| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-22页 |
| 1.1 不动杆菌概述 | 第7-13页 |
| 1.1.1 定义及生物学特征 | 第7页 |
| 1.1.2 物种鉴定 | 第7-9页 |
| 1.1.3 致病性与毒力因子 | 第9-11页 |
| 1.1.4 耐药性研究 | 第11页 |
| 1.1.5 防控与治疗策略 | 第11-13页 |
| 1.2 溶血不动杆菌研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3 高通量测序技术研究进展 | 第14-19页 |
| 1.3.1 基因组文库构建与扩增 | 第15-17页 |
| 1.3.2 测序平台 | 第17-19页 |
| 1.4 高通量测序技术在不动杆菌属基因组学研究中的应用 | 第19-20页 |
| 1.5 本课题研究思路 | 第20-22页 |
| 第二章 溶血不动杆菌 H2063 的全基因组测序 | 第22-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-27页 |
| 2.1.1 菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 实验耗材与设备 | 第22页 |
| 2.1.3 部分溶液配制方法 | 第22-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-44页 |
| 2.2.1 基因组 DNA 获得 | 第27-29页 |
| 2.2.2 Roche 454 GS FLX Titanium 全基因组测序 | 第29-36页 |
| 2.2.3 Ion Torrent PGM 全基因组测序 | 第36-44页 |
| 2.3 实验结果 | 第44-48页 |
| 2.3.1 基因组 DNA 质量鉴定结果 | 第44-45页 |
| 2.3.2 Roche 454 测序 DNA 文库表征 | 第45-47页 |
| 2.3.3 Ion Torrent PGM 测序结果 | 第47-48页 |
| 2.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第三章 数据处理与缺口补平 | 第49-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 3.2 实验方法 | 第50-57页 |
| 3.2.1 数据处理 | 第50页 |
| 3.2.2 缺口补平 | 第50-57页 |
| 3.3 实验结果 | 第57-59页 |
| 3.3.1 序列拼接结果 | 第57页 |
| 3.3.2 缺口补平结果 | 第57-59页 |
| 3.4 本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 生物信息学分析 | 第60-72页 |
| 4.1 溶血不动杆菌 H2063 基因组概述 | 第60-65页 |
| 4.1.1 基因组注释 | 第60页 |
| 4.1.2 复制起始区预测 | 第60-61页 |
| 4.1.3 插入序列分析 | 第61-62页 |
| 4.1.4 基因组岛分析 | 第62-64页 |
| 4.1.5 进化树分析 | 第64-65页 |
| 4.2 毒力因子及耐药性分析 | 第65-71页 |
| 4.2.1 毒力因子 | 第65-69页 |
| 4.2.2 耐药基因 | 第69-71页 |
| 4.3 本章小结 | 第71-72页 |
| 第五章 结论与展望 | 第72-73页 |
| 5.1 结论 | 第72页 |
| 5.2 展望 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 发表论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
