 第77页 |
| 4.2.7 差异蛋白验证 | 第77-79页 |
| 4.3 结果与分析 | 第79-84页 |
| 4.3.1 乳腺组织蛋白质提取结果 | 第79-80页 |
| 4.3.2 鉴定结果统计 | 第80-81页 |
| 4.3.3 差异蛋白检测 | 第81-83页 |
| 4.3.4 差异蛋白生物信息学分析 | 第83-84页 |
| 4.3.5 差异蛋白验证 | 第84页 |
| 4.4 讨论 | 第84-86页 |
| 4.5 小结 | 第86-87页 |
| 第五章 RPL8基因功能验证 | 第87-114页 |
| 5.1 试验材料 | 第87-89页 |
| 5.1.1 研究中所用细胞 | 第87页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第87-88页 |
| 5.1.3 溶液配置 | 第88页 |
| 5.1.4 主要试验仪器 | 第88-89页 |
| 5.2 试验方法 | 第89-100页 |
| 5.2.1 细胞培养 | 第89-90页 |
| 5.2.2 RPL8基因和PAX6基因siRNA序列设计及转染 | 第90-91页 |
| 5.2.3 RPL8和PAX6基因siRNA沉默效率检测 | 第91-92页 |
| 5.2.4 沉默RPL8和PAX6基因对乳脂代谢相关基因mRNA表达水平的影响 | 第92-93页 |
| 5.2.5 RPL8基因过表达 | 第93-94页 |
| 5.2.6 RPL8基因P18位点关联分析 | 第94-95页 |
| 5.2.7 RPL8基因P18位点不同基因型双荧光素酶活性检测 | 第95-98页 |
| 5.2.8 P18位点不同基因型个体乳腺组织中RPL8表达水平检测 | 第98-99页 |
| 5.2.9 PAX6与RPL8蛋白免疫共沉淀分析(Co-immunoprecipitation) | 第99-100页 |
| 5.3 试验结果与分析 | 第100-111页 |
| 5.3.1 RPL8基因siRNA转染效率评价 | 第100页 |
| 5.3.2 RPL8基因沉默对乳脂代谢相关基因表达的影响 | 第100-101页 |
| 5.3.3 RPL8基因过表达结果 | 第101-105页 |
| 5.3.4 P18位点关联分析 | 第105-106页 |
| 5.3.5 P18位点不同基因型双荧光素酶活性检测结果 | 第106页 |
| 5.3.6 P18位点不同基因型牛乳腺组织表达量结果 | 第106-107页 |
| 5.3.7 PAX6蛋白和RPL8蛋白免疫共沉淀分析 | 第107-108页 |
| 5.3.8 PAX6基因沉默效果检测 | 第108-109页 |
| 5.3.9 RPL8基因跟乳脂代谢相关基因互作关系分析 | 第109-110页 |
| 5.3.10 RPL8基因敲除小鼠模型的构建 | 第110-111页 |
| 5.4 讨论 | 第111-113页 |
| 5.4.1 细胞系的选择 | 第111页 |
| 5.4.2 P18位点的确定 | 第111页 |
| 5.4.3 RPL8基因的在乳脂代谢中的功能和作用机制分析 | 第111-113页 |
| 5.5 小结 | 第113-114页 |
| 第六章 结论 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-131页 |
| 致谢 | 第131-133页 |
| 个人简历 | 第133-135页 |
| 附录 | 第135-154页 |
