| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-18页 |
| §1.1 计算机模拟概述 | 第12-13页 |
| §1.2 高性能计算在分子模拟中的应用 | 第13-15页 |
| §1.3 粗粒化分子模拟方法 | 第15-17页 |
| §1.4 本论文研究目的和内容 | 第17-18页 |
| 第二章 分子动力学模拟的理论基础 | 第18-26页 |
| §2.1 统计力学原理 | 第18-19页 |
| §2.2 积分算法 | 第19-21页 |
| §2.3 力场 | 第21-23页 |
| §2.4 DPD 和 MDPD 模拟方法 | 第23-26页 |
| §2.4.1 DPD 方法 | 第23-24页 |
| §2.4.2 MDPD 方法 | 第24页 |
| §2.4.3 GWVV 积分算法 | 第24-26页 |
| 第三章 GPU 加速在分子模拟中的应用 | 第26-54页 |
| §3.1 引言 | 第26-27页 |
| §3.2 GALAMOST 简介 | 第27-29页 |
| §3.2.1 力场 | 第27-28页 |
| §3.2.2 特定模型 | 第28-29页 |
| §3.3 分子动力学的基本方法和 GPU 算法 | 第29-42页 |
| §3.3.1 短程的非键相互作用力 | 第30-32页 |
| §3.3.2 MD-SCF 处理粒子间的相互作用力 | 第32-34页 |
| §3.3.3 键连相互作用 | 第34-35页 |
| §3.3.4 数值势 | 第35-37页 |
| §3.3.5 积分方法 | 第37页 |
| §3.3.6 软的各向异性粒子模型 | 第37-40页 |
| §3.3.7 链增长聚合反应模型 | 第40-42页 |
| §3.4 GALAMOST 的性能和可靠性测试 | 第42-52页 |
| §3.4.1 对 DPD 和 LJ 流体粒子的模拟 | 第42-43页 |
| §3.4.2 利用 MD-SCF 方法模拟磷脂分子水溶液 | 第43-45页 |
| §3.4.3 应用数值势模拟聚苯乙烯熔体 | 第45-47页 |
| §3.4.4 各向异性粒子模型模拟三嵌段两面神粒子的自组装 | 第47-48页 |
| §3.4.5 表面引发的聚合反应 | 第48-50页 |
| §3.4.6 计算精度和性能测试 | 第50-52页 |
| §3.5 小结 | 第52-54页 |
| 第四章 高分子的超高粗粒化模型 | 第54-70页 |
| §4.1 引言 | 第54-55页 |
| §4.2 模型和方法 | 第55-60页 |
| §4.2.1 缠结的产生方式 | 第55-57页 |
| §4.2.2 缠结的消失方式 | 第57-59页 |
| §4.2.3 模拟方法 | 第59-60页 |
| §4.3 结果和讨论 | 第60-68页 |
| §4.3.1 模拟的设定 | 第60-61页 |
| §4.3.2 缠结的特征 | 第61-65页 |
| §4.3.3 动力学性质 | 第65-68页 |
| §4.4 小结 | 第68-70页 |
| 第五章 简谐排斥的球形粒子的相图 | 第70-80页 |
| §5.1 引言 | 第70-71页 |
| §5.2 模拟方法和模型构建 | 第71-75页 |
| §5.2.1 布拉维和非布拉维晶格的原胞 | 第71-72页 |
| §5.2.2 耗散分子动力学方法 | 第72-73页 |
| §5.2.3 候选晶体结构法和热力学积分方法 | 第73-75页 |
| §5.3 模拟结果和讨论 | 第75-79页 |
| §5.4 小结 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-94页 |
| 作者简介及科研成果 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96-98页 |
| 基金资助 | 第98页 |
