| 中文摘要 | 第9-11页 |
| 英文摘要 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-29页 |
| 1.1 生物信息背景介绍 | 第13-17页 |
| 1.1.1 生物信息学的定义 | 第13-14页 |
| 1.1.2 生物信息学研究对象 | 第14-16页 |
| 1.1.3 生物信息学研究的内容 | 第16-17页 |
| 1.2 生物序列的比较分析 | 第17-29页 |
| 1.2.1 序列比对方法 | 第17-20页 |
| 1.2.2 序列非比对方法 | 第20-27页 |
| 1.2.3 本文主要内容 | 第27-29页 |
| 第二章 非参数检验在序列比较中的应用 | 第29-39页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 基于Spearman相关系数选择最佳字串长度 | 第29-34页 |
| 2.2.1 Spearman相关系数 | 第29-30页 |
| 2.2.2 最佳字串长度k的选择 | 第30-34页 |
| 2.3 评价序列比较方法的非参数检验法 | 第34-39页 |
| 2.3.1 实例 | 第34-35页 |
| 2.3.2 Wilcoxon符号秩检验 | 第35-37页 |
| 2.3.3 Friedman秩检验 | 第37-39页 |
| 第三章 基于离差最大化的加权非比对方法 | 第39-59页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 基于离差最大化的加权度量 | 第40-48页 |
| 3.2.1 D_2类度量 | 第40-42页 |
| 3.2.2 离差最大化方法 | 第42-45页 |
| 3.2.3 加权统计量 | 第45页 |
| 3.2.4 其他几种常见基于字串频率的度量 | 第45-47页 |
| 3.2.5 评估方法 | 第47-48页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第48-55页 |
| 3.3.1 相似性搜索 | 第48-50页 |
| 3.3.2 评价功能相关的调控序列 | 第50-55页 |
| 3.4 统计检验评价非比对方法 | 第55-59页 |
| 第四章 基于分数阶傅里叶变换的DNA序列的系统发育分析 | 第59-87页 |
| 4.1 引言 | 第59-62页 |
| 4.2 材料和方法 | 第62-71页 |
| 4.2.1 数值表示法 | 第62-63页 |
| 4.2.2 分数阶傅里叶变换的定义及性质 | 第63-64页 |
| 4.2.3 离散的分数阶傅里叶变换 | 第64-67页 |
| 4.2.4 特征提取 | 第67-70页 |
| 4.2.5 构建系统发育树 | 第70-71页 |
| 4.3 阶数p的选择 | 第71-72页 |
| 4.4 实证结果 | 第72-87页 |
| 4.4.1 哺乳动物 | 第75-77页 |
| 4.4.2 腺病毒 | 第77-79页 |
| 4.4.3 16S核糖体RNA | 第79-87页 |
| 第五章 序列非比对的一种新度量方法 | 第87-103页 |
| 5.1 引言 | 第87-88页 |
| 5.2 加权指数欧氏距离 | 第88-90页 |
| 5.3 权重计算 | 第90-91页 |
| 5.4 基于模糊逻辑的引力搜索算法 | 第91-99页 |
| 5.4.1 引力搜索算法 | 第92-94页 |
| 5.4.2 基于模糊逻辑的GSA算法 | 第94-99页 |
| 5.5 实证结果 | 第99-103页 |
| 第六章 总结与展望 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-119页 |
| 攻读博士学位期间完成论文情况 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 附录 | 第123-135页 |
| 附件 | 第135页 |