| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 文献综述 | 第9-23页 |
| 1.1 系统生物学 | 第9-11页 |
| 1.1.1 系统生物学简介 | 第9页 |
| 1.1.2 系统生物学研究内容 | 第9-10页 |
| 1.1.3 系统生物学研究方法 | 第10-11页 |
| 1.2 代谢组学与代谢通量分析 | 第11-15页 |
| 1.2.1 代谢组学 | 第11-13页 |
| 1.2.2 代谢通量分析 | 第13-15页 |
| 1.3 热力学约束 | 第15-19页 |
| 1.3.1 热力学约束的概念 | 第15-16页 |
| 1.3.2 末端路径的类型 | 第16-17页 |
| 1.3.3 消除代谢网络内循环的方法 | 第17-19页 |
| 1.4 基于基因组代谢网络模型的代谢优化算法 | 第19-21页 |
| 1.5 本课题研究的目的、意义及内容 | 第21-23页 |
| 1.5.1 本课题研究的目的和意义 | 第21-22页 |
| 1.5.2 本课题研究的内容 | 第22-23页 |
| 2 基于热力学约束的克雷伯氏杆菌代谢通量分析 | 第23-35页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.2 热力学约束条件与算法 | 第24-25页 |
| 2.2.1 约束条件 | 第24-25页 |
| 2.2.2 算法 | 第25页 |
| 2.3 结果分析 | 第25-32页 |
| 2.3.1 副产物对目标产物的影响 | 第26-29页 |
| 2.3.1.1 厌氧条件下副产物对目标产物的影响 | 第26-27页 |
| 2.3.1.2 有氧条件下副产物对目标产物的影响 | 第27-29页 |
| 2.3.2 生物量对还原当量的影响 | 第29-30页 |
| 2.3.3 关键节点处的代谢通量分析 | 第30-32页 |
| 2.3.3.1 厌氧条件 | 第30-31页 |
| 2.3.3.2 有氧条件 | 第31-32页 |
| 2.4 本章小结 | 第32-35页 |
| 3 还原当量对克雷伯氏杆菌代谢路径冗余性的影响 | 第35-45页 |
| 3.1 引言 | 第35-36页 |
| 3.2 算法及反应通量的区间类型 | 第36-38页 |
| 3.2.1 算法 | 第36-37页 |
| 3.2.2 反应通量的区间类型 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-44页 |
| 3.3.1 克雷伯氏杆菌代谢甘油的最大底物生产力 | 第38-39页 |
| 3.3.2 依赖NADH的反应对代谢路径冗余性的影响 | 第39-44页 |
| 3.3.2.1 有氧条件 | 第40-42页 |
| 3.3.2.2 厌氧条件 | 第42-44页 |
| 3.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 4 基于克雷伯氏杆菌代谢网络的辅因子特异性优化分析 | 第45-61页 |
| 4.1 引言 | 第45-47页 |
| 4.2 计算方法 | 第47-53页 |
| 4.2.1 模型与计算工具 | 第47页 |
| 4.2.2 混合整型规划 | 第47-50页 |
| 4.2.3 模型简化与敲除反应集的选择 | 第50-51页 |
| 4.2.4 辅因子特异性交换反应集的选择 | 第51-53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-59页 |
| 4.3.1 模型驱动的耦合生长的突变体 | 第53-57页 |
| 4.3.2 目标反应辅因子变化对 1,3-PD的影响 | 第57-59页 |
| 4.4 本章小结 | 第59-61页 |
| 总结与展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-69页 |
| 附录 | 第69-71页 |
| 致谢 | 第71-73页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第73-74页 |
