基于在线工具和SVM的植物miRNA靶基因集成预测研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 miRNA及靶基因简介 | 第8-9页 |
| 1.1.1 miRNA相关介绍 | 第8页 |
| 1.1.2 靶基因相关介绍 | 第8-9页 |
| 1.2 靶基因预测研究现状 | 第9-11页 |
| 1.2.1 第一代预测技术 | 第10-11页 |
| 1.2.2 第二代预测技术 | 第11页 |
| 1.3 本文研究内容与研究意义 | 第11-12页 |
| 1.4 本文结构安排 | 第12-14页 |
| 2 基于在线工具的靶基因预测 | 第14-20页 |
| 2.1 数据集 | 第14-15页 |
| 2.2 三种在线预测工具 | 第15-18页 |
| 2.2.1 psRNATarget | 第15-16页 |
| 2.2.2 TAPIR | 第16-17页 |
| 2.2.3 UEA_sRNA | 第17-18页 |
| 2.3 预测结果分析 | 第18-20页 |
| 3 基于SVM的可信靶基因预测 | 第20-39页 |
| 3.1 支持向量机模型 | 第20-31页 |
| 3.1.1 SVM简介 | 第20-22页 |
| 3.1.2 训练集构建 | 第22-26页 |
| 3.1.3 特征提取 | 第26-29页 |
| 3.1.4 核函数选择 | 第29-30页 |
| 3.1.5 参数寻优 | 第30-31页 |
| 3.2 半监督学习方法 | 第31-33页 |
| 3.3 属性抽取方法 | 第33-36页 |
| 3.3.1 主成分分析法 | 第33-35页 |
| 3.3.2 主成分分析结果评估 | 第35-36页 |
| 3.4 支持向量机性能分析 | 第36-39页 |
| 4 相互作用网络的构建及可信性验证 | 第39-46页 |
| 4.1 拟南芥miRNA靶基因交互网络构建 | 第39-41页 |
| 4.1.1 构建miRNA靶基因调控网络 | 第39-40页 |
| 4.1.2 构建miRNA间相互作用网络 | 第40-41页 |
| 4.2 拟南芥miRNA靶基因交互网络可信性验证 | 第41-44页 |
| 4.2.1 降解测序技术 | 第41-42页 |
| 4.2.2 基于降解数据的预测结果分析 | 第42-44页 |
| 4.3 模型在其他植物上的应用 | 第44-46页 |
| 结论 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
