基于压缩后缀数组的空间高效短读比对算法
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 符号对照表 | 第9-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第15-18页 |
| 第二章 预备知识 | 第18-24页 |
| 2.1 压缩索引 | 第18-19页 |
| 2.2 短读序列比对 | 第19-22页 |
| 2.2.1 DNA序列格式 | 第19-21页 |
| 2.2.2 单端测序和双端测序 | 第21页 |
| 2.2.3 DNA序列的预处理 | 第21页 |
| 2.2.4 短读比对的过程 | 第21-22页 |
| 2.3 本章小结 | 第22-24页 |
| 第三章 压缩后缀数组的实现 | 第24-38页 |
| 3.1 后缀数组和压缩后缀数组 | 第24-25页 |
| 3.2 简明数据结构 | 第25-27页 |
| 3.3 rank&select操作 | 第27-33页 |
| 3.3.1 RRR方法的理论基础 | 第27-29页 |
| 3.3.2 RRR方法的实现 | 第29-31页 |
| 3.3.3 RRR方法实验结果 | 第31-33页 |
| 3.4 压缩后缀数组和模式匹配 | 第33-35页 |
| 3.4.1 CSA前向搜索模式匹配算法 | 第33-34页 |
| 3.4.2 CSA后向搜索模式匹配算法 | 第34-35页 |
| 3.5 压缩后缀数组和自索引 | 第35-36页 |
| 3.6 本章小结 | 第36-38页 |
| 第四章 基于压缩后缀数组的序列比对算法 | 第38-48页 |
| 4.1 精确匹配 | 第38-39页 |
| 4.2 近似匹配 | 第39-41页 |
| 4.3 搜索树 | 第41-42页 |
| 4.4 分支限界 | 第42-45页 |
| 4.5 本章小结 | 第45-48页 |
| 第五章 CSAA的实现和数据测试 | 第48-60页 |
| 5.1 空间高效的索引算法 | 第48-50页 |
| 5.2 比对过程并行化 | 第50-52页 |
| 5.3 使用seed提高比对速度 | 第52-53页 |
| 5.4 双端序列比对 | 第53-55页 |
| 5.5 CSAA对比实验测试 | 第55-57页 |
| 5.5.1 测试环境和数据 | 第55-56页 |
| 5.5.2 索引建立时间 | 第56页 |
| 5.5.3 模拟数据测试 | 第56页 |
| 5.5.4 真实数据测试 | 第56-57页 |
| 5.6 本章小节 | 第57-60页 |
| 第六章 总结与展望 | 第60-62页 |
| 6.1 总结 | 第60页 |
| 6.2 进一步工作 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 作者简介 | 第68-69页 |
