| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩写词 | 第6-9页 |
| 1 前言 | 第9-17页 |
| 1.1 口蹄疫概述 | 第9页 |
| 1.2 FMDV基因组 | 第9-10页 |
| 1.3 FMD的危害 | 第10页 |
| 1.4 FMD的分布 | 第10-12页 |
| 1.5 FMD的实验室诊断 | 第12-13页 |
| 1.5.1 RT-PCR和RT-LAMP诊断 | 第12-13页 |
| 1.5.2 FMD血清学诊断 | 第13页 |
| 1.6 FMD防控策略 | 第13-16页 |
| 1.7 本文研究的目的与意义 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-24页 |
| 2.1 材料 | 第17-19页 |
| 2.1.1 病料及参考序号 | 第17页 |
| 2.1.2 菌株和载体 | 第17页 |
| 2.1.3 细菌培养基 | 第17-18页 |
| 2.1.4 酶类及相关试剂 | 第18页 |
| 2.1.5 主要仪器和设备 | 第18-19页 |
| 2.1.6 所使用的分析软件 | 第19页 |
| 2.2 方法 | 第19-24页 |
| 2.2.1 样品的处理 | 第19页 |
| 2.2.2 细胞总RNA的提取 | 第19页 |
| 2.2.3 引物合成 | 第19页 |
| 2.2.4 基因组cDNA第一链的合成 | 第19-20页 |
| 2.2.5 VP1基因扩增 | 第20页 |
| 2.2.6 PCR产物的回收纯化与鉴定 | 第20-21页 |
| 2.2.7 PCR纯化产物与载体连接 | 第21页 |
| 2.2.8 DH5α 感受态细胞的制备 | 第21页 |
| 2.2.9 连接产物转化DH5α 感受态细胞 | 第21页 |
| 2.2.10 可疑菌落的筛选 | 第21-22页 |
| 2.2.11 阳性菌液保存和质粒的提取 | 第22页 |
| 2.2.12 PCR阳性菌液的序列测定及分析 | 第22页 |
| 2.2.13 FMDV血清抗体的检测 | 第22-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-44页 |
| 3.1 某猪场发病时的临床症状 | 第24页 |
| 3.2 2013年-2014年对广东省部分猪群的O型FMD抗体监测 | 第24-25页 |
| 3.3 VP1基因片段的扩增 | 第25页 |
| 3.4 菌液PCR鉴定 | 第25页 |
| 3.5 VP1基因序列测定 | 第25页 |
| 3.6 FMDV VP1基因的序列分析 | 第25-34页 |
| 3.6.1 17株O型广东分离株VP1基因的遗传进化树分析 | 第25-28页 |
| 3.6.2 17株O型广东分离株VP1基因的同源性分析 | 第28-32页 |
| 3.6.3 17株O型广东分离株VP1氨基酸位点变异性分析 | 第32-34页 |
| 3.7 基于Z曲线的FMD病毒进化关系分析 | 第34-35页 |
| 3.8 Ka/Ks分子进化分析 | 第35-36页 |
| 3.9 密码子使用相对概率（RSCU）分析 | 第36-39页 |
| 3.10 同义密码子不同位置GC含量相关性分析 | 第39-41页 |
| 3.10.1 GC12与GC3相关性分析 | 第40-41页 |
| 3.10.2 ENC与GC3相关性分析 | 第41页 |
| 3.11 VP1蛋白二级结构的预测 | 第41-42页 |
| 3.12 VP1蛋白B细胞表位的预测 | 第42-44页 |
| 4 讨论 | 第44-45页 |
| 4.1 2013年-2014年广东省部分地区口蹄疫的流行病学调查 | 第44页 |
| 4.2 FMDV VP1基因遗传进化分析 | 第44页 |
| 4.3 FMD的疫苗免疫 | 第44-45页 |
| 5 结论 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-50页 |
| 附录 | 第50-57页 |
