| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 英文缩略词 | 第14-15页 |
| 1 引言 | 第15-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-27页 |
| 2.1 实验材料 | 第18-21页 |
| 2.1.1 菌株 | 第18页 |
| 2.1.2 实验器材 | 第18-19页 |
| 2.1.3 主要试剂及生产厂家 | 第19页 |
| 2.1.4 主要试剂配方 | 第19-20页 |
| 2.1.5 生物信息学软件 | 第20页 |
| 2.1.6 网络服务器 | 第20-21页 |
| 2.1.7 NCBI中所用志贺菌菌株信息及基因序列 | 第21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-26页 |
| 2.2.1 实验室保存志贺菌的复苏与鉴定 | 第21-22页 |
| 2.2.2 细菌的培养 | 第22页 |
| 2.2.3 细菌浊度的测定 | 第22-23页 |
| 2.2.4 分光光度法测细菌浓度 | 第23页 |
| 2.2.5 志贺菌基因组DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.2.6 测定核酸浓度 | 第24页 |
| 2.2.7 聚合酶链式反应（PCR）和凝胶电泳 | 第24-26页 |
| 2.3 研究技术路线 | 第26-27页 |
| 3 结果 | 第27-46页 |
| 3.1 CRISPR相关蛋白基因cse2的PCR扩增 | 第27页 |
| 3.2 插入序列IS600的插入规律 | 第27-30页 |
| 3.2.1 插入序列IS600插入cse2基因的位置 | 第27-28页 |
| 3.2.2 插入序列IS600插入cse2基因的热点 | 第28-30页 |
| 3.3 cse2基因的生物信息学分析 | 第30-46页 |
| 3.3.1 序列翻译与开放阅读框（ORF）预测 | 第30-32页 |
| 3.3.2 蛋白理化性质 | 第32-34页 |
| 3.3.3 亲水性、疏水性分析 | 第34-35页 |
| 3.3.4 跨膜结构的预测 | 第35页 |
| 3.3.5 功能结构域的预测 | 第35-36页 |
| 3.3.6 二级结构预测 | 第36-40页 |
| 3.3.7 三级结构预测 | 第40-42页 |
| 3.3.8 蛋白质模型评估 | 第42-46页 |
| 4 讨论 | 第46-52页 |
| 4.1 志贺菌中cse2基因中插入序列的特点 | 第46-47页 |
| 4.2 志贺菌中插入序列对Cse2蛋白的影响 | 第47-48页 |
| 4.3 志贺菌中插入序列对Cascade复合物的影响 | 第48-50页 |
| 4.4 志贺菌中插入序列对CRISPR/Cas系统的影响 | 第50页 |
| 4.5 插入序列与细菌耐药的关系 | 第50-51页 |
| 4.6 创新性与局限性 | 第51-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 附录 | 第56-60页 |
| 综述 CRISPR/Cas系统的研究概况及生物信息学方法的应用 | 第60-76页 |
| 1 CRISPR/Cas系统 | 第60-61页 |
| 2 CRISPR/Cas系统的结构和分类 | 第61-62页 |
| 2.1 CRISPR/Cas系统的结构特点 | 第61-62页 |
| 2.2 CRISPR/Cas系统的分类 | 第62页 |
| 3 CRISPR/Cas系统的作用机制 | 第62-64页 |
| 3.1 适应阶段 | 第63-64页 |
| 3.2 表达阶段 | 第64页 |
| 3.3 干扰阶段 | 第64页 |
| 4 Cas蛋白的分类和功能 | 第64-65页 |
| 5 Cascade复合物的结构 | 第65-66页 |
| 6 蛋白质生物信息学分析常用软件 | 第66-68页 |
| 6.1 寻找开放阅读框（ORF） | 第66-67页 |
| 6.2 计算蛋白理化性质 | 第67页 |
| 6.3 结构功能域分析 | 第67页 |
| 6.4 蛋白质二级结构预测 | 第67页 |
| 6.5 蛋白质三级结构预测 | 第67-68页 |
| 7 CRISPR/Cas系统的应用 | 第68-69页 |
| 结束语 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 个人简历 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
