| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词 | 第9-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-37页 |
| 1.1 基因组内的遗传变异 | 第15-26页 |
| 1.1.1 概述 | 第15页 |
| 1.1.2 插入缺失 | 第15-16页 |
| 1.1.3 拷贝数变异 | 第16-19页 |
| 1.1.4 遗传变异和表型 | 第19-21页 |
| 1.1.5 遗传变异的检测方法 | 第21-24页 |
| 1.1.6 畜禽基因组遗传变异研究进展 | 第24-26页 |
| 1.2 鸡马立克氏病遗传抗性研究进展 | 第26-31页 |
| 1.2.1 鸡主要组织相容性复合体单体型和马立克氏病遗传抗性 | 第27-28页 |
| 1.2.2 马立克氏病抗性的关联分析 | 第28-29页 |
| 1.2.3 马立克氏病抗性相关的基因表达分析 | 第29-30页 |
| 1.2.4 其它与马立克氏病抗性相关的基因的研究 | 第30-31页 |
| 1.3 基因组选择研究进展 | 第31-37页 |
| 1.5.1 基因组选择的基本原理 | 第31-33页 |
| 1.5.2 基因组选择在畜禽中的应用 | 第33-34页 |
| 1.5.3 基因组预测的准确性的影响因素 | 第34-35页 |
| 1.5.4 "一步法"基因组预测模型 | 第35-37页 |
| 第二章 鸡基因组内插入缺失变异的检测分析 | 第37-49页 |
| 2.1 前言 | 第37页 |
| 2.2 试验材料 | 第37-38页 |
| 2.2.1 试验样本 | 第37页 |
| 2.2.2 主要试剂和配制 | 第37-38页 |
| 2.2.3 主要试验仪器 | 第38页 |
| 2.3 试验方法 | 第38-40页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第38-39页 |
| 2.3.2 文库构建和测序 | 第39页 |
| 2.3.3 生物信息学分析 | 第39-40页 |
| 2.3.4 PCR实验验证 | 第40页 |
| 2.4 结果与分析 | 第40-46页 |
| 2.4.1 测序和比对的描述性统计分析 | 第40-41页 |
| 2.4.2 插入缺失的检测 | 第41页 |
| 2.4.3 变异检测策略的评估 | 第41-43页 |
| 2.4.4 插入缺失在基因组中的分布 | 第43-46页 |
| 2.4.5 基因富集分析 | 第46页 |
| 2.5 讨论 | 第46-48页 |
| 2.6 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 利用全基因组重测序检测与鸡马立克氏病抗性相关的拷贝数变异 | 第49-60页 |
| 3.1 前言 | 第49页 |
| 3.2 试验材料 | 第49-50页 |
| 3.2.1 试验群体 | 第49-50页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第50页 |
| 3.2.3 主要试验仪器 | 第50页 |
| 3.3 试验方法 | 第50-52页 |
| 3.3.1 基因组DNA的提取 | 第50页 |
| 3.3.2 DNA测序文库构建和高通量测序 | 第50页 |
| 3.3.3 测序读段的比对和拷贝数变异的检测 | 第50-51页 |
| 3.3.4 基因含量和功能分析 | 第51页 |
| 3.3.5 与之前研究的比较 | 第51-52页 |
| 3.3.6 拷贝数变异的验证 | 第52页 |
| 3.4 结果与分析 | 第52-57页 |
| 3.4.1 比对统计和拷贝数变异的检测 | 第52页 |
| 3.4.2 拷贝数变异的验证 | 第52-54页 |
| 3.4.3 16号染色体上的拷贝数变异区域 | 第54页 |
| 3.4.4 系特异性拷贝数变异区域 | 第54-56页 |
| 3.4.5 基因富集分析 | 第56-57页 |
| 3.5 讨论 | 第57-59页 |
| 3.6 小结 | 第59-60页 |
| 第四章 应用一步法模型进行蛋鸡基因组选择的研究 | 第60-70页 |
| 4.1 前言 | 第60页 |
| 4.2 试验材料 | 第60-61页 |
| 4.2.1 试验群体 | 第60页 |
| 4.2.2 主要试剂和溶液配制 | 第60-61页 |
| 4.2.3 主要试验仪器 | 第61页 |
| 4.3 试验方法 | 第61-66页 |
| 4.3.1 表型和系谱数据的收集 | 第61页 |
| 4.3.2 样本基因组DNA的提取和质检 | 第61-62页 |
| 4.3.3 SNP基因型的判定 | 第62页 |
| 4.3.4 数据整理和统计分析 | 第62-66页 |
| 4.4 结果与分析 | 第66-68页 |
| 4.4.1 各性状的基本统计 | 第66页 |
| 4.4.2 方差组分估计 | 第66-67页 |
| 4.4.3 基因组预测的可靠性验证 | 第67-68页 |
| 4.5 讨论 | 第68-69页 |
| 4.6 小结 | 第69-70页 |
| 第五章 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 附表 | 第86-103页 |
| 个人简历 | 第103-104页 |