| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词语表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-30页 |
| 1.1 引言 | 第14-15页 |
| 1.2 毛用绵羊品种及特性 | 第15页 |
| 1.3 滩羊中毛发卷曲的生长 | 第15-18页 |
| 1.3.1 滩羊的品种特点 | 第15-17页 |
| 1.3.2 滩羊裘皮性状的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.4 毛发卷曲性状的研究现状 | 第18-23页 |
| 1.4.1 羊毛弯曲的生物学基础 | 第18-21页 |
| 1.4.2 影响毛发卷曲形成的重要信号通路及其之间的联系 | 第21-23页 |
| 1.5 筛选候选基因的研究方法 | 第23-27页 |
| 1.5.1 抑制性消减杂交技术 | 第23-25页 |
| 1.5.2 全基因组甲基化分析 | 第25-26页 |
| 1.5.3 miRNA-Seq测序技术 | 第26-27页 |
| 1.6 多重组学整合分析 | 第27页 |
| 1.7 研究目的和意义 | 第27-29页 |
| 1.8 技术路线 | 第29-30页 |
| 第二章 不同生长时期滩羊皮肤组织抑制性消减杂交分析 | 第30-52页 |
| 2.1 前言 | 第30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-41页 |
| 2.2.1 实验动物 | 第30页 |
| 2.2.2 主要仪器 | 第30-31页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第31页 |
| 2.2.4 总RNA的分离 | 第31-32页 |
| 2.2.5 消减文库的构建 | 第32-37页 |
| 2.2.6 消减文库的鉴定 | 第37-38页 |
| 2.2.7 EST测序 | 第38页 |
| 2.2.8 数据预处理 | 第38-39页 |
| 2.2.9 数据的聚类分析 | 第39页 |
| 2.2.10 数据的拼接 | 第39页 |
| 2.2.11 Unigene开放阅读框(ORF)的预测 | 第39页 |
| 2.2.12 基因的特异表达分析 | 第39页 |
| 2.2.13 基因的注释和功能分类 | 第39-40页 |
| 2.2.14 差异基因荧光定量PCR验证 | 第40-41页 |
| 2.3 结果与分析 | 第41-50页 |
| 2.3.1 RNA提取与质量检测 | 第41页 |
| 2.3.2 cDNA的合成及其HaeⅢ酶切结果 | 第41-42页 |
| 2.3.3 抑制消减结果 | 第42页 |
| 2.3.4 克隆的PCR鉴定 | 第42-43页 |
| 2.3.5 序列测定及分析 | 第43-45页 |
| 2.3.6 滩羊两个时期差异表达基因信号通路富集分析 | 第45-49页 |
| 2.3.7 滩羊两个时期差异表达基因荧光定量PCR验证 | 第49-50页 |
| 2.4 讨论 | 第50-51页 |
| 2.4.1 消减杂交技术分析影响滩羊被毛形成的差异表达基因 | 第50-51页 |
| 2.4.2 差异表达基因涉及信号通路分析 | 第51页 |
| 2.5 小结 | 第51-52页 |
| 第三章 不同生长时期滩羊皮肤组织全基因组甲基化模式分析 | 第52-66页 |
| 3.1 前言 | 第52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-56页 |
| 3.2.1 实验动物 | 第52页 |
| 3.2.2 实验仪器与试剂 | 第52-53页 |
| 3.2.3 组织DNA提取与质量检测 | 第53-54页 |
| 3.2.4 DNA样品处理及文库构建 | 第54页 |
| 3.2.5 序列拼接和注释 | 第54页 |
| 3.2.6 全基因组DNA甲基化位点分析 | 第54-55页 |
| 3.2.7 差异甲基化位点(DMS)分析 | 第55页 |
| 3.2.8 差异甲基化区域(DMRs)鉴定和分析 | 第55页 |
| 3.2.9 DMR邻近基因GO和KEGG分析 | 第55页 |
| 3.2.10 差异甲基化水平相关基因的焦磷酸测序 | 第55-56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-63页 |
| 3.3.1 全基因组重亚硫酸盐测序数据分析 | 第56页 |
| 3.3.2 滩羊DNA甲基化图谱 | 第56-59页 |
| 3.3.3 DNA甲基化位点在各功能区的分布 | 第59页 |
| 3.3.4 滩羊两个时期差异甲基化CG位点鉴定 | 第59-61页 |
| 3.3.5 滩羊两个时期皮肤组织DMR鉴定 | 第61-62页 |
| 3.3.6 DMR邻近基因分析 | 第62页 |
| 3.3.7 DMR邻近基因甲基化水平检验 | 第62-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 3.4.1 滩羊的甲基化图谱 | 第63-64页 |
| 3.4.2 滩羊两个生长时期中差异甲基化区域分析 | 第64页 |
| 3.4.3 DMRs位于启动子区的相关基因分析 | 第64-65页 |
| 3.5 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 不同生长时期滩羊皮肤组织miRNA-Seq分析 | 第66-81页 |
| 4.1 前言 | 第66页 |
| 4.2 材料与方法 | 第66-69页 |
| 4.2.1 实验动物 | 第66页 |
| 4.2.2 实验仪器与试剂 | 第66-67页 |
| 4.2.3 miRAN文库构建及测序 | 第67-68页 |
| 4.2.4 miRNA测序原始数据质控 | 第68页 |
| 4.2.5 与参考基因组比对 | 第68页 |
| 4.2.6 差异miRNA筛选 | 第68页 |
| 4.2.7 靶基因预测 | 第68-69页 |
| 4.2.8 miRNA靶基因的KEGG和GO分析 | 第69页 |
| 4.2.9 差异miRNA qRT-PCR验证 | 第69页 |
| 4.2.10 miRNA与消减文库关联分析 | 第69页 |
| 4.3 结果与分析 | 第69-79页 |
| 4.3.1 总RNA质量检测及文库构建 | 第69-70页 |
| 4.3.2 miRNA测序及分析 | 第70-71页 |
| 4.3.3 保守和新miRNA分析 | 第71-72页 |
| 4.3.4 滩羊两组皮肤中差异表达miRNA检测 | 第72-75页 |
| 4.3.5 靶基因预测和信号通路分析 | 第75-77页 |
| 4.3.6 差异表达miRNA q-PCR验证 | 第77页 |
| 4.3.7 整合分析miRNA-seq和SSH | 第77-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-80页 |
| 4.4.1 差异表达miRNA分析 | 第79页 |
| 4.4.2 联合分析结果 | 第79-80页 |
| 4.5 小结 | 第80-81页 |
| 第五章 候选功能基因验证 | 第81-107页 |
| 5.1 前言 | 第81-82页 |
| 5.2 候选基因KRT71的研究 | 第82-93页 |
| 5.2.1 材料与方法 | 第82-88页 |
| 5.2.2 结果与分析 | 第88-92页 |
| 5.2.3 讨论 | 第92-93页 |
| 5.2.4 小结 | 第93页 |
| 5.3 候选基因KRT83的研究 | 第93-107页 |
| 5.3.1 材料与方法 | 第93-98页 |
| 5.3.2 结果与分析 | 第98-105页 |
| 5.3.3 讨论 | 第105-106页 |
| 5.3.4 小结 | 第106-107页 |
| 第六章 结论 | 第107-109页 |
| 6.1 主要结论 | 第107-108页 |
| 6.2 创新点 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 附录 | 第119-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 个人简历 | 第131-132页 |
